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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wxb | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Influenza Hemagglutinin (HA) Trimer Vitrified Using Back-it-up | ||||||||||||
![]() | Hemagglutinin | ||||||||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / trimer / Influenza / back-it-up / through-grid wicking | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
![]() | Tan, Y.Z. / Rubinstein, J.L. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Through-grid wicking enables high-speed cryoEM specimen preparation. 著者: Yong Zi Tan / John L Rubinstein / ![]() 要旨: Blotting times for conventional cryoEM specimen preparation complicate time-resolved studies and lead to some specimens adopting preferred orientations or denaturing at the air-water interface. Here, ...Blotting times for conventional cryoEM specimen preparation complicate time-resolved studies and lead to some specimens adopting preferred orientations or denaturing at the air-water interface. Here, it is shown that solution sprayed onto one side of a holey cryoEM grid can be wicked through the grid by a glass-fiber filter held against the opposite side, often called the `back', of the grid, producing a film suitable for vitrification. This process can be completed in tens of milliseconds. Ultrasonic specimen application and through-grid wicking were combined in a high-speed specimen-preparation device that was named `Back-it-up' or BIU. The high liquid-absorption capacity of the glass fiber compared with self-wicking grids makes the method relatively insensitive to the amount of sample applied. Consequently, through-grid wicking produces large areas of ice that are suitable for cryoEM for both soluble and detergent-solubilized protein complexes. The speed of the device increases the number of views for a specimen that suffers from preferred orientations. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 471.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 408.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 77.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 21954MC ![]() 6wx6C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.2 TB Data #1: Unaligned Falcon IV movies [micrographs - multiframe] Data #2: Aligned micrographs [micrographs - single frame] Data #3: Final Refined Particles with Euler Angles and Shifts [picked particles - single frame - processed]) |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62855.215 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: A/Hong Kong/1/1968 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: ![]() #2: 糖 | ChemComp-NAG / #3: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Influenza Hemagglutinin Trimer (H3N2) (A/Hong Kong/1/1968) タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.19 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: Grid was glow discharged on both sides for 120s each. グリッドの材料: COPPER/RHODIUM / グリッドのタイプ: Homemade |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 50 % / 凍結前の試料温度: 298 K 詳細: Back-it-up (ultrasonic specimen application and through-grid wicking in a high-speed specimen preparation device) was used |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1556 |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 14 µm / 横: 4096 / 縦: 4096 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 378143 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128305 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3WHE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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