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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6tth | ||||||
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タイトル | PKM2 in complex with L-threonine | ||||||
要素 | Pyruvate kinase PKM | ||||||
キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / PKM2 / FBDD / L-threonine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / positive regulation of cytoplasmic translation / Pyruvate metabolism / histone H3T11 kinase activity / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding ...pyruvate kinase / pyruvate kinase activity / programmed cell death / positive regulation of cytoplasmic translation / Pyruvate metabolism / histone H3T11 kinase activity / canonical glycolysis / Glycolysis / positive regulation of sprouting angiogenesis / potassium ion binding / rough endoplasmic reticulum / Regulation of pyruvate metabolism / glycolytic process / non-specific protein-tyrosine kinase / cilium / cellular response to insulin stimulus / extracellular vesicle / MHC class II protein complex binding / protein tyrosine kinase activity / collagen-containing extracellular matrix / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / transcription coactivator activity / non-specific serine/threonine protein kinase / cadherin binding / mRNA binding / Neutrophil degranulation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Saur, M. / Hartshorn, M.J. / Dong, J. / Reeks, J. / Bunkoczi, G. / Jhoti, H. / Williams, P.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Drug Discov Today / 年: 2020 タイトル: Fragment-based drug discovery using cryo-EM. 著者: Michael Saur / Michael J Hartshorn / Jing Dong / Judith Reeks / Gabor Bunkoczi / Harren Jhoti / Pamela A Williams / 要旨: Recent advances in electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure determination have pushed the resolutions obtainable by the method into the range widely considered to be of utility for drug discovery. ...Recent advances in electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure determination have pushed the resolutions obtainable by the method into the range widely considered to be of utility for drug discovery. Here, we review the use of cryo-EM in fragment-based drug discovery (FBDD) based on in-house method development. We demonstrate not only that cryo-EM can reveal details of the molecular interactions between fragments and a protein, but also that the current reproducibility, quality, and throughput are compatible with FBDD. We exemplify this using the test system β-galactosidase (Bgal) and the oncology target pyruvate kinase 2 (PKM2). | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6tth.cif.gz | 328.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6tth.ent.gz | 263.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6tth.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6tth_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6tth_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6tth_validation.xml.gz | 52.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6tth_validation.cif.gz | 78.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/6tth ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tt/6tth | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 10576MC 6tshC 6tskC 6tteC 6ttfC 6ttiC 6ttqC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10647 (タイトル: PKM2 in complex with L-threonine / Data size: 620.8 Data #1: Data from EPU (movies have been converted to compressed TIF) [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59831.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PKM, OIP3, PK2, PK3, PKM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14618, pyruvate kinase #2: 糖 | ChemComp-FBP / #3: 化合物 | ChemComp-THR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Pyruvate Kinase M2 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.24 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8.2 |
試料 | 濃度: 0.16 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 59.98 sec. / 電子線照射量: 66.8 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 476 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3.04 / カテゴリ: 3次元再構成 |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 190577 |
対称性 | 点対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 99837 / 対称性のタイプ: POINT |