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万見
- PDB-3bl8: Crystal structure of the extracellular domain of neuroligin 2A fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bl8
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of neuroligin 2A from mouse
要素Neuroligin-2
キーワードCELL ADHESION / neuroligin 2A / Glycoprotein / Membrane / Phosphoprotein / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


jump response / neurotransmitter-gated ion channel clustering / positive regulation of t-SNARE clustering / Neurexins and neuroligins / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic specialization assembly / positive regulation of synaptic vesicle clustering / postsynaptic membrane assembly ...jump response / neurotransmitter-gated ion channel clustering / positive regulation of t-SNARE clustering / Neurexins and neuroligins / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / terminal button organization / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic specialization assembly / positive regulation of synaptic vesicle clustering / postsynaptic membrane assembly / presynaptic membrane assembly / thigmotaxis / ribbon synapse / neuron cell-cell adhesion / insulin metabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / neurexin family protein binding / inhibitory synapse / presynapse assembly / protein localization to synapse / dopaminergic synapse / glycinergic synapse / regulation of AMPA receptor activity / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / inhibitory synapse assembly / protein localization to cell surface / positive regulation of synapse assembly / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of protein localization to synapse / postsynaptic specialization membrane / synaptic transmission, GABAergic / social behavior / locomotory exploration behavior / neuromuscular process controlling balance / excitatory synapse / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of presynapse assembly / synapse assembly / cell adhesion molecule binding / sensory perception of pain / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / dendritic shaft / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / GABA-ergic synapse / modulation of chemical synaptic transmission / synapse organization / positive regulation of insulin secretion / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / axon / positive regulation of cell population proliferation / synapse / dendrite / cell surface / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neuroligin / : / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Jin, X. / Koehnke, J. / Shapiro, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the extracellular cholinesterase-like domain from neuroligin-2.
著者: Koehnke, J. / Jin, X. / Budreck, E.C. / Posy, S. / Scheiffele, P. / Honig, B. / Shapiro, L.
履歴
登録2007年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年3月31日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroligin-2
B: Neuroligin-2
C: Neuroligin-2
D: Neuroligin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,6678
ポリマ－259,4034
非ポリマー2,2644
水93752
1
A: Neuroligin-2
C: Neuroligin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,5094
ポリマ－129,7022
非ポリマー8082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
手法PISA
2
B: Neuroligin-2
D: Neuroligin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,1584
ポリマ－129,7022
非ポリマー1,4562
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)214.723, 92.567, 188.408
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Neuroligin-2


分子量: 64850.801 Da / 分子数: 4 / 断片: esterase-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nlgn2, Kiaa1366 / プラスミド: pCEP4-NL2A / 細胞株 (発現宿主): HEK293-GNTI / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q69ZK9
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d3-e1_d6-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 3.5% PEG 6000, 0.1M Bicine, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月7日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→30 Å / Num. all: 57279 / Num. obs: 54385 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.503 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 5279 / Rsym value: 0.503 / Χ2: 1.015 / % possible all: 96.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 61.915 / SU ML: 0.467 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.513 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 2714 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.221 54190 98.51 %-
all-54279 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 126.202 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.45 Å20 Å2-9.25 Å2
2---2.62 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17172 0 150 52 17374
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02217826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2131.95724315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0552179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63924.101851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.917152691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.00115100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.22632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213892
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.28863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.212039
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2522
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1060.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2781.511096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.51217560
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.52837612
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9374.56754
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 190 -
Rwork0.332 3578 -
all-3768 -
obs--96.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.22250.0194-0.58633.7692-0.7022.1452-0.0827-0.46790.01740.43230.1417-0.21590.01630.0725-0.059-0.6722-0.03230.046-0.8698-0.0829-0.626548.498946.658110.9178
23.1231-0.19732.90542.2111-0.46587.2258-0.3199-0.78610.33090.4620.078-0.3425-0.93310.36890.2419-0.22110.082-0.0656-0.0598-0.1192-0.3587-16.839951.03540.7273
32.87650.75130.01172.4094-1.23793.88420.2119-0.4134-0.4720.3166-0.0303-0.08640.2677-0.2045-0.1816-0.1688-0.09890.0131-0.17070.1926-0.17719.319711.522552.7535
45.13570.17733.23541.64490.13634.76560.27060.0768-0.40140.0210.2845-0.07060.3305-0.5432-0.55510.2362-0.0784-0.24340.7312-0.5033-0.220416.40647.478392.7006
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA42 - 6053 - 566
2X-RAY DIFFRACTION2BB42 - 6053 - 566
3X-RAY DIFFRACTION3CC42 - 6053 - 566
4X-RAY DIFFRACTION4DD42 - 6053 - 566

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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