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- PDB-6x0u: Structure of MZT1/GCP3-NHD and MZT1/GCP6-NHD in the gamma-TuRC lu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x0u
タイトルStructure of MZT1/GCP3-NHD and MZT1/GCP6-NHD in the gamma-TuRC lumenal bridge
要素
  • Gamma-tubulin complex component 3
  • Gamma-tubulin complex component 6
  • Mitotic-spindle organizing protein 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / gamma-TuRC / lumenal bridge / MZT1 / GCP
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / equatorial microtubule organizing center / gamma-tubulin ring complex / microtubule minus-end binding / interphase microtubule organizing center / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding ...microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / equatorial microtubule organizing center / gamma-tubulin ring complex / microtubule minus-end binding / interphase microtubule organizing center / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / mitotic spindle assembly / single fertilization / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / centriole / meiotic cell cycle / structural constituent of cytoskeleton / spindle pole / spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / centrosome / structural molecule activity / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitotic-spindle organizing protein 1 / Gamma-tubulin complex component 3 / Gamma-tubulin complex component 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Wieczorek, M. / Huang, T.-L. / Urnavicius, L. / Hsia, K.-C. / Kapoor, T.M.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
Human Frontier Science Program (HFSP)
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)
Academia Sinica (Taiwan)
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: MZT Proteins Form Multi-Faceted Structural Modules in the γ-Tubulin Ring Complex.
著者: Michal Wieczorek / Tzu-Lun Huang / Linas Urnavicius / Kuo-Chiang Hsia / Tarun M Kapoor /
要旨: Microtubule organization depends on the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), a ∼2.3-MDa nucleation factor comprising an asymmetric assembly of γ-tubulin and GCP2-GCP6. However, it is currently ...Microtubule organization depends on the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), a ∼2.3-MDa nucleation factor comprising an asymmetric assembly of γ-tubulin and GCP2-GCP6. However, it is currently unclear how the γ-TuRC-associated microproteins MZT1 and MZT2 contribute to the structure and regulation of the holocomplex. Here, we report cryo-EM structures of MZT1 and MZT2 in the context of the native human γ-TuRC. MZT1 forms two subcomplexes with the N-terminal α-helical domains of GCP3 or GCP6 (GCP-NHDs) within the γ-TuRC "lumenal bridge." We determine the X-ray structure of recombinant MZT1/GCP6-NHD and find it is similar to that within the native γ-TuRC. We identify two additional MZT/GCP-NHD-like subcomplexes, one of which is located on the outer face of the γ-TuRC and comprises MZT2 and GCP2-NHD in complex with a centrosomin motif 1 (CM1)-containing peptide. Our data reveal how MZT1 and MZT2 establish multi-faceted, structurally mimetic "modules" that can expand structural and regulatory interfaces in the γ-TuRC.
履歴
登録2020年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-21984
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21984
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Gamma-tubulin complex component 3
D: Gamma-tubulin complex component 6
A: Mitotic-spindle organizing protein 1
C: Mitotic-spindle organizing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,4154
ポリマ－321,4154
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 3 / hGCP3 / Gamma-ring complex protein 104 kDa / hGrip104 / Spindle pole body protein Spc98 homolog / hSpc98


分子量: 103710.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96CW5
#2: タンパク質 Gamma-tubulin complex component 6 / GCP-6


分子量: 200733.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RT7
#3: タンパク質 Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing protein associated with a ring of gamma-tubulin 1


分子量: 8485.724 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q08AG7

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: gamma-TuRC lumenal bridge / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 419138 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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