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万見
- PDB-6tdy: Cryo-EM structure of Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tdy
タイトルCryo-EM structure of Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase, OSCP/F1/c-ring in rotational state 1
要素
  • (ATP synthase subunit ...) x 7
  • ATPTB4
  • inhibitor of F1 (IF1)
  • oligomycin sensitivity conferring protein (OSCP)
  • p18
キーワードMEMBRANE PROTEIN / mitochondria / ATP synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


Thrombin, subunit H - #170 / F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / Thrombin, subunit H / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold ...Thrombin, subunit H - #170 / F1F0 ATP synthase subunit C / F1FO ATP Synthase / Bovine Mitochondrial F1-ATPase, ATP Synthase Beta Chain; Chain D, domain3 / Bovine Mitochondrial F1-atpase; Atp Synthase Beta Chain; Chain D, domain 3 / Thrombin, subunit H / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
類似検索 - 構成要素
生物種Euglena gracilis (ミドリムシ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Muhleip, A. / Amunts, A.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structure of a mitochondrial ATP synthase with bound native cardiolipin.
著者: Alexander Mühleip / Sarah E McComas / Alexey Amunts /
要旨: The mitochondrial ATP synthase fuels eukaryotic cells with chemical energy. Here we report the cryo-EM structure of a divergent ATP synthase dimer from mitochondria of , a member of the phylum ...The mitochondrial ATP synthase fuels eukaryotic cells with chemical energy. Here we report the cryo-EM structure of a divergent ATP synthase dimer from mitochondria of , a member of the phylum Euglenozoa that also includes human parasites. It features 29 different subunits, 8 of which are newly identified. The membrane region was determined to 2.8 Å resolution, enabling the identification of 37 associated lipids, including 25 cardiolipins, which provides insight into protein-lipid interactions and their functional roles. The rotor-stator interface comprises four membrane-embedded horizontal helices, including a distinct subunit . The dimer interface is formed entirely by phylum-specific components, and a peripherally associated subcomplex contributes to the membrane curvature. The central and peripheral stalks directly interact with each other. Last, the ATPase inhibitory factor 1 (IF) binds in a mode that is different from human, but conserved in Trypanosomatids.
履歴
登録2019年11月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10471
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP synthase subunit alpha
B: ATP synthase subunit alpha
C: ATP synthase subunit alpha
D: ATP synthase subunit beta
E: ATP synthase subunit beta
F: ATP synthase subunit beta
G: ATP synthase subunit gamma
H: ATP synthase subunit delta
I: ATP synthase subunit epsilon
J: p18
K: p18
L: p18
M: oligomycin sensitivity conferring protein (OSCP)
N: inhibitor of F1 (IF1)
O: ATP synthase subunit c
P: ATP synthase subunit c
Q: ATP synthase subunit c
R: ATP synthase subunit c
S: ATP synthase subunit c
T: ATP synthase subunit c
U: ATP synthase subunit c
V: ATP synthase subunit c
W: ATP synthase subunit c
X: ATP synthase subunit c
h: ATP synthase subunit d
c: ATPTB4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)696,89037
ポリマ－693,96026
非ポリマー2,93011
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area119660 Å2
ΔGint-857 kcal/mol
Surface area186840 Å2
手法PISA

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要素

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ATP synthase subunit ... , 7種, 20分子 ABCDEFGHIOPQRSTUVWXh

#1: タンパク質 ATP synthase subunit alpha


分子量: 61897.199 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#2: タンパク質 ATP synthase subunit beta


分子量: 53213.035 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#3: タンパク質 ATP synthase subunit gamma


分子量: 35110.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#4: タンパク質 ATP synthase subunit delta


分子量: 19559.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#5: タンパク質 ATP synthase subunit epsilon


分子量: 8751.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#9: タンパク質
ATP synthase subunit c


分子量: 10820.831 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#10: タンパク質 ATP synthase subunit d


分子量: 53928.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)

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タンパク質 , 4種, 6分子 JKLMNc

#6: タンパク質 p18


分子量: 20995.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#7: タンパク質 oligomycin sensitivity conferring protein (OSCP)


分子量: 29564.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#8: タンパク質 inhibitor of F1 (IF1)


分子量: 11687.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)
#11: タンパク質 ATPTB4


分子量: 18833.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Euglena gracilis (ミドリムシ)

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非ポリマー , 4種, 11分子

#12: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#13: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#14: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#15: 化合物 ChemComp-TRT / FRAGMENT OF TRITON X-100 / 1-{2-[2-(2-METHOXYETHOXY)ETHOXY]ETHOXY}-4-(1,1,3,3-TETRAMETHYLBUTYL)BENZENE


分子量: 352.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36O4 / コメント: 可溶化剤*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#11 / 由来: NATURAL
分子量値: 2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3 seconds blot

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 36.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
実像数: 9045
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
2EPU画像取得
4RELIONCTF補正
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 555269
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150744 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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