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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6v6c | |||||||||
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タイトル | Structure of GCP6 in the native human gamma-tubulin ring complex | |||||||||
要素 | Gamma-tubulin complex component 6 | |||||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / GCP / GCP6 / gamma-tubulin ring complex / gTuRC / g-TuRC / microtubule / microtubule nucleation / single particle cryo-EM structure | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 equatorial microtubule organizing center / gamma-tubulin ring complex / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / meiotic cell cycle ...equatorial microtubule organizing center / gamma-tubulin ring complex / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / meiotic cell cycle / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / centrosome / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Wieczorek, M. / Urnavicius, L. / Ti, S. / Molloy, K.R. / Chait, B.T. / Kapoor, T.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: Asymmetric Molecular Architecture of the Human γ-Tubulin Ring Complex. 著者: Michal Wieczorek / Linas Urnavicius / Shih-Chieh Ti / Kelly R Molloy / Brian T Chait / Tarun M Kapoor / 要旨: The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is an essential regulator of centrosomal and acentrosomal microtubule formation, yet its structure is not known. Here, we present a cryo-EM reconstruction of the ...The γ-tubulin ring complex (γ-TuRC) is an essential regulator of centrosomal and acentrosomal microtubule formation, yet its structure is not known. Here, we present a cryo-EM reconstruction of the native human γ-TuRC at ∼3.8 Å resolution, revealing an asymmetric, cone-shaped structure. Pseudo-atomic models indicate that GCP4, GCP5, and GCP6 form distinct Y-shaped assemblies that structurally mimic GCP2/GCP3 subcomplexes distal to the γ-TuRC "seam." We also identify an unanticipated structural bridge that includes an actin-like protein and spans the γ-TuRC lumen. Despite its asymmetric architecture, the γ-TuRC arranges γ-tubulins into a helical geometry poised to nucleate microtubules. Diversity in the γ-TuRC subunits introduces large (>100,000 Å) surfaces in the complex that allow for interactions with different regulatory factors. The observed compositional complexity of the γ-TuRC could self-regulate its assembly into a cone-shaped structure to control microtubule formation across diverse contexts, e.g., within biological condensates or alongside existing filaments. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6v6c.cif.gz | 129 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6v6c.ent.gz | 81.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6v6c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6v6c_validation.pdf.gz | 669.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6v6c_full_validation.pdf.gz | 674.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6v6c_validation.xml.gz | 21 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6v6c_validation.cif.gz | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/6v6c | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 200733.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: Please note that the full sequence for GCP6 (Uniprot accession number Q96RT7) was much longer than our modeled region, and the alignment failed to capture the domains we built, despite all ...詳細: Please note that the full sequence for GCP6 (Uniprot accession number Q96RT7) was much longer than our modeled region, and the alignment failed to capture the domains we built, despite all residues being numbered accordingly in the submitted coordinates. See below for full sequence. 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96RT7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Native human gamma-tubulin ring complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102613 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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