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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7858 | ||||||||||||
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タイトル | Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab | ||||||||||||
![]() | Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / host cell endosome membrane / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / blood microparticle ...virus-mediated perturbation of host defense response => GO:0019049 / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / host cell endosome membrane / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / blood microparticle / immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
![]() | Berndsens ZB / Rantalainen KR / Ward AB | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Co-evolution of HIV Envelope and Apex-Targeting Neutralizing Antibody Lineage Provides Benchmarks for Vaccine Design. 著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais / ...著者: Kimmo Rantalainen / Zachary T Berndsen / Sasha Murrell / Liwei Cao / Oluwarotimi Omorodion / Jonathan L Torres / Mengyu Wu / Jeffrey Umotoy / Jeffrey Copps / Pascal Poignard / Elise Landais / James C Paulson / Ian A Wilson / Andrew B Ward / ![]() 要旨: Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at ...Broadly neutralizing antibodies (bnAbs) targeting the HIV envelope glycoprotein (Env) typically take years to develop. Longitudinal analyses of both neutralizing antibody lineages and viruses at serial time points during infection provide a basis for understanding the co-evolutionary contest between HIV and the humoral immune system. Here, we describe the structural characterization of an apex-targeting antibody lineage and autologous clade A viral Env from a donor in the Protocol C cohort. Comparison of Ab-Env complexes at early and late time points reveals that, within the antibody lineage, the CDRH3 loop rigidifies, the bnAb angle of approach steepens, and surface charges are mutated to accommodate glycan changes. Additionally, we observed differences in site-specific glycosylation between soluble and full-length Env constructs, which may be important for tuning optimal immunogenicity in soluble Env trimers. These studies therefore provide important guideposts for design of immunogens that prime and mature nAb responses to the Env V2-apex. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 117.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.6 KB 22.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 382.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 98.2 MB 98.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 810 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 809.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6dcqMC ![]() 7859C ![]() 7860C ![]() 7861C ![]() 7862C ![]() 7863C ![]() 7864C ![]() 7865C ![]() 7866C ![]() 6ca6C ![]() 6ca7C ![]() 6ca9C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein...
ファイル | emd_7858_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein...
ファイル | emd_7858_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Ectodomain of full length, wild type HIV-1 glycoprotein clone PC64M18C043 in complex with PGT151 Fab | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Full length, wild type HIV-1 Envelope glycoprotein in complex wit...
全体 | 名称: Full length, wild type HIV-1 Envelope glycoprotein in complex with PGT151 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: Full length, wild type HIV-1 Envelope glycoprotein in complex wit...
超分子 | 名称: Full length, wild type HIV-1 Envelope glycoprotein in complex with PGT151 Fab タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Full length HIV-1 Envelope glycoprotein clone C043 collected 18 months post infection from donor 64 of Protocol C cohort study. Expressed as recombinant protein in HEK293F cell line. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 389 KDa |
-分子 #1: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 53.392359 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: SAANNLWVTV YYGVPVWRDA ETTLFCASDA KAYDTEVHNV WATHACVPTD PSPQEIHLAN VTEKFDMWKN SMVEQMHTDI ISLWDESLK PCVKLTPLCI TLNCTNITRN VTGGNLTEEG KEELKNCSFN ATTELRDKIQ KVHSLFYRLD LVELNEGNSS D SNTSMYRL ...文字列: SAANNLWVTV YYGVPVWRDA ETTLFCASDA KAYDTEVHNV WATHACVPTD PSPQEIHLAN VTEKFDMWKN SMVEQMHTDI ISLWDESLK PCVKLTPLCI TLNCTNITRN VTGGNLTEEG KEELKNCSFN ATTELRDKIQ KVHSLFYRLD LVELNEGNSS D SNTSMYRL INCNTSAITQ ACPKVSFEPI PIHYCAPAGF AILKCREKEF NGTGPCKKVS TVQCTHGIKP VVSTQLLLNG SL AEGKVKI RCENISNNAK TILVQLTTPV RINCTRPSNN TRTSIRIGPG QSFYATGDII GDIRKAYCNV SESEWKEALG KVV EQLRNH FNKTITFASS SGGDLEITTH SFNCGGEFFY CNTSSLFNST WDGNSATNST QVPNGTITLP CRIKQIINMW QRTG QAMYA PPIPGKIRCD SNITGLILIR DGGNNNNESE TFRPGGGDMR NNWRSELYKY KVVKIDPLGV APTGAKRRVV EREKR |
-分子 #2: Envelope glycoprotein gp160
分子 | 名称: Envelope glycoprotein gp160 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 40.020207 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: AVGIGAVLFG FLGAAGSTMG AASLTLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLLRAIEA QQHLLRLTVW GIKQLQARVL AVERYLSDQQ LLGIWGCSG KLICTTNVPW NSSWSNKSQD EIWNNMTWLQ WDKEISNYTD TIYYLIEKSQ NQQEVNEKDL LALDKWTNLW N WFGISNWL ...文字列: AVGIGAVLFG FLGAAGSTMG AASLTLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLLRAIEA QQHLLRLTVW GIKQLQARVL AVERYLSDQQ LLGIWGCSG KLICTTNVPW NSSWSNKSQD EIWNNMTWLQ WDKEISNYTD TIYYLIEKSQ NQQEVNEKDL LALDKWTNLW N WFGISNWL WYIRIFIMIV GGLIGLRIIF AVLSVINRVR QGYSPVSFQT LTPNPRELDR PGGIEEGDGE LGKTRSIRLV GG FLALFWD DLRSLCLFSY HRLRDFILIA ARILELLGHN SLKGLRLGWE GLKYLGNLLL YWGRELKNSA VNLVDTIAIV VAG WTDRVI EVLQGIGRAF LHIPRRIRQG FERALL |
-分子 #3: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain
分子 | 名称: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.087438 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: RVQLVESGGG VVQPGKSVRL SCVVSDFPFS KYPMYWVRQA PGKGLEWVAA ISGDAWHVVY SNSVQGRFLV SRDNVKNTLY LEMNSLKIE DTAVYRCARM FQESGPPRLD RWSGRNYYYY SGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF ...文字列: RVQLVESGGG VVQPGKSVRL SCVVSDFPFS KYPMYWVRQA PGKGLEWVAA ISGDAWHVVY SNSVQGRFLV SRDNVKNTLY LEMNSLKIE DTAVYRCARM FQESGPPRLD RWSGRNYYYY SGMDVWGQGT TVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA L GCLVKDYF PEPVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC DK |
-分子 #4: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Light chain
分子 | 名称: Immunoglobulin G PGT151 Fab, Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.057809 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKSSESLR QSNGKTSLYW YRQKPGQSPQ LLVFEVSNRF SGVSDRFVGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQSKDF PLTFGGGTKV DLKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV ...文字列: DIVMTQTPLS LSVTPGQPAS ISCKSSESLR QSNGKTSLYW YRQKPGQSPQ LLVFEVSNRF SGVSDRFVGS GSGTDFTLRI SRVEAEDVG FYYCMQSKDF PLTFGGGTKV DLKRTVAAPS VFIFPPSDEQ LKSGTASVVC LLNNFYPREA KVQWKVDNAL Q SGNSQESV TEQDSKDSTY SLSSTLTLSK ADYEKHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C |
-分子 #14: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 21 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 7 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Detergent removed with Biobeads prior to grid freezing | |||||||||||||||
グリッド | モデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force 0 Blot time 5 sec. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4039 / 平均電子線量: 1.885 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |