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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7972 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM reconstruction of the mitochondrial calcium uniporter (MCU) from Zebrafish | |||||||||
![]() | Cryo-EM structure of the mitochondrial calcium uniporter | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å | |||||||||
![]() | Long SB / Baradaran R / Wang C | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of fungal and metazoan mitochondrial calcium uniporters. 著者: Rozbeh Baradaran / Chongyuan Wang / Andrew Francis Siliciano / Stephen Barstow Long / ![]() 要旨: The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a highly selective calcium channel and a major route of calcium entry into mitochondria. How the channel catalyses ion permeation and achieves ...The mitochondrial calcium uniporter (MCU) is a highly selective calcium channel and a major route of calcium entry into mitochondria. How the channel catalyses ion permeation and achieves ion selectivity are not well understood, partly because MCU is thought to have a distinct architecture in comparison to other cellular channels. Here we report cryo-electron microscopy reconstructions of MCU channels from zebrafish and Cyphellophora europaea at 8.5 Å and 3.2 Å resolutions, respectively. In contrast to a previous report of pentameric stoichiometry for MCU, both channels are tetramers. The atomic model of C. europaea MCU shows that a conserved WDXXEP signature sequence forms the selectivity filter, in which calcium ions are arranged in single file. Coiled-coil legs connect the pore to N-terminal domains in the mitochondrial matrix. In C. europaea MCU, the N-terminal domains assemble as a dimer of dimers; in zebrafish MCU, they form an asymmetric crescent. The structures define principles that underlie ion permeation and calcium selectivity in this unusual channel. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 58.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 32.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 78.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of the mitochondrial calcium uniporter | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.384 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) from Zebrafish
全体 | 名称: Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) from Zebrafish |
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要素 |
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-超分子 #1: Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) from Zebrafish
超分子 | 名称: Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) from Zebrafish タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 133 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) from Zebrafish
分子 | 名称: Mitochondrial Calcium Uniporter (MCU) from Zebrafish タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: Zebrafish (Danio rerio) MCU expressed in mammalian cells and purified in digitonin detergent. 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: LLCSPAAEDV SVVYQNGLPV ISVRLPSRRE R CQFTLKPL SDTVGVFLQQ LQAEDRGIDR VTIYSADGAR IASSTGIDIL LMDNFKLVIN DT SYLVQPP RRDLLPHEDG ERLNDVKILV QQLYTTLRIE EHQLNKEREL IGRLEDLNSQ LQP LEKVKE ELSKKAERRT ...文字列: LLCSPAAEDV SVVYQNGLPV ISVRLPSRRE R CQFTLKPL SDTVGVFLQQ LQAEDRGIDR VTIYSADGAR IASSTGIDIL LMDNFKLVIN DT SYLVQPP RRDLLPHEDG ERLNDVKILV QQLYTTLRIE EHQLNKEREL IGRLEDLNSQ LQP LEKVKE ELSKKAERRT TWVLWGGMAY MATQFGILAR LTWWEYSWDI MEPVTYFITY GTAM AMYAY FVLTRQEYLY PDARDRQYLL FFHRGAKRTR FDIEKYNKLK DAIAEAELDL KRLRD PLQL NLPIQQIDTS KD |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 2 second blot, blot force of 0. | |||||||||||||||||||||
詳細 | Monodisperse sample |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-46 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 3500 / 平均露光時間: 0.13 sec. / 平均電子線量: 2.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 37000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |