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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vy1 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of filamentous PFD from Methanocaldococcus jannaschii | ||||||||||||
要素 | Prefoldin subunit alpha 2 | ||||||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / helical symmetry / nanowire / prefoldin | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 prefoldin complex / unfolded protein binding / protein folding / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang, F. / Chen, Y.X. / Ing, N.L. / Hochbaum, A.I. / Clark, D.S. / Glover, D.J. / Egelman, E.H. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: ACS Nano / 年: 2020 タイトル: Structural Determination of a Filamentous Chaperone to Fabricate Electronically Conductive Metalloprotein Nanowires. 著者: Yun X Chen / Nicole L Ing / Fengbin Wang / Dawei Xu / Nancy B Sloan / Nga T Lam / Daniel L Winter / Edward H Egelman / Allon I Hochbaum / Douglas S Clark / Dominic J Glover / 要旨: The transfer of electrons through protein complexes is central to cellular respiration. Exploiting proteins for charge transfer in a controllable fashion has the potential to revolutionize the ...The transfer of electrons through protein complexes is central to cellular respiration. Exploiting proteins for charge transfer in a controllable fashion has the potential to revolutionize the integration of biological systems and electronic devices. Here we characterize the structure of an ultrastable protein filament and engineer the filament subunits to create electronically conductive nanowires under aqueous conditions. Cryoelectron microscopy was used to resolve the helical structure of gamma-prefoldin, a filamentous protein from a hyperthermophilic archaeon. Conjugation of tetra-heme c3-type cytochromes along the longitudinal axis of the filament created nanowires capable of long-range electron transfer. Electrochemical transport measurements indicated networks of the nanowires capable of conducting current between electrodes at the redox potential of the cytochromes. Functionalization of these highly engineerable nanowires with other molecules, such as redox enzymes, may be useful for bioelectronic applications. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vy1.cif.gz | 288.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6vy1.ent.gz | 239.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vy1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vy1_validation.pdf.gz | 719.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6vy1_full_validation.pdf.gz | 720.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6vy1_validation.xml.gz | 40.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vy1_validation.cif.gz | 66.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/6vy1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vy/6vy1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16410.641 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: pfdA2, MJ0648 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58064 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Methanocaldococcus jannaschii gamma-prefoldin / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2919: / 分類: 精密化 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -48.93 ° / 軸方向距離/サブユニット: 18.27 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 6 Å / 解像度の算出法: OTHER / 粒子像の数: 32227 / 詳細: d99, model:map FSC and map:map FSC / 対称性のタイプ: HELICAL |
原子モデル構築 | PDB-ID: 2ZDI Accession code: 2ZDI / Source name: PDB / タイプ: experimental model |