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- PDB-7apg: Crystal structure of JAK3 in complex with FM587 (compound 9a) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7apg
タイトルCrystal structure of JAK3 in complex with FM587 (compound 9a)
要素Tyrosine-protein kinase JAK3
キーワードTRANSFERASE / kinase / JAK3 / inhibitor / covalent inhibitor / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of dendritic cell cytokine production / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of glycoprotein biosynthetic process / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Interleukin-9 signaling ...negative regulation of dendritic cell cytokine production / response to interleukin-9 / response to interleukin-2 / response to interleukin-15 / response to interleukin-4 / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / tyrosine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of glycoprotein biosynthetic process / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-7-mediated signaling pathway / interleukin-9-mediated signaling pathway / interleukin-4-mediated signaling pathway / negative regulation of T cell activation / interleukin-2-mediated signaling pathway / regulation of T cell apoptotic process / negative regulation of interleukin-12 production / interleukin-15-mediated signaling pathway / Interleukin-15 signaling / negative regulation of thymocyte apoptotic process / growth hormone receptor binding / Interleukin-2 signaling / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / extrinsic component of plasma membrane / Signaling by ALK / Interleukin-20 family signaling / negative regulation of interleukin-10 production / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / T cell homeostasis / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin receptor SHC signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / Interleukin-7 signaling / B cell differentiation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / cytoplasmic side of plasma membrane / cytokine-mediated signaling pathway / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell differentiation / cytoskeleton / endosome / intracellular signal transduction / innate immune response / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak3 / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phenylurea / Chem-RQT / Tyrosine-protein kinase JAK3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Forster, M. / Gehringer, M. / Laufer, S. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2020
タイトル: Discovery of a Novel Class of Covalent Dual Inhibitors Targeting the Protein Kinases BMX and BTK.
著者: Forster, M. / Liang, X.J. / Schroder, M. / Gerstenecker, S. / Chaikuad, A. / Knapp, S. / Laufer, S. / Gehringer, M.
履歴
登録2020年10月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK3
B: Tyrosine-protein kinase JAK3
C: Tyrosine-protein kinase JAK3
D: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,39230
ポリマ－133,6694
非ポリマー2,72326
水6,071337
1
A: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0056
ポリマ－33,4171
非ポリマー5885
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0677
ポリマ－33,4171
非ポリマー6506
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1298
ポリマ－33,4171
非ポリマー7127
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tyrosine-protein kinase JAK3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1919
ポリマ－33,4171
非ポリマー7748
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.469, 112.883, 102.897
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.210, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROSERSERAA814 - 11025 - 293
21PROPROSERSERBB814 - 11025 - 293
12ASPASPARGARGAA813 - 11034 - 294
22ASPASPARGARGCC813 - 11034 - 294
13THRTHRSERSERAA815 - 11026 - 293
23THRTHRSERSERDD815 - 11026 - 293
14PROPROARGARGBB814 - 11035 - 294
24PROPROARGARGCC814 - 11035 - 294
15THRTHRSERSERBB815 - 11026 - 293
25THRTHRSERSERDD815 - 11026 - 293
16THRTHRARGARGCC815 - 11036 - 294
26THRTHRARGARGDD815 - 11036 - 294

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Tyrosine-protein kinase JAK3 / Janus kinase 3 / JAK-3 / Leukocyte janus kinase / L-JAK


分子量: 33417.281 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK3
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P52333, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-RQT / ~{N}-[3-(1~{H}-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)phenyl]propanamide


分子量: 265.310 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PHU / 1-phenylurea / Phenylurea / フェニル尿素


分子量: 136.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2O
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1-0.2 M MgCl2 and 0.1 M MES, pH 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99986 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99986 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→49.39 Å / Num. obs: 50511 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.162 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.4-2.534.30.6291.872450.7910.3980.83798.1
7.59-49.394.70.05616620.9950.0290.06399.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
REFMAC5.8.0222精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5lwm

5lwm


解像度: 2.4→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 18.548 / SU ML: 0.214 / SU R Cruickshank DPI: 0.5067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.507 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2557 2497 4.9 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2143 47992 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.58 Å2 / Biso mean: 39.666 Å2 / Biso min: 11.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.86 Å2-0 Å20.33 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8919 0 212 337 9468
Biso mean--34.04 33.55 -
残基数----1123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0149379
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0178365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0821.64612644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8561.65519599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg19.5245.4111168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72720.539501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.663151528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0921584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.21114
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021794
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A9014
12B9014
21A9068
22C9068
31A9023
32D9023
41B9040
42C9040
51B8968
52D8968
61C8976
62D8976
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 162 -
Rwork0.299 3484 -
all-3646 -
obs--98.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9462-0.59540.84696.5255-0.50836.3344-0.00080.0514-0.4641-0.43940.00240.33360.3182-0.03-0.00160.1049-0.0296-0.01240.0467-0.0610.2759-48.9958-19.4217-55.5215
22.1936-0.21810.91332.2962-0.20170.4581-0.0175-0.0194-0.10730.02780.0453-0.0081-0.0338-0.0036-0.02780.20610.0174-0.02290.00470.00290.2578-40.9374-5.8165-47.8737
32.9012-0.88470.67712.5864-0.77131.4809-0.2572-0.60570.33090.54330.1693-0.3698-0.1578-0.21450.08790.30540.0335-0.12480.1407-0.09190.2075-33.88262.007-31.7961
44.591-0.192-1.97143.9262-1.39833.93540.1551-0.12690.25420.45140.1560.4075-0.4534-0.1798-0.31120.26280.03210.01840.02430.03240.2797-25.1545-2.95014.1049
53.1229-0.619-1.00021.837-0.50590.61010.0550.10330.1139-0.11910.01490.05660.0263-0.0441-0.06980.2157-0.0232-0.06180.02750.01330.233-18.9078-18.7104-3.8459
61.9698-0.70390.29931.7004-0.41090.83860.20420.2505-0.0291-0.4957-0.23110.00060.1111-0.00460.02690.33170.0819-0.07380.0793-0.0210.1697-11.0194-26.9239-18.2159
71.1438-0.5469-0.91692.8779-2.24225.39230.0273-0.10470.09390.10070.1780.1826-0.1572-0.3143-0.20530.1560.0056-0.05420.07570.00230.2297-19.219630.6322-44.3319
82.8281-0.5053-0.93732.3461-0.51610.51940.0535-0.003-0.0116-0.22670.00440.14790.04310.0002-0.05780.2461-0.0163-0.0890.00120.00290.2704-12.253616.5989-53.9274
91.2133-0.61420.38542.5287-0.15450.83930.24710.045-0.1524-0.8491-0.31410.016-0.009-0.04520.0670.53620.1171-0.07330.0579-0.05530.2137-5.80229.1371-70.3237
101.13660.1060.63491.46240.46680.7305-0.017-0.0316-0.05240.13440.0432-0.04940.0164-0.0351-0.02620.2006-0.0261-0.03150.0116-0.00310.2507-8.603313.1221-2.1706
112.24481.14140.71991.98840.6431.7493-0.09590.24850.0628-0.2140.08980.03660.0260.11970.00610.2117-0.0185-0.03870.061-0.00210.2172-12.012321.7438-20.6135
122.3308-0.1657-0.85931.50350.54582.4448-0.09560.2930.2081-0.08920.01580.2467-0.0989-0.20590.07980.1936-0.0127-0.07850.06340.0130.2246-23.482326.8866-17.438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A813 - 846
2X-RAY DIFFRACTION2A847 - 983
3X-RAY DIFFRACTION3A984 - 1103
4X-RAY DIFFRACTION4B814 - 854
5X-RAY DIFFRACTION5B855 - 990
6X-RAY DIFFRACTION6B991 - 1103
7X-RAY DIFFRACTION7C810 - 852
8X-RAY DIFFRACTION8C853 - 984
9X-RAY DIFFRACTION9C985 - 1103
10X-RAY DIFFRACTION10D815 - 984
11X-RAY DIFFRACTION11D985 - 1051
12X-RAY DIFFRACTION12D1052 - 1103

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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