+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zrq | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | two-protofilament amyloid structure of S20G variant of human amylin (IAPP - islet amyloid polypeptide) | |||||||||
要素 | Islet amyloid polypeptide | |||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / amyloid fibril type-2-diabetes early-onset | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / bone resorption ...amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / bone resorption / sensory perception of pain / positive regulation of calcium-mediated signaling / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Gallardo, R.U. / Iadanza, M.G. / Ranson, N.A. / Radford, S.E. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Fibril structures of diabetes-related amylin variants reveal a basis for surface-templated assembly. 著者: Rodrigo Gallardo / Matthew G Iadanza / Yong Xu / George R Heath / Richard Foster / Sheena E Radford / Neil A Ranson / 要旨: Aggregation of the peptide hormone amylin into amyloid deposits is a pathological hallmark of type-2 diabetes (T2D). While no causal link between T2D and amyloid has been established, the S20G ...Aggregation of the peptide hormone amylin into amyloid deposits is a pathological hallmark of type-2 diabetes (T2D). While no causal link between T2D and amyloid has been established, the S20G mutation in amylin is associated with early-onset T2D. Here we report cryo-EM structures of amyloid fibrils of wild-type human amylin and its S20G variant. The wild-type fibril structure, solved to 3.6-Å resolution, contains two protofilaments, each built from S-shaped subunits. S20G fibrils, by contrast, contain two major polymorphs. Their structures, solved at 3.9-Å and 4.0-Å resolution, respectively, share a common two-protofilament core that is distinct from the wild-type structure. Remarkably, one polymorph contains a third subunit with another, distinct, cross-β conformation. The presence of two different backbone conformations within the same fibril may explain the increased aggregation propensity of S20G, and illustrates a potential structural basis for surface-templated fibril assembly. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6zrq.cif.gz | 86.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6zrq.ent.gz | 74.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6zrq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6zrq_validation.pdf.gz | 706.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6zrq_full_validation.pdf.gz | 715.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6zrq_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6zrq_validation.cif.gz | 29.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/6zrq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/6zrq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3878.293 Da / 分子数: 12 / 変異: S20G / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TYC = C-terminal amidated Tyr / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10997 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: synthetic construct (人工物) | ||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.8 | ||||||||||||||||||
緩衝液成分 | 濃度: 20 mM / 名称: ammonium acetate / 式: NH4CH3CO | ||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.12 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Synthetically produced, oxidised and C-terminally amidated | ||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Homemade | ||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 85 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 13 sec. / 電子線照射量: 54.73 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 52 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 179.05 ° / 軸方向距離/サブユニット: 2.41 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 64274 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11901 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL |