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- PDB-6swa: Mus musculus brain neocortex ribosome 60S bound to Ebp1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6swa
タイトルMus musculus brain neocortex ribosome 60S bound to Ebp1
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 38
  • (Ribosomal protein ...) x 4
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Proliferation-associated protein 2G4
キーワードRIBOSOME / 60S / EBP1 / neurodevelopment / neocortex / 80S / peptide tunnel exit
機能・相同性
機能・相同性情報


5.8S rRNA binding / Protein hydroxylation / translation at postsynapse / Formation of a pool of free 40S subunits / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit ...5.8S rRNA binding / Protein hydroxylation / translation at postsynapse / Formation of a pool of free 40S subunits / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / selenocysteine insertion sequence binding / embryonic brain development / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / translation at presynapse / axial mesoderm development / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / 90S preribosome assembly / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / TORC2 complex binding / GAIT complex / peroxisome proliferator activated receptor binding / middle ear morphogenesis / A band / regulation of G1 to G0 transition / exit from mitosis / alpha-beta T cell differentiation / protein-DNA complex disassembly / optic nerve development / positive regulation of axonogenesis / response to aldosterone / retinal ganglion cell axon guidance / G1 to G0 transition / homeostatic process / lung morphogenesis / cell-substrate adhesion / macrophage chemotaxis / growth factor binding / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / ubiquitin ligase inhibitor activity / blastocyst development / protein localization to nucleus / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-RNA complex assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / protein targeting / positive regulation of axon extension / cellular response to interleukin-4 / translation regulator activity / cellular response to actinomycin D / ribonucleoprotein complex binding / cytosolic ribosome / rough endoplasmic reticulum / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neutrophil degranulation / cellular response to dexamethasone stimulus / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ossification / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / skeletal system development / liver regeneration / positive regulation of cell differentiation / sensory perception of sound / bone development / multicellular organism growth / transcription coactivator binding / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cellular response to type II interferon / rRNA processing / large ribosomal subunit / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / transcription corepressor activity / presynapse / retina development in camera-type eye / regulation of translation / heparin binding / cell body / fibroblast proliferation / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / postsynapse / response to ethanol / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / response to lipopolysaccharide / nucleic acid binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / postsynaptic density / protein stabilization / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding
類似検索 - 分子機能
PA2G4 family / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Ribosomal protein L30e ...PA2G4 family / : / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L6e signature. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL15 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Proliferation-associated protein 2G4 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Ribosomal protein L26 / Ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L40 / Ribosomal protein L36A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein eL24 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein eL38
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kraushar, M.L. / Sprink, T.
資金援助 ドイツ, 4件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)190-2016 ドイツ
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
European Union (EU)iNEXT (PID: 2227) ドイツ
European Union (EU)Instruct-ERIC Pilot R&D Project (APPID: 232) ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2021
タイトル: Protein Synthesis in the Developing Neocortex at Near-Atomic Resolution Reveals Ebp1-Mediated Neuronal Proteostasis at the 60S Tunnel Exit.
著者: Matthew L Kraushar / Ferdinand Krupp / Dermot Harnett / Paul Turko / Mateusz C Ambrozkiewicz / Thiemo Sprink / Koshi Imami / Manuel Günnigmann / Ulrike Zinnall / Carlos H Vieira-Vieira / ...著者: Matthew L Kraushar / Ferdinand Krupp / Dermot Harnett / Paul Turko / Mateusz C Ambrozkiewicz / Thiemo Sprink / Koshi Imami / Manuel Günnigmann / Ulrike Zinnall / Carlos H Vieira-Vieira / Theres Schaub / Agnieszka Münster-Wandowski / Jörg Bürger / Ekaterina Borisova / Hiroshi Yamamoto / Mladen-Roko Rasin / Uwe Ohler / Dieter Beule / Thorsten Mielke / Victor Tarabykin / Markus Landthaler / Günter Kramer / Imre Vida / Matthias Selbach / Christian M T Spahn /
要旨: Protein synthesis must be finely tuned in the developing nervous system as the final essential step of gene expression. This study investigates the architecture of ribosomes from the neocortex during ...Protein synthesis must be finely tuned in the developing nervous system as the final essential step of gene expression. This study investigates the architecture of ribosomes from the neocortex during neurogenesis, revealing Ebp1 as a high-occupancy 60S peptide tunnel exit (TE) factor during protein synthesis at near-atomic resolution by cryoelectron microscopy (cryo-EM). Ribosome profiling demonstrated Ebp1-60S binding is highest during start codon initiation and N-terminal peptide elongation, regulating ribosome occupancy of these codons. Membrane-targeting domains emerging from the 60S tunnel, which recruit SRP/Sec61 to the shared binding site, displace Ebp1. Ebp1 is particularly abundant in the early-born neural stem cell (NSC) lineage and regulates neuronal morphology. Ebp1 especially impacts the synthesis of membrane-targeted cell adhesion molecules (CAMs), measured by pulsed stable isotope labeling by amino acids in cell culture (pSILAC)/bioorthogonal noncanonical amino acid tagging (BONCAT) mass spectrometry (MS). Therefore, Ebp1 is a central component of protein synthesis, and the ribosome TE is a focal point of gene expression control in the molecular specification of neuronal morphology during development.
履歴
登録2019年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年2月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / audit_author ...atom_site / audit_author / cell / citation / citation_author / em_entity_assembly / em_entity_assembly_naturalsource / em_software / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct / struct_conf / struct_conn / struct_keywords / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _cell.Z_PDB / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_entity_assembly.name / _em_entity_assembly_naturalsource.id / _em_entity_assembly_naturalsource.strain / _em_software.category / _em_software.fitting_id / _em_software.imaging_id / _em_software.name / _entity.details / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct.title / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_keywords.text / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_end
解説: Model completeness / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10321
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 60S ribosomal protein L8
B: 60S ribosomal protein L3
C: 60S ribosomal protein L4
D: 60S ribosomal protein L5
E: 60S ribosomal protein L6
F: 60S ribosomal protein L7
G: 60S ribosomal protein L7a
H: 60S ribosomal protein L9
I: 60S ribosomal protein L10
J: 60S ribosomal protein L11
K: 60S ribosomal protein L13
L: 60S ribosomal protein L14
M: 60S ribosomal protein L15
N: 60S ribosomal protein L13a
O: 60S ribosomal protein L17
P: 60S ribosomal protein L18
Q: 60S ribosomal protein L18a
R: 60S ribosomal protein L21
S: 60S ribosomal protein L22
T: 60S ribosomal protein L23
U: 60S ribosomal protein L24
V: 60S ribosomal protein L23a
W: Ribosomal protein L26
X: 60S ribosomal protein L27
Y: 60S ribosomal protein L27a
Z: 60S ribosomal protein L29
a: 60S ribosomal protein L30
b: 60S ribosomal protein L31
c: 60S ribosomal protein L32
d: 60S ribosomal protein L35a
e: 60S ribosomal protein L34
f: 60S ribosomal protein L35
g: 60S ribosomal protein L36
h: 60S ribosomal protein L37
i: 60S ribosomal protein L38
j: Ribosomal protein L39
k: 60S ribosomal protein L40
l: 60S ribosomal protein L41
m: Ribosomal protein L36A
n: Ribosomal protein L37a
o: 60S ribosomal protein L19
p: 60S ribosomal protein L28
q: 28S ribosomal RNA
r: 5.8S ribosomal RNA
s: 5S ribosomal RNA
t: Proliferation-associated protein 2G4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,043,922296
ポリマ－2,037,72246
非ポリマー6,200250
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area408260 Å2
ΔGint-5138 kcal/mol
Surface area711820 Å2
手法PISA

-
要素

+
60S ribosomal protein ... , 38種, 38分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVXYZabcde...

#1: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 27456.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62918
#2: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / J1 protein


分子量: 45223.980 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P27659
#3: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 41321.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D8E6
#4: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 34129.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47962
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / TAX-responsive enhancer element-binding protein 107 / TAXREB107


分子量: 22359.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47911
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 27674.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P14148
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Surfeit locus protein 3


分子量: 26705.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P12970
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21788.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P51410
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / Protein QM homolog / Ribosomal protein L10


分子量: 24381.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6ZWV3
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 19270.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CXW4
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / A52


分子量: 23617.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47963
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 16301.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CR57
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L15


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CZM2
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / Transplantation antigen P198 / Tum-P198 antigen


分子量: 22748.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P19253
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 17758.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9CPR4
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 21411.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P35980
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20631.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62717
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18274.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O09167
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / Heparin-binding protein HBp15


分子量: 11738.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P67984
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 13828.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62830
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L24


分子量: 7381.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8BP67
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L23a


分子量: 13727.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62751
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15647.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q5BLJ9
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / L29


分子量: 16517.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P14115
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7964.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47915
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 10811.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62889
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 12506.581 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62900
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 15179.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62911
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L35a


分子量: 12449.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: O55142
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 12993.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D1R9
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14464.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q6ZWV7
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 11489.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P47964
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L37


分子量: 9864.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9D823
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8093.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q9JJI8
#37: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L40 / CEP52 / Ubiquitin / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1 / Ubiquitin-60S ...CEP52 / Ubiquitin / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 5957.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q5M9K3
#38: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P62947
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 22097.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P84099
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 14009.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P41105

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Ribosomal protein ... , 4種, 4分子 Wjmn

#23: タンパク質 Ribosomal protein L26


分子量: 15161.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q4FZH2
#36: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein L39


分子量: 6295.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q505A8
#39: タンパク質 Ribosomal protein L36A


分子量: 12345.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q5M9P1
#40: タンパク質 Ribosomal protein L37a


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q4VAF2

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RNA鎖 , 3種, 3分子 qrs

#43: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1170200.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: We used the Oryctolagus cuniculus sequence to model the Mus musculus 28S ribosomal RNA
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#44: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 50449.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: We used the Oryctolagus cuniculus sequence to model the Mus musculus 5.8S ribosomal RNA
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 34447123
#45: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38385.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: We used the Oryctolagus cuniculus sequence to model the Mus musculus 5S ribosomal RNA
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: GenBank: 1720429767

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タンパク質 , 1種, 1分子 t

#46: タンパク質 Proliferation-associated protein 2G4 / IRES-specific cellular trans-acting factor 45 kDa / ITAF45 / Mpp1 / Proliferation-associated ...IRES-specific cellular trans-acting factor 45 kDa / ITAF45 / Mpp1 / Proliferation-associated protein 1 / Protein p38-2G4


分子量: 39388.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P50580

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非ポリマー , 2種, 250分子

#47: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#48: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mus musculus postnatal day 0 brain neocortex 80S ribosome bound to Ebp1
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#46 / 由来: NATURAL
分子量値: 3.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: CD1 / 細胞内の位置: cytoplasm / 器官: brain / 組織: neocortex
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPES1
2100 mMpotassium chlorideKCl1
310 mMmagnesium chlorideMgCl21
420 mMDithiothreitol1
50.04 mMSpermine1
60.5 mMSpermidine1
70.1 mg/mlcycloheximide1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 100 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3/3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 31000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 20 sec. / 電子線照射量: 31.78 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 5379
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
10SPHIRE初期オイラー角割当
11SPARX最終オイラー角割当
12SPARX分類
13SPARX３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 208206
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208206 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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