+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6vrh | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with paroxetine and 8B6 Fab | |||||||||
要素 |
| |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / antidepressant / complex / transporter / antibody | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / serotonergic synapse / Serotonin clearance from the synaptic cleft / positive regulation of serotonin secretion / cocaine binding / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / sperm ejaculation / serotonin:sodium:chloride symporter activity / sodium ion binding ...negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / serotonergic synapse / Serotonin clearance from the synaptic cleft / positive regulation of serotonin secretion / cocaine binding / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / sperm ejaculation / serotonin:sodium:chloride symporter activity / sodium ion binding / cellular response to cGMP / enteric nervous system development / negative regulation of organ growth / serotonin uptake / neurotransmitter transmembrane transporter activity / serotonin binding / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / conditioned place preference / vasoconstriction / brain morphogenesis / antiporter activity / neurotransmitter transport / syntaxin-1 binding / amino acid transport / nitric-oxide synthase binding / membrane depolarization / behavioral response to cocaine / social behavior / negative regulation of neuron differentiation / sodium ion transmembrane transport / endomembrane system / monoatomic cation channel activity / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / response to nutrient / platelet aggregation / memory / response to toxic substance / circadian rhythm / actin filament binding / integrin binding / response to estradiol / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / response to hypoxia / endosome membrane / neuron projection / immune response / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / focal adhesion / synapse / positive regulation of gene expression / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Coleman, J.A. / Navratna, V. / Yang, D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Chemical and structural investigation of the paroxetine-human serotonin transporter complex. 著者: Jonathan A Coleman / Vikas Navratna / Daniele Antermite / Dongxue Yang / James A Bull / Eric Gouaux / 要旨: Antidepressants target the serotonin transporter (SERT) by inhibiting serotonin reuptake. Structural and biochemical studies aiming to understand binding of small-molecules to conformationally ...Antidepressants target the serotonin transporter (SERT) by inhibiting serotonin reuptake. Structural and biochemical studies aiming to understand binding of small-molecules to conformationally dynamic transporters like SERT often require thermostabilizing mutations and antibodies to stabilize a specific conformation, leading to questions about relationships of these structures to the bonafide conformation and inhibitor binding poses of wild-type transporter. To address these concerns, we determined the structures of ∆N72/∆C13 and ts2-inactive SERT bound to paroxetine analogues using single-particle cryo-EM and x-ray crystallography, respectively. We synthesized enantiopure analogues of paroxetine containing either bromine or iodine instead of fluorine. We exploited the anomalous scattering of bromine and iodine to define the pose of these inhibitors and investigated inhibitor binding to Asn177 mutants of ts2-active SERT. These studies provide mutually consistent insights into how paroxetine and its analogues bind to the central substrate-binding site of SERT, stabilize the outward-open conformation, and inhibit serotonin transport. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6vrh.cif.gz | 150.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6vrh.ent.gz | 118.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6vrh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6vrh_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6vrh_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6vrh_validation.xml.gz | 44.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6vrh_validation.cif.gz | 63.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/6vrh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 21368MC 6vrkC 6vrlC 6w2bC 6w2cC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10380 (タイトル: Single particle cryo electron microscopy of the human serotonin transporter bound with paroxetine and in complex with 8B6 Fab Data size: 2.7 TB Data #1: Dataset 1 unaligned multi-frame micrographs of SERT-8B6 Fab complex bound to paroxetine [micrographs - multiframe] Data #2: Dataset 2 unaligned multi-frame micrographs of SERT-8B6 Fab complex bound to paroxetine [micrographs - multiframe] Data #3: Aligned micrographs of the SERT-8B6 paroxetine Fab complex bound to paroxetine [micrographs - single frame] Data #4: Particle stack of the SERT-8B6 paroxetine Fab complex bound to paroxetine [picked particles - multiframe - unprocessed]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 70371.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC6A4, HTT, SERT / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTi- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31645 |
---|
-抗体 , 2種, 2分子 CB
#2: 抗体 | 分子量: 23718.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A0U5BC76 |
---|---|
#3: 抗体 | 分子量: 23688.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-糖 , 2種, 3分子
#4: 糖 | #7: 糖 | ChemComp-LMT / | |
---|
-非ポリマー , 2種, 2分子
#5: 化合物 | ChemComp-8PR / |
---|---|
#6: 化合物 | ChemComp-CL / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.105 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: monodisperse | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 57 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 420373 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6AWN | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|