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Yorodumi- PDB-5ybb: Structural basis underlying complex assembly andconformational tr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ybb | ||||||
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Title | Structural basis underlying complex assembly andconformational transition of the type I R-M system | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein complex typeI RM system MTase EcoKI / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / endonuclease activity / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Liu, Y.P. / Tang, Q. / Zhang, J.Z. / Tian, L.F. / Gao, P. / Yan, X.X. | ||||||
Citation | Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2017 Title: Structural basis underlying complex assembly and conformational transition of the type I R-M system. Authors: Liu, Y.P. / Tang, Q. / Zhang, J.Z. / Tian, L.F. / Gao, P. / Yan, X.X. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ybb.cif.gz | 804.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ybb.ent.gz | 681.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ybb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/5ybb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yb/5ybb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 58567.441 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (strain DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4) (bacteria) Strain: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / Gene: HsdM, TTE1547 / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / Strain (production host): K-12 / References: UniProt: Q8R9Q4 #2: Protein | Mass: 44719.336 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (bacteria) Strain: DSM 15242 / JCM 11007 / NBRC 100824 / MB4 / Gene: HsdM, TTE1545 / Production host: Escherichia coli K-12 (bacteria) / References: UniProt: Q8R9Q6 #3: DNA chain | | Mass: 6833.402 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: DNA chain | | Mass: 6673.306 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #5: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.1 M Tris-HCl, 54% MPD, 0.2 M NH4H2PO4, pH 8.8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL19U1 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 13, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→50 Å / Num. obs: 66781 / % possible obs: 95.3 % / Redundancy: 2.8 % / Net I/σ(I): 27.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.2→47.002 Å / SU ML: 0.52 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 30.7 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→47.002 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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