+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xt9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Subunits BBS 1,4,8,9,18 of the human BBSome complex | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | PROTEIN TRANSPORT / ciliary transport / Arl6 effector / adaptor protein / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of non-motile cilium assembly / protein localization to photoreceptor outer segment / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / receptor localization to non-motile cilium / BBSome / retinal rod cell development / negative regulation of appetite by leptin-mediated signaling pathway / photoreceptor cell outer segment organization / microtubule anchoring at centrosome / smoothened binding ...regulation of non-motile cilium assembly / protein localization to photoreceptor outer segment / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / receptor localization to non-motile cilium / BBSome / retinal rod cell development / negative regulation of appetite by leptin-mediated signaling pathway / photoreceptor cell outer segment organization / microtubule anchoring at centrosome / smoothened binding / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / sensory processing / protein localization to organelle / ciliary transition zone / melanosome transport / photoreceptor connecting cilium / patched binding / ventricular system development / negative regulation of actin filament polymerization / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / striatum development / Golgi to plasma membrane protein transport / positive regulation of cilium assembly / positive regulation of multicellular organism growth / response to stimulus / non-motile cilium assembly / maintenance of protein location in nucleus / photoreceptor cell maintenance / protein localization to cilium / regulation of stress fiber assembly / brain morphogenesis / non-motile cilium / negative regulation of systemic arterial blood pressure / retina homeostasis / motile cilium / centrosome cycle / protein localization to centrosome / negative regulation of GTPase activity / ciliary membrane / fat pad development / adult behavior / pericentriolar material / beta-tubulin binding / heart looping / fat cell differentiation / dendrite development / face development / axoneme / dynactin binding / social behavior / regulation of lipid metabolic process / centriolar satellite / spermatid development / mitotic cytokinesis / photoreceptor outer segment / alpha-tubulin binding / cilium assembly / intracellular transport / visual perception / centriole / photoreceptor inner segment / ciliary basal body / regulation of cytokinesis / neural tube closure / hippocampus development / neuron migration / cerebral cortex development / cilium / microtubule cytoskeleton organization / sensory perception of smell / protein transport / protein-macromolecule adaptor activity / negative regulation of gene expression / centrosome / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Klink, B.U. / Raunser, S. / Gatsogiannis, C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Structure of the human BBSome core complex. 著者: Björn Udo Klink / Christos Gatsogiannis / Oliver Hofnagel / Alfred Wittinghofer / Stefan Raunser / 要旨: The BBSome is a heterooctameric protein complex that plays a central role in primary cilia homeostasis. Its malfunction causes the severe ciliopathy Bardet-Biedl syndrome (BBS). The complex acts as a ...The BBSome is a heterooctameric protein complex that plays a central role in primary cilia homeostasis. Its malfunction causes the severe ciliopathy Bardet-Biedl syndrome (BBS). The complex acts as a cargo adapter that recognizes signaling proteins such as GPCRs and links them to the intraflagellar transport machinery. The underlying mechanism is poorly understood. Here we present a high-resolution cryo-EM structure of a human heterohexameric core subcomplex of the BBSome. The structure reveals the architecture of the complex in atomic detail. It explains how the subunits interact with each other and how disease-causing mutations hamper this interaction. The complex adopts a conformation that is open for binding to membrane-associated GTPase Arl6 and a large positively charged patch likely strengthens the interaction with the membrane. A prominent negatively charged cleft at the center of the complex is likely involved in binding of positively charged signaling sequences of cargo proteins. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xt9.cif.gz | 395.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6xt9.ent.gz | 309.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xt9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xt9_validation.pdf.gz | 994.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6xt9_full_validation.pdf.gz | 1014 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xt9_validation.xml.gz | 65 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xt9_validation.cif.gz | 97.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xt9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/6xt9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65159.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BBS1, BBS2L2 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NFJ9 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 59463.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BBS4 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96RK4 |
#3: タンパク質 | 分子量: 58702.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTC8 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0C4DGY3 |
#4: タンパク質 | 分子量: 99383.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BBS9, PTHB1 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q3SYG4 |
#5: タンパク質 | 分子量: 15430.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BBIP1, BBIP10, NCRNA00081 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8MTZ0 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: BBSome core complex / タイプ: COMPLEX 詳細: BBSome core complex containing BBS1,4, 8, 9 and 18. BBS5 was also present in the sample preparation, but was only visible in a subset of particles (see related entry) Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株: Hi5 / プラスミド: ACEMBL | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The sample was cross linked with 0.5% glutaraldehyde | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 286 K 詳細: double blot with 2 minutes incubation after first sample application |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Calibrated defocus min: 300 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 15 sec. / 電子線照射量: 67 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 15266 |
電子光学装置 | エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: VOLTA PHASE PLATE |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
-解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2831329 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 862114 / 対称性のタイプ: POINT |