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万見
- PDB-6z3z: CryoEM structure of horse sodium/proton exchanger NHE9 without C-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6z3z
タイトルCryoEM structure of horse sodium/proton exchanger NHE9 without C-terminal regulatory domain in an inward-facing conformation
要素Sodium/hydrogen exchanger
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phagosome maturation / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / early phagosome / sodium ion import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transport / sodium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / regulation of intracellular pH / recycling endosome ...phagosome maturation / potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / early phagosome / sodium ion import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transport / sodium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / regulation of intracellular pH / recycling endosome / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / late endosome membrane / early endosome membrane / defense response to bacterium / protein homodimerization activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium/hydrogen exchanger 6/7/9 / Na+/H+ antiporter like fold - #20 / Na+/H+ antiporter like fold / Na+/H+ exchanger / Cation/H+ exchanger, CPA1 family / Cation/H+ exchanger / Sodium/hydrogen exchanger, transmembrane / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium/hydrogen exchanger 9
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Winkelmann, I. / Matsuoka, R. / Meier, P. / Drew, D.
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2020
タイトル: Structure and elevator mechanism of the mammalian sodium/proton exchanger NHE9.
著者: Iven Winklemann / Rei Matsuoka / Pascal F Meier / Denis Shutin / Chenou Zhang / Laura Orellana / Ricky Sexton / Michael Landreh / Carol V Robinson / Oliver Beckstein / David Drew /
要旨: Na /H exchangers (NHEs) are ancient membrane-bound nanomachines that work to regulate intracellular pH, sodium levels and cell volume. NHE activities contribute to the control of the cell cycle, cell ...Na /H exchangers (NHEs) are ancient membrane-bound nanomachines that work to regulate intracellular pH, sodium levels and cell volume. NHE activities contribute to the control of the cell cycle, cell proliferation, cell migration and vesicle trafficking. NHE dysfunction has been linked to many diseases, and they are targets of pharmaceutical drugs. Despite their fundamental importance to cell homeostasis and human physiology, structural information for the mammalian NHE was lacking. Here, we report the cryogenic electron microscopy structure of NHE isoform 9 (SLC9A9) from Equus caballus at 3.2 Å resolution, an endosomal isoform highly expressed in the brain and associated with autism spectrum (ASD) and attention deficit hyperactivity (ADHD) disorders. Despite low sequence identity, the NHE9 architecture and ion-binding site are remarkably similar to distantly related bacterial Na /H  antiporters with 13 transmembrane segments. Collectively, we reveal the conserved architecture of the NHE ion-binding site, their elevator-like structural transitions, the functional implications of autism disease mutations and the role of phosphoinositide lipids to promote homodimerization that, together, have important physiological ramifications.
履歴
登録2020年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.12020年11月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年1月13日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32021年3月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.42021年3月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11067
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Sodium/hydrogen exchanger
A: Sodium/hydrogen exchanger


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1442
ポリマ－105,1442
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3820 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area37880 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Sodium/hydrogen exchanger


分子量: 52572.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 'GENLYFQ' in C terminal comes from Tag / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 遺伝子: SLC9A9 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: F7B113
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Sodium proton antiporter / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Equus caballus (ウマ)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度式Buffer-ID
1150 mMNaCl1
220 mMTri-HCl1
30.003 %LMNG1
40.0006 %CHS1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: HELIUM

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 80 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: ZERNIKE PHASE PLATE / 球面収差補正装置: Nothing
画像スキャン横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
8PHENIXモデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 595024 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0026246
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5838454
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.322796
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.036976
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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