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万見
- PDB-6x3e: hEAAT3-Asymmetric-1o2i -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x3e
タイトルhEAAT3-Asymmetric-1o2i
要素Excitatory amino acid transporter 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Asymmetric / Outward-facing bound / Inward-facing open
機能・相同性
機能・相同性情報


response to decreased oxygen levels / D-aspartate transmembrane transport / response to anesthetic / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity ...response to decreased oxygen levels / D-aspartate transmembrane transport / response to anesthetic / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / L-glutamate import / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / cellular response to mercury ion / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / zinc ion transmembrane transport / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / monoatomic anion channel activity / cellular response to bisphenol A / L-aspartate transmembrane transport / D-aspartate import across plasma membrane / cellular response to ammonium ion / proximal dendrite / righting reflex / L-aspartate transmembrane transporter activity / glutathione biosynthetic process / L-aspartate import across plasma membrane / grooming behavior / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / L-glutamate import across plasma membrane / conditioned place preference / transepithelial transport / apical dendrite / intracellular zinc ion homeostasis / glutamate receptor signaling pathway / response to morphine / neurotransmitter transport / cellular response to cocaine / blood vessel morphogenesis / motor behavior / motor neuron apoptotic process / glutamate binding / chloride transmembrane transporter activity / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / adult behavior / positive regulation of heart rate / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / maintenance of blood-brain barrier / dopamine metabolic process / superoxide metabolic process / heart contraction / perisynaptic space / glial cell projection / cellular response to organic cyclic compound / transport across blood-brain barrier / asymmetric synapse / response to axon injury / behavioral fear response / monoatomic ion transport / synaptic cleft / axon terminus / chloride transmembrane transport / response to amphetamine / neurogenesis / dendritic shaft / locomotory behavior / cell periphery / long-term synaptic potentiation / synapse organization / regulation of protein phosphorylation / Schaffer collateral - CA1 synapse / brain development / memory / cytokine-mediated signaling pathway / recycling endosome membrane / presynapse / late endosome membrane / gene expression / early endosome membrane / cellular response to oxidative stress / chemical synaptic transmission / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / dendritic spine / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / apical plasma membrane / axon / neuronal cell body / dendrite / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
ASPARTIC ACID / Excitatory amino acid transporter 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.42 Å
データ登録者Qiu, B. / Matthies, D. / Boudker, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS064357 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of excitatory amino acid transporter 3 visualize coupled substrate, sodium, and proton binding and transport.
著者: Biao Qiu / Doreen Matthies / Eva Fortea / Zhiheng Yu / Olga Boudker /
要旨: Human excitatory amino acid transporter 3 (hEAAT3) mediates glutamate uptake in neurons, intestine, and kidney. Here, we report cryo-EM structures of hEAAT3 in several functional states where the ...Human excitatory amino acid transporter 3 (hEAAT3) mediates glutamate uptake in neurons, intestine, and kidney. Here, we report cryo-EM structures of hEAAT3 in several functional states where the transporter is empty, bound to coupled sodium ions only, or fully loaded with three sodium ions, a proton, and the substrate aspartate. The structures suggest that hEAAT3 operates by an elevator mechanism involving three functionally independent subunits. When the substrate-binding site is near the cytoplasm, it has a remarkably low affinity for the substrate, perhaps facilitating its release and allowing the rapid transport turnover. The mechanism of the coupled uptake of the sodium ions and the substrate is conserved across evolutionarily distant families and is augmented by coupling to protons in EAATs. The structures further suggest a mechanism by which a conserved glutamate residue mediates proton symport.
履歴
登録2020年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22020
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Excitatory amino acid transporter 3
B: Excitatory amino acid transporter 3
C: Excitatory amino acid transporter 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,1067
ポリマ－171,9043
非ポリマー2024
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Excitatory amino acid transporter 3 / Excitatory amino-acid carrier 1 / Neuronal and epithelial glutamate transporter / Sodium-dependent ...Excitatory amino-acid carrier 1 / Neuronal and epithelial glutamate transporter / Sodium-dependent glutamate/aspartate transporter 3 / Solute carrier family 1 member 1


分子量: 57301.168 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The Glycine and Proline at the N terminal are the residues left after PreScission Protease treatment
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC1A1, EAAC1, EAAT3 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43005
#2: 化合物 ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7NO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Asymmetric hEAAT3 trimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisC4H11NO31
2200 mMsodium chlorideNaCl1
31 mML-AspartateC4H7NO41
41 mMTCEPC9H15O6P1
50.086 mMDigitonin glyco diosgeninC56H92O251
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was mono disperse
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot 3s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18rc1_3769: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2SerialEM画像取得
4RELION3CTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 190599
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.42 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 158349 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0069603
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.91913028
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.7481302
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0551654
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071585

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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