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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a90 | ||||||
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タイトル | WT STING in complex with 3',3'-c-di[2'FdAM(PS)] | ||||||
要素 | Stimulator of interferon protein | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / Innate immune system / cyclic dinucleotides | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cytoplasmic vesicle ...2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.185 Å | ||||||
データ登録者 | Boura, E. / Smola, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: WT STING in complex with 3',3'-c-di[2'FdAM(PS)] 著者: Boura, E. / Smola, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7a90.cif.gz | 77.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7a90.ent.gz | 57.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7a90.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7a90_validation.pdf.gz | 827.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7a90_full_validation.pdf.gz | 830.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7a90_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7a90_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/7a90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/7a90 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4ksyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23189.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STING, LOC340061, hCG_1782396 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R3XZB7 |
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#2: 化合物 | ChemComp-R4T / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M tri-Potassium Citrate monohydrate, 20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Natrium Citrate, 50 mM EDTA |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.185→35.042 Å / Num. obs: 4032 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.6 % / CC1/2: 0.967 / Net I/σ(I): 5.84 |
反射 シェル | 解像度: 3.185→3.299 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 390 / CC1/2: 0.678 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4KSY 解像度: 3.185→35.04 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.31 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 95.81 Å2 / Biso mean: 33.5966 Å2 / Biso min: 13.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.185→35.04 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.185→3.299 Å / Rfactor Rfree error: 0
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