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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xg6 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Full-length human mitochondrial Hsp90 (TRAP1) with ADP-BeF3 | |||||||||||||||||||||
要素 | Heat shock protein 75 kDa, mitochondrial, Fibronectin binding protein fusion | |||||||||||||||||||||
キーワード | CHAPERONE / Hsp90 | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / Citric acid cycle (TCA cycle) / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / chaperone-mediated protein folding / cell periphery / ATP-dependent protein folding chaperone ...translational attenuation / negative regulation of cellular respiration / Citric acid cycle (TCA cycle) / Respiratory electron transport / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hydrogen peroxide / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / chaperone-mediated protein folding / cell periphery / ATP-dependent protein folding chaperone / mitochondrial intermembrane space / unfolded protein binding / protein folding / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Liu, Y.X. / Wang, F. / Agard, D.A. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020 タイトル: General and robust covalently linked graphene oxide affinity grids for high-resolution cryo-EM. 著者: Feng Wang / Yanxin Liu / Zanlin Yu / Sam Li / Shengjie Feng / Yifan Cheng / David A Agard / 要旨: Affinity grids have great potential to facilitate rapid preparation of even quite impure samples in single-particle cryo-electron microscopy (EM). Yet despite the promising advances of affinity grids ...Affinity grids have great potential to facilitate rapid preparation of even quite impure samples in single-particle cryo-electron microscopy (EM). Yet despite the promising advances of affinity grids over the past decades, no single strategy has demonstrated general utility. Here we chemically functionalize cryo-EM grids coated with mostly one or two layers of graphene oxide to facilitate affinity capture. The protein of interest is tagged using a system that rapidly forms a highly specific covalent bond to its cognate catcher linked to the grid via a polyethylene glycol (PEG) spacer. Importantly, the spacer keeps particles away from both the air-water interface and the graphene oxide surface, protecting them from potential denaturation and rendering them sufficiently flexible to avoid preferential sample orientation concerns. Furthermore, the PEG spacer successfully reduces nonspecific binding, enabling high-resolution reconstructions from a much cruder lysate sample. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xg6.cif.gz | 241.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xg6.ent.gz | 184.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xg6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xg6_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xg6_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6xg6_validation.xml.gz | 50.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xg6_validation.cif.gz | 74.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/6xg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xg/6xg6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 87094.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: TRAP1, HSP75, fba2, E0F66_06355, GQY31_00620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12931, UniProt: Q8G9G1 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Trap1 dimer with ADP-BeF3 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 値: 0.147 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | グリッドのタイプ: Quantifoil | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 69 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 70998 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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