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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6wmr | ||||||
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タイトル | F. tularensis RNAPs70-(MglA-SspA)-iglA DNA complex | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / RNA polymerase complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / glutathione metabolic process / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / transferase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / glutathione metabolic process / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / transferase activity / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å | ||||||
![]() | Travis, B.A. / Brennan, R.G. / Schumacher, M.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Virulence Activation of Francisella tularensis. 著者: Brady A Travis / Kathryn M Ramsey / Samantha M Prezioso / Thomas Tallo / Jamie M Wandzilak / Allen Hsu / Mario Borgnia / Alberto Bartesaghi / Simon L Dove / Richard G Brennan / Maria A Schumacher / ![]() 要旨: The bacterium Francisella tularensis (Ft) is one of the most infectious agents known. Ft virulence is controlled by a unique combination of transcription regulators: the MglA-SspA heterodimer, PigR, ...The bacterium Francisella tularensis (Ft) is one of the most infectious agents known. Ft virulence is controlled by a unique combination of transcription regulators: the MglA-SspA heterodimer, PigR, and the stress signal, ppGpp. MglA-SspA assembles with the σ-associated RNAP holoenzyme (RNAPσ), forming a virulence-specialized polymerase. These factors activate Francisella pathogenicity island (FPI) gene expression, which is required for virulence, but the mechanism is unknown. Here we report FtRNAPσ-promoter-DNA, FtRNAPσ-(MglA-SspA)-promoter DNA, and FtRNAPσ-(MglA-SspA)-ppGpp-PigR-promoter DNA cryo-EM structures. Structural and genetic analyses show MglA-SspA facilitates σ binding to DNA to regulate virulence and virulence-enhancing genes. Our Escherichia coli RNAPσhomodimeric EcSspA structure suggests this is a general SspA-transcription regulation mechanism. Strikingly, our FtRNAPσ-(MglA-SspA)-ppGpp-PigR-DNA structure reveals ppGpp binding to MglA-SspA tethers PigR to promoters. PigR in turn recruits FtRNAP αCTDs to DNA UP elements. Thus, these studies unveil a unique mechanism for Ft pathogenesis involving a virulence-specialized RNAP that employs two (MglA-SspA)-based strategies to activate virulence genes. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 723.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 552.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA鎖 , 4種, 4分子 GHXJ
#1: DNA鎖 | 分子量: 10819.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 7283.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
#3: DNA鎖 | 分子量: 3350.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
#4: DNA鎖 | 分子量: 3359.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() |
-タンパク質 , 3種, 3分子 SMZ
#5: タンパク質 | 分子量: 24098.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A3N3ZVL6 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 23650.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A0B6CT24 |
#7: タンパク質 | 分子量: 67748.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: A0A0B3WH85 |
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 5種, 5分子 ABCDE
#8: タンパク質 | 分子量: 35393.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: LVS / 参照: UniProt: Q2A5E5, DNA-directed RNA polymerase |
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#9: タンパク質 | 分子量: 35113.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: LVS / 参照: UniProt: Q2A4H7, DNA-directed RNA polymerase |
#10: タンパク質 | 分子量: 151536.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: LVS / 参照: UniProt: Q2A1M7, DNA-directed RNA polymerase |
#11: タンパク質 | 分子量: 157599.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: LVS / 参照: UniProt: Q2A1M8, DNA-directed RNA polymerase |
#12: タンパク質 | 分子量: 8184.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: LVS / 参照: UniProt: Q2A273, DNA-directed RNA polymerase |
-非ポリマー , 2種, 3分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
#13: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#14: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Francisella RNAPs70-(MglA-SspA)-iglA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 42 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21457 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 128.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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