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- PDB-6yl3: High resolution cryo-EM structure of urease from the pathogen Yer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yl3
タイトルHigh resolution cryo-EM structure of urease from the pathogen Yersinia enterocolitica
要素
  • Urease subunit alpha
  • Urease subunit beta
  • Urease subunit gamma
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Urease / enzyme / nickel / metalloenzyme / pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily ...Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / : / Urease, gamma subunit / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Urease subunit alpha / Urease subunit beta / Urease subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Righetto, R.D. / Anton, L. / Adaixo, R. / Jakob, R. / Zivanov, J. / Mahi, M.A. / Ringler, P. / Schwede, T. / Maier, T. / Stahlberg, H.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: High-resolution cryo-EM structure of urease from the pathogen Yersinia enterocolitica.
著者: Ricardo D Righetto / Leonie Anton / Ricardo Adaixo / Roman P Jakob / Jasenko Zivanov / Mohamed-Ali Mahi / Philippe Ringler / Torsten Schwede / Timm Maier / Henning Stahlberg /
要旨: Urease converts urea into ammonia and carbon dioxide and makes urea available as a nitrogen source for all forms of life except animals. In human bacterial pathogens, ureases also aid in the invasion ...Urease converts urea into ammonia and carbon dioxide and makes urea available as a nitrogen source for all forms of life except animals. In human bacterial pathogens, ureases also aid in the invasion of acidic environments such as the stomach by raising the surrounding pH. Here, we report the structure of urease from the pathogen Yersinia enterocolitica at 2 Å resolution from cryo-electron microscopy. Y. enterocolitica urease is a dodecameric assembly of a trimer of three protein chains, ureA, ureB and ureC. The high data quality enables detailed visualization of the urease bimetal active site and of the impact of radiation damage. The obtained structure is of sufficient quality to support drug development efforts.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020
タイトル: High-resolution cryo-EM structure of urease from the pathogen Yersinia enterocolitica
著者: Righetto, R.D. / Anton, L. / Adaixo, R. / Jakob, R. / Zivanov, J. / Mahi, M.A. / Ringler, P. / Schwede, T. / Maier, T. / Stahlberg, H.
履歴
登録2020年4月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id ..._struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10835
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urease subunit gamma
B: Urease subunit beta
C: Urease subunit alpha
D: Urease subunit gamma
E: Urease subunit beta
F: Urease subunit alpha
G: Urease subunit gamma
H: Urease subunit beta
I: Urease subunit alpha
J: Urease subunit gamma
K: Urease subunit beta
L: Urease subunit alpha
M: Urease subunit gamma
N: Urease subunit beta
O: Urease subunit alpha
P: Urease subunit gamma
Q: Urease subunit beta
R: Urease subunit alpha
S: Urease subunit gamma
T: Urease subunit beta
V: Urease subunit alpha
W: Urease subunit gamma
X: Urease subunit beta
Y: Urease subunit alpha
Z: Urease subunit gamma
0: Urease subunit beta
1: Urease subunit alpha
2: Urease subunit gamma
3: Urease subunit beta
4: Urease subunit alpha
5: Urease subunit gamma
6: Urease subunit beta
7: Urease subunit alpha
8: Urease subunit gamma
9: Urease subunit beta
U: Urease subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,042,16960
ポリマ－1,040,76036
非ポリマー1,40924
水66,1513672
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, Single-particle analysis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area207530 Å2
ΔGint-1168 kcal/mol
Surface area228160 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Urease subunit gamma / Urea amidohydrolase subunit gamma


分子量: 11063.837 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア)
参照: UniProt: F4MWM9, urease
#2: タンパク質
Urease subunit beta / Urea amidohydrolase subunit beta


分子量: 14611.317 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア)
参照: UniProt: F4MWM8, urease
#3: タンパク質
Urease subunit alpha / Urea amidohydrolase subunit alpha


分子量: 61054.859 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア)
参照: UniProt: F4MWM7, urease
#4: 化合物...
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Urease oligomer from Y. enterocolitica / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: NATURAL
分子量値: 1.025 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Yersinia enterocolitica W22703 (腸炎エルシニア)
株: E40
緩衝液pH: 7
試料濃度: 0.39 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K / 詳細: 3 seconds blotting

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: T (正4面体型対称)
3次元再構成解像度: 1.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 97627 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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