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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v8o | ||||||||||||
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タイトル | RSC core | ||||||||||||
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![]() | GENE REGULATION / Chromatin remodeler / RSC | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromatin remodeling at centromere / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / plasmid maintenance / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / DNA translocase activity / nucleosome disassembly ...regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromatin remodeling at centromere / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / plasmid maintenance / npBAF complex / brahma complex / nBAF complex / DNA translocase activity / nucleosome disassembly / RSC-type complex / UV-damage excision repair / sister chromatid cohesion / ATP-dependent chromatin remodeler activity / SWI/SNF complex / nuclear chromosome / sporulation resulting in formation of a cellular spore / rRNA transcription / chromosome, centromeric region / ATP-dependent activity, acting on DNA / nucleosomal DNA binding / cytoskeleton organization / helicase activity / meiotic cell cycle / chromosome segregation / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / double-strand break repair via homologous recombination / lysine-acetylated histone binding / base-excision repair / chromatin DNA binding / double-strand break repair via nonhomologous end joining / G2/M transition of mitotic cell cycle / double-strand break repair / histone binding / DNA helicase / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å | ||||||||||||
![]() | Patel, A.B. / Moore, C.M. / Greber, B.J. / Nogales, E. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Architecture of the chromatin remodeler RSC and insights into its nucleosome engagement. 著者: Avinash B Patel / Camille M Moore / Basil J Greber / Jie Luo / Stefan A Zukin / Jeff Ranish / Eva Nogales / ![]() 要旨: Eukaryotic DNA is packaged into nucleosome arrays, which are repositioned by chromatin remodeling complexes to control DNA accessibility. The RSC (emodeling the tructure of hromatin) complex, a ...Eukaryotic DNA is packaged into nucleosome arrays, which are repositioned by chromatin remodeling complexes to control DNA accessibility. The RSC (emodeling the tructure of hromatin) complex, a member of the SWI/SNF chromatin remodeler family, plays critical roles in genome maintenance, transcription, and DNA repair. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) and crosslinking mass spectrometry (CLMS) studies of yeast RSC complex and show that RSC is composed of a rigid tripartite core and two flexible lobes. The core structure is scaffolded by an asymmetric Rsc8 dimer and built with the evolutionarily conserved subunits Sfh1, Rsc6, Rsc9 and Sth1. The flexible ATPase lobe, composed of helicase subunit Sth1, Arp7, Arp9 and Rtt102, is anchored to this core by the N-terminus of Sth1. Our cryo-EM analysis of RSC bound to a nucleosome core particle shows that in addition to the expected nucleosome-Sth1 interactions, RSC engages histones and nucleosomal DNA through one arm of the core structure, composed of the Rsc8 SWIRM domains, Sfh1 and Npl6. Our findings provide structural insights into the conserved assembly process for all members of the SWI/SNF family of remodelers, and illustrate how RSC selects, engages, and remodels nucleosomes. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 680.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 483.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 90.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 138.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 CR
#1: タンパク質 | 分子量: 9192.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q9URQ5 |
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#12: タンパク質 | 分子量: 156982.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32597, DNA helicase |
-Chromatin structure-remodeling complex protein ... , 6種, 9分子 DGIJKLMOS
#2: タンパク質 | 分子量: 19825.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38210 | ||||||
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#5: タンパク質 | 分子量: 101819.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06639 | ||||||
#7: タンパク質 | 分子量: 63253.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43609 #8: タンパク質 | | 分子量: 54222.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25632 #10: タンパク質 | | 分子量: 57871.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07979 #13: タンパク質 | | 分子量: 101448.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38781 |
-Chromatin structure-remodeling complex subunit ... , 5種, 5分子 EFHNQ
#3: タンパク質 | 分子量: 49716.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32832 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 102443.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06488 |
#6: タンパク質 | 分子量: 72372.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02206 |
#9: タンパク質 | 分子量: 65289.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03124 |
#11: タンパク質 | 分子量: 48833.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06168 |
-タンパク質・ペプチド , 5種, 6分子 234567
#14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2400.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c | ||||||
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#15: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1635.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c #16: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c #17: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1294.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c #18: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 4188.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c |
-非ポリマー , 1種, 1分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
#19: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Remodeling the Structure of Chromatin (RSC) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.1 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.9 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1920066 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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