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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xla | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of EcmrR-DNA complex in EcmrR-RPitc-3nt | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / Transcriptional factor / promoter / multidrug recognition | ||||||
機能・相同性 | TETRAPHENYLANTIMONIUM ION / DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Yang, Y. / Liu, C. / Shi, W. / Liu, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural visualization of transcription activated by a multidrug-sensing MerR family regulator. 著者: Yang Yang / Chang Liu / Wei Zhou / Wei Shi / Ming Chen / Baoyue Zhang / David G Schatz / Yangbo Hu / Bin Liu / 要旨: Bacterial RNA polymerase (RNAP) holoenzyme initiates transcription by recognizing the conserved -35 and -10 promoter elements that are optimally separated by a 17-bp spacer. The MerR family of ...Bacterial RNA polymerase (RNAP) holoenzyme initiates transcription by recognizing the conserved -35 and -10 promoter elements that are optimally separated by a 17-bp spacer. The MerR family of transcriptional regulators activate suboptimal 19-20 bp spacer promoters in response to myriad cellular signals, ranging from heavy metals to drug-like compounds. The regulation of transcription by MerR family regulators is not fully understood. Here we report one crystal structure of a multidrug-sensing MerR family regulator EcmrR and nine cryo-electron microscopy structures that capture the EcmrR-dependent transcription process from promoter opening to initial transcription to RNA elongation. These structures reveal that EcmrR is a dual ligand-binding factor that reshapes the suboptimal 19-bp spacer DNA to enable optimal promoter recognition, sustains promoter remodeling to stabilize initial transcribing complexes, and finally dissociates from the promoter to reverse DNA remodeling and facilitate the transition to elongation. Our findings yield a comprehensive model for transcription regulation by MerR family factors and provide insights into the transition from transcription initiation to elongation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xla.cif.gz | 133.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xla.ent.gz | 99 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xla.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xla_validation.pdf.gz | 963.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xla_full_validation.pdf.gz | 966.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xla_validation.xml.gz | 22.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xla_validation.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/6xla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/6xla | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 22237MC 6wl5C 6xl5C 6xl6C 6xl9C 6xljC 6xlkC 6xllC 6xlmC 6xlnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31394.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #2: DNA鎖 | | 分子量: 16718.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #3: DNA鎖 | | 分子量: 16634.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: EcmrR-spacer DNA complex in EcmrR-RNAP-promoter initial transcribing complex with 3-nt RNA transcript (EcmrR-RPitc-3nt) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 96000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 30 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 446920 | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110796 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6WL5 PDB chain-ID: A / Accession code: 6WL5 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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