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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6z3w | |||||||||
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タイトル | Human ER membrane protein complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / Complex / insertase / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / Miscellaneous transport and binding events / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / magnesium ion transmembrane transporter activity ...extrinsic component of endoplasmic reticulum membrane / inorganic cation transmembrane transporter activity / EMC complex / omegasome membrane / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / magnesium ion transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / Miscellaneous transport and binding events / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / magnesium ion transmembrane transporter activity / ferrous iron transmembrane transporter activity / protein folding in endoplasmic reticulum / copper ion transport / autophagosome assembly / RHOA GTPase cycle / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of angiogenesis / early endosome membrane / carbohydrate binding / angiogenesis / early endosome / Golgi membrane / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Hegde, R.S. / O'Donnell, J.P. | |||||||||
資金援助 | 英国, ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: The architecture of EMC reveals a path for membrane protein insertion. 著者: John P O'Donnell / Ben P Phillips / Yuichi Yagita / Szymon Juszkiewicz / Armin Wagner / Duccio Malinverni / Robert J Keenan / Elizabeth A Miller / Ramanujan S Hegde / 要旨: Approximately 25% of eukaryotic genes code for integral membrane proteins that are assembled at the endoplasmic reticulum. An abundant and widely conserved multi-protein complex termed EMC has been ...Approximately 25% of eukaryotic genes code for integral membrane proteins that are assembled at the endoplasmic reticulum. An abundant and widely conserved multi-protein complex termed EMC has been implicated in membrane protein biogenesis, but its mechanism of action is poorly understood. Here, we define the composition and architecture of human EMC using biochemical assays, crystallography of individual subunits, site-specific photocrosslinking, and cryo-EM reconstruction. Our results suggest that EMC's cytosolic domain contains a large, moderately hydrophobic vestibule that can bind a substrate's transmembrane domain (TMD). The cytosolic vestibule leads into a lumenally-sealed, lipid-exposed intramembrane groove large enough to accommodate a single substrate TMD. A gap between the cytosolic vestibule and intramembrane groove provides a potential path for substrate egress from EMC. These findings suggest how EMC facilitates energy-independent membrane insertion of TMDs, explain why only short lumenal domains are translocated by EMC, and constrain models of EMC's proposed chaperone function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6z3w.cif.gz | 278.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6z3w.ent.gz | 188.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6z3w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6z3w_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6z3w_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6z3w_validation.xml.gz | 50.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6z3w_validation.cif.gz | 83.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z3/6z3w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-ER membrane protein complex subunit ... , 8種, 8分子 ABCDFGHI
#1: タンパク質 | 分子量: 86666.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC1, KIAA0090, PSEC0263 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N766 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 34882.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 遺伝子: EMC2, KIAA0103, TTC35 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15006 |
#3: タンパク質 | 分子量: 29981.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC3, TMEM111 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P0I2 |
#4: タンパク質 | 分子量: 20104.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC4, TMEM85, HSPC184, PIG17 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5J8M3 |
#6: タンパク質 | 分子量: 12029.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC6, TMEM93 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BV81 |
#7: タンパク質 | 分子量: 26501.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC7, C11orf3, C15orf24, HT022, UNQ905/PRO1926 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPA0 |
#8: タンパク質 | 分子量: 23084.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC9, C14orf122, FAM158A, CGI-112 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3B6 |
#9: タンパク質 | 分子量: 27375.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EMC10, C19orf63, HSM1, INM02, UNQ764/PRO1556 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5UCC4 |
-タンパク質 , 1種, 1分子 E
#5: タンパク質 | 分子量: 14706.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMGT1, EMC5, TMEM32 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N4V1 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human ER membrane protein complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | |||||||||
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分子量 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | |||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 167294 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 200 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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