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万見
- PDB-6vcd: Cryo-EM structure of IRP2-FBXL5-SKP1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vcd
タイトルCryo-EM structure of IRP2-FBXL5-SKP1 complex
要素
  • F-box/LRR-repeat protein 5
  • Iron-responsive element binding protein 2, isoform CRA_a
  • S-phase kinase-associated protein 1
キーワードLIGASE / E3 ligase / [2Fe-2S] cluster / Iron metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


aconitate hydratase activity / iron-responsive element binding / regulation of xenophagy / citrate metabolic process / F-box domain binding / synaptic assembly at neuromuscular junction / regulation of cell cycle process / neural crest cell differentiation / : / regulation of BMP signaling pathway ...aconitate hydratase activity / iron-responsive element binding / regulation of xenophagy / citrate metabolic process / F-box domain binding / synaptic assembly at neuromuscular junction / regulation of cell cycle process / neural crest cell differentiation / : / regulation of BMP signaling pathway / PcG protein complex / regulation of mitophagy / regulation of centrosome duplication / maintenance of protein location in nucleus / intestinal absorption / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / regulation of TOR signaling / ubiquitin ligase activator activity / regulation of DNA damage checkpoint / establishment of localization in cell / mRNA stabilization / erythrocyte homeostasis / SCF ubiquitin ligase complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Prolactin receptor signaling / limb development / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / ubiquitin ligase complex scaffold activity / post-embryonic development / centrosome duplication / cilium assembly / cullin family protein binding / ubiquitin ligase complex / osteoclast differentiation / tricarboxylic acid cycle / GSK3B-mediated proteasomal degradation of PD-L1(CD274) / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / protein K48-linked ubiquitination / translation repressor activity / regulation of mitotic cell cycle / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / molecular function activator activity / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / G1/S transition of mitotic cell cycle / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Vpu mediated degradation of CD4 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Degradation of CRY and PER proteins / Activation of NF-kappaB in B cells / Iron uptake and transport / Degradation of GLI1 by the proteasome / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Negative regulation of NOTCH4 signaling / regulation of circadian rhythm / beta-catenin binding / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / FCERI mediated NF-kB activation / protein polyubiquitination / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / ubiquitin-protein transferase activity / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX2 expression and activity / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Downstream TCR signaling / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / regulation of inflammatory response / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / Neddylation / heterochromatin formation / regulation of apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of cell cycle / protein ubiquitination / chromatin remodeling / iron ion binding / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / perinuclear region of cytoplasm / mitochondrion / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Iron regulatory protein 2 / Aconitase/Iron-responsive element-binding protein 2 / Aconitase A, swivel domain / FBXL5-like, hemerythrin-like domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha, subdomain 1/3 / Aconitase family, 4Fe-4S cluster binding site / Aconitase, iron-sulfur domain / Aconitase family (aconitate hydratase) / Aconitase family signature 1. ...Iron regulatory protein 2 / Aconitase/Iron-responsive element-binding protein 2 / Aconitase A, swivel domain / FBXL5-like, hemerythrin-like domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha, subdomain 1/3 / Aconitase family, 4Fe-4S cluster binding site / Aconitase, iron-sulfur domain / Aconitase family (aconitate hydratase) / Aconitase family signature 1. / Aconitase family signature 2. / Aconitase A/isopropylmalate dehydratase small subunit, swivel domain / Aconitase C-terminal domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase, swivel / Hemerythrin-like / Hemerythrin HHE cation binding domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / A Receptor for Ubiquitination Targets / F-box domain profile. / F-box-like / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box domain / Leucine Rich repeat / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Iron-responsive element-binding protein 2 / Iron-responsive element-binding protein 2 / S-phase kinase-associated protein 1 / F-box/LRR-repeat protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wang, H. / Shi, H. / Zheng, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: FBXL5 Regulates IRP2 Stability in Iron Homeostasis via an Oxygen-Responsive [2Fe2S] Cluster.
著者: Hui Wang / Hui Shi / Malini Rajan / Elizabeth R Canarie / Seoyeon Hong / Daniele Simoneschi / Michele Pagano / Matthew F Bush / Stefan Stoll / Elizabeth A Leibold / Ning Zheng /
要旨: Cellular iron homeostasis is dominated by FBXL5-mediated degradation of iron regulatory protein 2 (IRP2), which is dependent on both iron and oxygen. However, how the physical interaction between ...Cellular iron homeostasis is dominated by FBXL5-mediated degradation of iron regulatory protein 2 (IRP2), which is dependent on both iron and oxygen. However, how the physical interaction between FBXL5 and IRP2 is regulated remains elusive. Here, we show that the C-terminal substrate-binding domain of FBXL5 harbors a [2Fe2S] cluster in the oxidized state. A cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the IRP2-FBXL5-SKP1 complex reveals that the cluster organizes the FBXL5 C-terminal loop responsible for recruiting IRP2. Interestingly, IRP2 binding to FBXL5 hinges on the oxidized state of the [2Fe2S] cluster maintained by ambient oxygen, which could explain hypoxia-induced IRP2 stabilization. Steric incompatibility also allows FBXL5 to physically dislodge IRP2 from iron-responsive element RNA to facilitate its turnover. Taken together, our studies have identified an iron-sulfur cluster within FBXL5, which promotes IRP2 polyubiquitination and degradation in response to both iron and oxygen concentrations.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21149
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron-responsive element binding protein 2, isoform CRA_a
B: F-box/LRR-repeat protein 5
C: S-phase kinase-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,8544
ポリマ－178,6783
非ポリマー1761
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area4820 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area43190 Å2

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要素

#1: タンパク質 Iron-responsive element binding protein 2, isoform CRA_a / IRP2


分子量: 105165.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IREB2, hCG_38938 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: D3DW85, UniProt: P48200*PLUS
#2: タンパク質 F-box/LRR-repeat protein 5 / FBXL5 / F-box and leucine-rich repeat protein 5 / F-box protein FBL4/FBL5 / p45SKP2-like protein


分子量: 54832.441 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 183-674 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBXL5, FBL4, FBL5, FLR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKA1
#3: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of ...SKP1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18679.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63208
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: IRP2-FBLX5-SKP1 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 73.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 955060 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00448253
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.617311180
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04421275
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00461424
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.67624934

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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