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- PDB-5byw: Crystal structure of engineered trifunctional CtCEL5E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5byw
タイトルCrystal structure of engineered trifunctional CtCEL5E
要素Endoglucanase H
キーワードHYDROLASE / Ctcel5E / cellulose
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module family 11 / Carbohydrate binding domain (family 11) / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / : / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain ...Carbohydrate binding module family 11 / Carbohydrate binding domain (family 11) / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / : / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Glycoside hydrolase, family 5, conserved site / Glycosyl hydrolases family 5 signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Galactose-binding-like domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain. / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Clostridium thermocellum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
Model detailsbiofunctional cellulase/xylanase
データ登録者Lin, W.L. / Liang, P.H. / Ho, M.C.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of engineered trifunctional CtCel5E
著者: Lin, W.L. / Liang, P.H. / Ho, M.C.
履歴
登録2015年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase H
B: Endoglucanase H
C: Endoglucanase H
D: Endoglucanase H
E: Endoglucanase H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,8635
ポリマ－236,8635
非ポリマー00
水3,171176
1
A: Endoglucanase H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3731
ポリマ－47,3731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endoglucanase H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3731
ポリマ－47,3731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Endoglucanase H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3731
ポリマ－47,3731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Endoglucanase H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3731
ポリマ－47,3731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Endoglucanase H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3731
ポリマ－47,3731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)222.325, 222.325, 207.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質
Endoglucanase H / Cellulase H / Endo-1 / 4-beta-glucanase H / EgH


分子量: 47372.660 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 290-654 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium thermocellum (strain ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372) (バクテリア)
株: ATCC 27405 / DSM 1237 / NBRC 103400 / NCIMB 10682 / NRRL B-4536 / VPI 7372
遺伝子: celH, Cthe_1472 / プラスミド: pHTPP13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P16218, cellulase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 50mM sodium acetate, 8% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: OTHER / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月4日
回折測定詳細: 0.20 degrees, 6.2 sec, detector distance 350.00 mm / 手法: \w scans
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.111 / 数: 1371705
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 92695 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.8 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.115 / Rsym value: 0.111 / Χ2: 1.039 / Net I/av σ(I): 24.531 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 1371705
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 0.826 / Mean I/σ(I) obs: 3.952 / Rsym value: 0.826 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 1371705

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.344 / ESU R Free: 0.269 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26048 4551 4.9 %RANDOM
Rwork0.20881 ---
obs0.21133 88143 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.732 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å2-0.53 Å2-0 Å2
2---1.06 Å2-0 Å2
3---3.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13220 0 0 176 13396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0213598
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0212231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.91318443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.724328057
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.70151591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.04223.923752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.363152211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.7361595
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215574
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.023483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9084.8586379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9084.8576378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4197.2777965
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4197.2787966
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8925.087218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8915.0817219
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.5587.52310478
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.42639.23216303
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.42539.23916289
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.599→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 316 -
Rwork0.345 6438 -
obs--99.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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