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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6udk | |||||||||
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タイトル | HIV-1 bNAb 1-55 in complex with modified BG505 SOSIP-based immunogen RC1 and 10-1074 | |||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 broadly neutralizing antibody / bNAb / Env trimer / cryo-EM / RC1 / CD4-binding site / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / antigen binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / blood microparticle ...immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / antigen binding / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / blood microparticle / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
![]() | Abernathy, M.E. / Barnes, C.O. / Gristick, H.B. / Bjorkman, P.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Restriction of HIV-1 Escape by a Highly Broad and Potent Neutralizing Antibody. 著者: Philipp Schommers / Henning Gruell / Morgan E Abernathy / My-Kim Tran / Adam S Dingens / Harry B Gristick / Christopher O Barnes / Till Schoofs / Maike Schlotz / Kanika Vanshylla / Christoph ...著者: Philipp Schommers / Henning Gruell / Morgan E Abernathy / My-Kim Tran / Adam S Dingens / Harry B Gristick / Christopher O Barnes / Till Schoofs / Maike Schlotz / Kanika Vanshylla / Christoph Kreer / Daniela Weiland / Udo Holtick / Christof Scheid / Markus M Valter / Marit J van Gils / Rogier W Sanders / Jörg J Vehreschild / Oliver A Cornely / Clara Lehmann / Gerd Fätkenheuer / Michael S Seaman / Jesse D Bloom / Pamela J Bjorkman / Florian Klein / ![]() ![]() ![]() 要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) represent a promising approach to prevent and treat HIV-1 infection. However, viral escape through mutation of the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) limits ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) represent a promising approach to prevent and treat HIV-1 infection. However, viral escape through mutation of the HIV-1 envelope glycoprotein (Env) limits clinical applications. Here we describe 1-18, a new V1-46-encoded CD4 binding site (CD4bs) bNAb with outstanding breadth (97%) and potency (GeoMean IC = 0.048 μg/mL). Notably, 1-18 is not susceptible to typical CD4bs escape mutations and effectively overcomes HIV-1 resistance to other CD4bs bNAbs. Moreover, mutational antigenic profiling uncovered restricted pathways of HIV-1 escape. Of most promise for therapeutic use, even 1-18 alone fully suppressed viremia in HIV-1-infected humanized mice without selecting for resistant viral variants. A 2.5-Å cryo-EM structure of a 1-18-BG505 Env complex revealed that these characteristics are likely facilitated by a heavy-chain insertion and increased inter-protomer contacts. The ability of 1-18 to effectively restrict HIV-1 escape pathways provides a new option to successfully prevent and treat HIV-1 infection. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 583.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 479.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 95.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 142.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-RC1 variant of HIV-1 Env glycoprotein ... , 2種, 6分子 GKRCJQ
#1: タンパク質 | 分子量: 54149.566 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() Cell (発現宿主): 293 6E / 発現宿主: ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 17134.324 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() Cell (発現宿主): 293 6E / 発現宿主: ![]() |
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-抗体 , 4種, 12分子 AFOBIPMDHNEL
#2: 抗体 | 分子量: 25661.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 23180.760 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 28804.283 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #5: 抗体 | 分子量: 25288.322 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-糖 , 7種, 42分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#7: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | #9: 多糖 | #10: 多糖 | #11: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #12: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #13: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.75 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K 詳細: 0 blot force, 3.5 second blot time, 3 uL sample added to freshly glow-discharged grids |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 73000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 684 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110126 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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