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- PDB-6ulg: Cryo-EM structure of the FLCN-FNIP2-Rag-Ragulator complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ulg
タイトルCryo-EM structure of the FLCN-FNIP2-Rag-Ragulator complex
要素
  • (Ragulator complex protein ...) x 5
  • (Ras-related GTP-binding protein ...) x 2
  • Folliculin
  • Folliculin-interacting protein 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / FLCN-FNIP2 / Rag GTPases / Ragulator
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell proliferation involved in kidney development / cell proliferation involved in kidney development / negative regulation of post-translational protein modification / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex ...negative regulation of cell proliferation involved in kidney development / cell proliferation involved in kidney development / negative regulation of post-translational protein modification / regulation of cholesterol import / positive regulation of protein localization to lysosome / regulation of cell-substrate junction organization / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / regulation of cholesterol efflux / FNIP-folliculin RagC/D GAP / Ragulator complex / regulation of Ras protein signal transduction / negative regulation of brown fat cell differentiation / protein localization to cell junction / regulation of TORC1 signaling / regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of lysosome organization / protein localization to lysosome / regulation of TOR signaling / fibroblast migration / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / lysosome localization / endosome organization / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TORC1 signaling / ATPase inhibitor activity / cell-cell junction assembly / negative regulation of glycolytic process / kinase activator activity / negative regulation of TOR signaling / protein localization to membrane / negative regulation of cold-induced thermogenesis / azurophil granule membrane / endosomal transport / lysosome organization / small GTPase-mediated signal transduction / Macroautophagy / regulation of cell size / negative regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / TOR signaling / energy homeostasis / mTORC1-mediated signalling / hemopoiesis / tertiary granule membrane / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / enzyme inhibitor activity / regulation of receptor recycling / positive regulation of TOR signaling / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / enzyme-substrate adaptor activity / response to amino acid / cellular response to nutrient levels / specific granule membrane / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / protein-membrane adaptor activity / ERK1 and ERK2 cascade / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of autophagy / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of autophagy / intrinsic apoptotic signaling pathway / GTPase activator activity / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / RNA splicing / cellular response to amino acid starvation / viral genome replication / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cholesterol homeostasis / cellular response to starvation / Regulation of PTEN gene transcription / epithelial cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-8 production / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphoprotein binding / cellular response to amino acid stimulus / regulation of cell growth / positive regulation of protein-containing complex assembly / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / MAP2K and MAPK activation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / response to virus / centriolar satellite / positive regulation of protein localization to nucleus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of epithelial cell proliferation / mitotic spindle / GDP binding / late endosome membrane / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / late endosome / intracellular protein localization
類似検索 - 分子機能
Folliculin / Folliculin, DENN domain / Folliculin, DENN domain, C-terminal superfamily / Folliculin C-terminal domain / Folliculin-interacting protein family / Folliculin-interacting protein, N-terminal domain / Folliculin-interacting protein, middle domain / Folliculin-interacting protein, C-terminal domain / Folliculin-interacting protein N-terminus / Folliculin-interacting protein middle domain ...Folliculin / Folliculin, DENN domain / Folliculin, DENN domain, C-terminal superfamily / Folliculin C-terminal domain / Folliculin-interacting protein family / Folliculin-interacting protein, N-terminal domain / Folliculin-interacting protein, middle domain / Folliculin-interacting protein, C-terminal domain / Folliculin-interacting protein N-terminus / Folliculin-interacting protein middle domain / Folliculin-interacting protein C-terminus / Tripartite DENN domain, FNIP1/2-type / Tripartite DENN FNIP1/2-type domain profile. / Beta-Lactamase - #190 / Folliculin/SMCR8, longin domain / Folliculin/SMCR8, tripartite DENN domain / Vesicle coat protein involved in Golgi to plasma membrane transport / Tripartite DENN FLCN/SMCR8-type domain profile. / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR5 / RagA/B / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1 interacting / Gtr1/RagA G protein / RagC/D / Gtr1/RagA G protein conserved region / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Ragulator complex protein LAMTOR5 / Ragulator complex protein LAMTOR4 / Ragulator complex protein LAMTOR1 / Ras-related GTP-binding protein A / Folliculin / Ras-related GTP-binding protein C / Folliculin-interacting protein 2 / Ragulator complex protein LAMTOR3 / Ragulator complex protein LAMTOR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Shen, K. / Rogala, K.B. / Yu, Z.H. / Sabatini, D.M.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA103866 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 CA129105 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R37 AI47389 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-15-1-0230 米国
Lustgarten Foundation 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Tuberous Sclerosis Association 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM Structure of the Human FLCN-FNIP2-Rag-Ragulator Complex.
著者: Kuang Shen / Kacper B Rogala / Hui-Ting Chou / Rick K Huang / Zhiheng Yu / David M Sabatini /
要旨: mTORC1 controls anabolic and catabolic processes in response to nutrients through the Rag GTPase heterodimer, which is regulated by multiple upstream protein complexes. One such regulator, FLCN- ...mTORC1 controls anabolic and catabolic processes in response to nutrients through the Rag GTPase heterodimer, which is regulated by multiple upstream protein complexes. One such regulator, FLCN-FNIP2, is a GTPase activating protein (GAP) for RagC/D, but despite its important role, how it activates the Rag GTPase heterodimer remains unknown. We used cryo-EM to determine the structure of FLCN-FNIP2 in a complex with the Rag GTPases and Ragulator. FLCN-FNIP2 adopts an extended conformation with two pairs of heterodimerized domains. The Longin domains heterodimerize and contact both nucleotide binding domains of the Rag heterodimer, while the DENN domains interact at the distal end of the structure. Biochemical analyses reveal a conserved arginine on FLCN as the catalytic arginine finger and lead us to interpret our structure as an on-pathway intermediate. These data reveal features of a GAP-GTPase interaction and the structure of a critical component of the nutrient-sensing mTORC1 pathway.
履歴
登録2019年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月20日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月20日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年11月20日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.32025年5月21日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20814
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Folliculin
A: Ragulator complex protein LAMTOR3
B: Ragulator complex protein LAMTOR2
C: Ragulator complex protein LAMTOR5
D: Ragulator complex protein LAMTOR4
E: Ragulator complex protein LAMTOR1
F: Ras-related GTP-binding protein A
G: Ras-related GTP-binding protein C
N: Folliculin-interacting protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)333,99512
ポリマ－333,0059
非ポリマー9903
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 LN

#1: タンパク質 Folliculin / BHD skin lesion fibrofolliculoma protein / Birt-Hogg-Dube syndrome protein


分子量: 64551.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLCN, BHD / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NFG4
#9: タンパク質 Folliculin-interacting protein 2 / FNIP1-like protein / O6-methylguanine-induced apoptosis 1 protein


分子量: 122260.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FNIP2, FNIPL, KIAA1450, MAPO1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9P278

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Ragulator complex protein ... , 5種, 5分子 ABCDE

#2: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR3 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 3 / MEK-binding partner 1 / Mp1 / Mitogen-activated protein kinase kinase 1-interacting protein 1 / Mitogen-activated protein kinase scaffold protein 1


分子量: 13637.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR3, MAP2K1IP1, MAPKSP1, PRO2783 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHA4
#3: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR2 / Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late ...Endosomal adaptor protein p14 / Late endosomal/lysosomal Mp1-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 2 / Mitogen-activated protein-binding protein-interacting protein / MAPBP-interacting protein / Roadblock domain-containing protein 3


分子量: 13517.450 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR2, MAPBPIP, ROBLD3, HSPC003 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y2Q5
#4: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR5 / Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal ...Hepatitis B virus X-interacting protein / HBX-interacting protein / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 5


分子量: 9622.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR5, HBXIP, XIP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43504
#5: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR4 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 4


分子量: 10753.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR4, C7orf59 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0VGL1
#6: タンパク質 Ragulator complex protein LAMTOR1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / ...Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator 1 / Lipid raft adaptor protein p18 / Protein associated with DRMs and endosomes / p27Kip1-releasing factor from RhoA / p27RF-Rho


分子量: 17762.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LAMTOR1, C11orf59, PDRO, PP7157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6IAA8

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Ras-related GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 FG

#7: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein A / RagA / Adenovirus E3 14.7 kDa-interacting protein 1 / FIP-1


分子量: 36628.168 Da / 分子数: 1 / Mutation: T21N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: RagA containing a T21N mutation / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7L523
#8: タンパク質 Ras-related GTP-binding protein C / RagC / GTPase-interacting protein 2 / TIB929


分子量: 44271.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RRAGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HB90

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非ポリマー , 3種, 3分子

#10: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Nonameric complex of FLCN-FNIP2 with its substrate Rag GTPases and the scaffolding protein complex Ragulator
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.38 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 59.2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 126984 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00616668
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.90822543
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.06610438
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0542577
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0062856

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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