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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7a4s | ||||||
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タイトル | Structure of DYRK1A in complex with compound 2 | ||||||
![]() | Dual specificity tyrosine-phosphorylation-regulated kinase 1A | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHOPROTEIN / KINASE / SBDD / FBLD / SMALL MOLECULE INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation ...histone H3T45 kinase activity / positive regulation of protein deacetylation / peptidyl-serine autophosphorylation / negative regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / dual-specificity kinase / [RNA-polymerase]-subunit kinase / negative regulation of microtubule polymerization / tau-protein kinase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / amyloid-beta formation / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / G0 and Early G1 / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cytoskeletal protein binding / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / tubulin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / positive regulation of RNA splicing / peptidyl-threonine phosphorylation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / tau protein binding / circadian rhythm / peptidyl-tyrosine phosphorylation / : / nervous system development / actin binding / peptidyl-serine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / transcription coactivator activity / cytoskeleton / protein kinase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / axon / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dokurno, P. / Surgenor, A.E. / Hubbard, R.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Fragment-Derived Selective Inhibitors of Dual-Specificity Kinases DYRK1A and DYRK1B. 著者: Lee Walmsley, D. / Murray, J.B. / Dokurno, P. / Massey, A.J. / Benwell, K. / Fiumana, A. / Foloppe, N. / Ray, S. / Smith, J. / Surgenor, A.E. / Edmonds, T. / Demarles, D. / Burbridge, M. / ...著者: Lee Walmsley, D. / Murray, J.B. / Dokurno, P. / Massey, A.J. / Benwell, K. / Fiumana, A. / Foloppe, N. / Ray, S. / Smith, J. / Surgenor, A.E. / Edmonds, T. / Demarles, D. / Burbridge, M. / Cruzalegui, F. / Kotschy, A. / Hubbard, R.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 529.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 532.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7a4oC ![]() 7a4rC ![]() 7a4wC ![]() 7a4zC ![]() 7a51C ![]() 7a52C ![]() 7a53C ![]() 7a55C ![]() 7a5bC ![]() 7a5dC ![]() 7a5lC ![]() 7a5nC ![]() 2vx3S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41647.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-QYE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.1 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES buffer at pH 6.5, 12% Peg3350, 0.2M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 8852 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.76 / Num. unique obs: 702 / % possible all: 79.1 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2vx3 解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 21.302 / SU ML: 0.349 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.442 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 185.09 Å2 / Biso mean: 65.896 Å2 / Biso min: 18.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.1→3.263 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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