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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wr4 | ||||||
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タイトル | Structure of human ATG9A, the only transmembrane protein of the core autophagy machinery | ||||||
要素 | Autophagy-related protein 9A | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / TG9A / autophagosome / autophagy / cryoEM / molecular dynamics / transmembrane protein / membranecurvature / cellular compartments / membrane morphology / lipids | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipid scramblase activity / programmed necrotic cell death / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / bone morphogenesis / phagophore assembly site / autophagy of mitochondrion / reticulophagy / Macroautophagy ...phospholipid scramblase activity / programmed necrotic cell death / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / bone morphogenesis / phagophore assembly site / autophagy of mitochondrion / reticulophagy / Macroautophagy / autophagosome assembly / autophagosome / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / mitochondrial membrane / trans-Golgi network / recycling endosome / recycling endosome membrane / late endosome / late endosome membrane / endosome / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / mitochondrion / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Guardia, C.M. / Tan, X. / Lian, T. / Rana, M.S. / Zhou, W. / Christenson, E.T. / Lowry, A.J. / Faraldo-Gomez, J.D. / Bonifacino, J.S. / Jiang, J. / Banerjee, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020 タイトル: Structure of Human ATG9A, the Only Transmembrane Protein of the Core Autophagy Machinery. 著者: Carlos M Guardia / Xiao-Feng Tan / Tengfei Lian / Mitra S Rana / Wenchang Zhou / Eric T Christenson / Augustus J Lowry / José D Faraldo-Gómez / Juan S Bonifacino / Jiansen Jiang / Anirban Banerjee / 要旨: Autophagy is a catabolic process involving capture of cytoplasmic materials into double-membraned autophagosomes that subsequently fuse with lysosomes for degradation of the materials by lysosomal ...Autophagy is a catabolic process involving capture of cytoplasmic materials into double-membraned autophagosomes that subsequently fuse with lysosomes for degradation of the materials by lysosomal hydrolases. One of the least understood components of the autophagy machinery is the transmembrane protein ATG9. Here, we report a cryoelectron microscopy structure of the human ATG9A isoform at 2.9-Å resolution. The structure reveals a fold with a homotrimeric domain-swapped architecture, multiple membrane spans, and a network of branched cavities, consistent with ATG9A being a membrane transporter. Mutational analyses support a role for the cavities in the function of ATG9A. In addition, structure-guided molecular simulations predict that ATG9A causes membrane bending, explaining the localization of this protein to small vesicles and highly curved edges of growing autophagosomes. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6wr4.cif.gz | 281.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6wr4.ent.gz | 210.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6wr4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6wr4_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6wr4_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6wr4_validation.xml.gz | 47.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6wr4_validation.cif.gz | 65.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/6wr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/6wr4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 94551.031 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG9A, APG9L1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7Z3C6 #2: 化合物 | ChemComp-LMN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Autophagy Related 9A with LMNG / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 57 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 646291 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化 | 交差検証法: THROUGHOUT | ||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 0 Å2 / Biso mean: 0 Å2 / Biso min: 0 Å2 |