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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7136 | |||||||||
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タイトル | High-Resolution Structure Analysis of Antibody V5 and U4 Conformational Epitope on Human Papillomavirus 16 | |||||||||
マップデータ | Antibody V5 and U4 Conformational Epitope on Human Papillomavirus 16 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Mouse (ネズミ) / Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Guan J / Bywaters SM / Brendle SA / Ashley RE / Makhov AM / Conway JF / Christenson ND / Hafenstein S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2017 タイトル: High-Resolution Structure Analysis of Antibody V5 and U4 Conformational Epitopes on Human Papillomavirus 16. 著者: Jian Guan / Stephanie M Bywaters / Sarah A Brendle / Robert E Ashley / Alexander M Makhov / James F Conway / Neil D Christensen / Susan Hafenstein / 要旨: Cancers attributable to human papillomavirus (HPV) place a huge burden on the health of both men and women. The current commercial vaccines are genotype specific and provide little therapeutic ...Cancers attributable to human papillomavirus (HPV) place a huge burden on the health of both men and women. The current commercial vaccines are genotype specific and provide little therapeutic benefit to patients with existing HPV infections. Identifying the conformational epitopes on the virus capsid supports the development of improved recombinant vaccines to maximize long-term protection against multiple types of HPV. Fragments of antibody (Fab) digested from the neutralizing monoclonal antibodies H16.V5 (V5) and H16.U4 (U4) were bound to HPV16 capsids and the structures of the two virus-Fab complexes were solved to near atomic resolution using cryo-electron microscopy. The structures reveal virus conformational changes, the Fab-binding mode to the capsid, the residues comprising the epitope and indicate a potential interaction of U4 with the minor structural protein, L2. Competition enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) showed V5 outcompetes U4 when added sequentially, demonstrating a steric interference even though the footprints do not overlap. Combined with our previously reported immunological and structural results, we propose that the virus may initiate host entry through an interaction between the icosahedral five-fold vertex of the capsid and receptors on the host cell. The highly detailed epitopes identified for the two antibodies provide a framework for continuing biochemical, genetic and biophysical studies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7136.map.gz | 1.1 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7136-v30.xml emd-7136.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7136.png | 333.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7136 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7136 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7136_validation.pdf.gz | 574.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7136_full_validation.pdf.gz | 573.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7136_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7136_validation.cif.gz | 10.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7136 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7136 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7136.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Antibody V5 and U4 Conformational Epitope on Human Papillomavirus 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.147 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human papillomavirus type 16 / Antibody complex
全体 | 名称: Human papillomavirus type 16 / Antibody complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Human papillomavirus type 16 / Antibody complex
超分子 | 名称: Human papillomavirus type 16 / Antibody complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Antibody U4
超分子 | 名称: Antibody U4 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-超分子 #3: Human papillomavirus type 16
超分子 | 名称: Human papillomavirus type 16 / タイプ: virus / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 / NCBI-ID: 333760 / 生物種: Human papillomavirus type 16 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SEROCOMPLEX / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: U4 Heavy chain
分子 | 名称: U4 Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mouse (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 12.108347 KDa |
配列 | 文字列: SGGGLVKPGG SLKLSCEASG FTFSSYAMSW VRQTPEKRLE WVASISSGGN THYPDSVKGR FTISRDNARN ILYLQMSSLR SEDTAMYYC ARGLYYGYDE GSDFDYWGQG |
-分子 #2: U4 Light chain
分子 | 名称: U4 Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mouse (ネズミ) |
分子量 | 理論値: 12.09953 KDa |
配列 | 文字列: DIVMSQSPSS LAVSVGEKVT MSCKSSQSLL YSNTQKNYLA WYQQKPGQSP KLLIYWASTR ESGVPDRFTG SGSGTDFTLT ISSVKAEDL AVYYCQQYYS YPLTFGAGTK L |
-分子 #3: Major capsid protein L1
分子 | 名称: Major capsid protein L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human papillomavirus type 16 (パピローマウイルス) |
分子量 | 理論値: 52.387277 KDa |
配列 | 文字列: YLPPVPVSKV VSTDEYVART NIYYHAGTSR LLAVGHPYFP IKKPNNNKIL VPKVSGLQYR VFRIHLPDPN KFGFPDTSFY NPDTQRLVW ACVGVEVGRG QPLGVGISGH PLLNKLDDTE NASAYAANAG VDNRECISMD YKQTQLCLIG CKPPIGEHWG K GSPCTNVA ...文字列: YLPPVPVSKV VSTDEYVART NIYYHAGTSR LLAVGHPYFP IKKPNNNKIL VPKVSGLQYR VFRIHLPDPN KFGFPDTSFY NPDTQRLVW ACVGVEVGRG QPLGVGISGH PLLNKLDDTE NASAYAANAG VDNRECISMD YKQTQLCLIG CKPPIGEHWG K GSPCTNVA VNPGDCPPLE LINTVIQDGD MVDTGFGAMD FTTLQANKSE VPLDICTSIC KYPDYIKMVS EPYGDSLFFY LR REQMFVR HLFNRAGAVG ENVPDDLYIK GSGSTANLAS SNYFPTPSGS MVTSDAQIFN KPYWLQRAQG HNNGICWGNQ LFV TVVDTT RSTNMSLCAA ISTSETTYKN TNFKEYLRHG EEYDLQFIFQ LCKITLTADV MTYIHSMNST ILEDWNFGLQ PPPG GTLED TYRFVTSQAI ACQKHTPPAP KEDPLKKYTF WEVNLKEKFS ADLDQFPLGR KFLLQAGLKA KPKF |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | #0 - Image recording ID: 1 #0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) #0 - 平均電子線量: 7.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2 #1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) #1 - 平均電子線量: 7.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |