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- PDB-6skl: Cryo-EM structure of the CMG Fork Protection Complex at a replica... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6skl
タイトルCryo-EM structure of the CMG Fork Protection Complex at a replication fork - Conformation 1
要素
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 4
  • (DNA replication licensing factor ...) x 5
  • Cell division control protein 45
  • Chromosome segregation in meiosis protein 3
  • DNA fork, lagging-strand template
  • DNA fork, leading-strand template
  • DNA polymerase alpha-binding protein
  • Minichromosome maintenance protein 5
  • Topoisomerase 1-associated factor 1
キーワードREPLICATION / protein-DNA complex / replisome / AAA+ helicase / CMG / GINS / fork DNA / MCM / fork protection complex / CIP-box
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of sister chromatid cohesion / maintenance of DNA repeat elements / Unwinding of DNA / replication fork arrest / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / meiotic chromosome segregation / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding ...establishment of sister chromatid cohesion / maintenance of DNA repeat elements / Unwinding of DNA / replication fork arrest / Cul8-RING ubiquitin ligase complex / meiotic chromosome segregation / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / MCM complex binding / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / nuclear DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / DNA replication checkpoint signaling / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / entrainment of circadian clock / nuclear pre-replicative complex / MCM complex / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / replication fork protection complex / mitotic DNA replication initiation / double-strand break repair via break-induced replication / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / mitotic sister chromatid cohesion / DNA strand elongation involved in DNA replication / nuclear chromosome / replication fork processing / DNA unwinding involved in DNA replication / nuclear replication fork / 3'-5' DNA helicase activity / DNA replication origin binding / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / heterochromatin formation / helicase activity / meiotic cell cycle / DNA-templated DNA replication / nucleosome assembly / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / DNA replication / DNA helicase / chromosome, telomeric region / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless / Timeless, N-terminal / Timeless protein / : / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region ...Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless / Timeless, N-terminal / Timeless protein / : / DNA polymerase alpha-binding protein Ctf4, C-terminal domain / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / MCM4, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 5 / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM6 / Topoisomerase 1-associated factor 1 / DNA polymerase alpha-binding protein / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / Cell division control protein 45 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA replication complex GINS protein PSF1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
Model detailsCMG-Csm3-Tof1-Mrc1-Ctf4-DNA
データ登録者Yeeles, J. / Baretic, D. / Jenkyn-Bedford, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/12 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM Structure of the Fork Protection Complex Bound to CMG at a Replication Fork.
著者: Domagoj Baretić / Michael Jenkyn-Bedford / Valentina Aria / Giuseppe Cannone / Mark Skehel / Joseph T P Yeeles /
要旨: The eukaryotic replisome, organized around the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase, orchestrates chromosome replication. Multiple factors associate directly with CMG, including Ctf4 and the heterotrimeric ...The eukaryotic replisome, organized around the Cdc45-MCM-GINS (CMG) helicase, orchestrates chromosome replication. Multiple factors associate directly with CMG, including Ctf4 and the heterotrimeric fork protection complex (Csm3/Tof1 and Mrc1), which has important roles including aiding normal replication rates and stabilizing stalled forks. How these proteins interface with CMG to execute these functions is poorly understood. Here we present 3 to 3.5 Å resolution electron cryomicroscopy (cryo-EM) structures comprising CMG, Ctf4, and the fork protection complex at a replication fork. The structures provide high-resolution views of CMG-DNA interactions, revealing a mechanism for strand separation, and show Csm3/Tof1 "grip" duplex DNA ahead of CMG via a network of interactions important for efficient replication fork pausing. Although Mrc1 was not resolved in our structures, we determine its topology in the replisome by cross-linking mass spectrometry. Collectively, our work reveals how four highly conserved replisome components collaborate with CMG to facilitate replisome progression and maintain genome stability.
履歴
登録2019年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22020年5月20日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.32020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10227
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: DNA replication licensing factor MCM2
3: DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor MCM4
5: Minichromosome maintenance protein 5
6: DNA replication licensing factor MCM6
7: DNA replication licensing factor MCM7
A: DNA replication complex GINS protein PSF1
B: DNA replication complex GINS protein PSF2
C: DNA replication complex GINS protein PSF3
D: DNA replication complex GINS protein SLD5
E: Cell division control protein 45
F: DNA polymerase alpha-binding protein
G: DNA polymerase alpha-binding protein
H: DNA polymerase alpha-binding protein
I: DNA fork, leading-strand template
J: DNA fork, lagging-strand template
X: Topoisomerase 1-associated factor 1
Y: Chromosome segregation in meiosis protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,326,61329
ポリマ－1,324,69418
非ポリマー1,91911
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking, cross-linking mass spectrometry complements our structural analysis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area113280 Å2
ΔGint-558 kcal/mol
Surface area304170 Å2
手法PISA

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要素

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DNA replication licensing factor ... , 5種, 5分子 23467

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2


分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: MCM2, YBL023C, YBL0438 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29469, DNA helicase
#2: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM3 / Minichromosome maintenance protein 3


分子量: 107653.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24279, DNA helicase
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / Cell division control protein 54


分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30665, DNA helicase
#5: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6 / Minichromosome maintenance protein 6


分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: MCM6, YGL201C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53091, DNA helicase
#6: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7 / Cell division control protein 47 / Minichromosome maintenance protein 7


分子量: 95049.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: MCM7, CDC47, YBR202W, YBR1441 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38132, DNA helicase

-
タンパク質 , 5種, 7分子 5EFGHXY

#4: タンパク質 Minichromosome maintenance protein 5 / Cell division control protein 46


分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: MCM5, CDC46, YLR274W, L9328.1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P29496, DNA helicase
#11: タンパク質 Cell division control protein 45


分子量: 74324.836 Da / 分子数: 1 / Fragment: Mcm4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: CDC45, SLD4, YLR103C, L8004.11 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08032
#12: タンパク質 DNA polymerase alpha-binding protein / Chromosome replication protein CHL15 / Chromosome transmission fidelity protein 4 / Protein POB1


分子量: 104543.391 Da / 分子数: 3 / Fragment: Mcm6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: CTF4, CHL15, POB1, YPR135W, P9659.7 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q01454
#15: タンパク質 Topoisomerase 1-associated factor 1


分子量: 141296.875 Da / 分子数: 1 / Fragment: Mcm2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: TOF1, YNL273W, N0636 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53840
#16: タンパク質 Chromosome segregation in meiosis protein 3


分子量: 36402.590 Da / 分子数: 1 / Fragment: Mcm3 / Mutation: CBP-tag at N-terminus / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: CSM3, YMR048W, YM9796.01 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04659

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DNA replication complex GINS protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#7: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF1 / Partner of Sld five 1


分子量: 24230.576 Da / 分子数: 1 / Fragment: Tof1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: PSF1, YDR013W, PZA208, YD8119.18 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12488
#8: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF2 / Partner of Sld five 2


分子量: 25096.807 Da / 分子数: 1 / Fragment: Csm3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: PSF2, YJL072C, HRF213, J1086 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40359
#9: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF3 / Partner of Sld five 3


分子量: 24437.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His-tag at the N-terminus (24 residues)
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: PSF3, YOL146W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12146
#10: タンパク質 DNA replication complex GINS protein SLD5


分子量: 33983.617 Da / 分子数: 1 / Fragment: Ctf4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SLD5, YDR489W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03406

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DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#13: DNA鎖 DNA fork, leading-strand template


分子量: 26396.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Cy3-label at 5'-end. Five phosphorothioate backbone linkages between residues at the very 3'-end. The dT 16 residues from the 5'-end was biotinylated.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#14: DNA鎖 DNA fork, lagging-strand template


分子量: 18524.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: dT (residue 47) biotinylated. / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 11分子

#17: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#19: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Conformation 1 of CMG-Csm3-Tof1-Mrc1-Ctf4 with a fork DNACOMPLEX#1-#160MULTIPLE SOURCES
2CMG-Csm3-Tof1-Mrc1-Ctf4COMPLEX#1-#12, #15-#161RECOMBINANT
3DNACOMPLEX#13-#141RECOMBINANT
分子量値: 1.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
23synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
23synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acidHEPES1
2150 mMsodium acetateNaOAc1
30.5 mMtris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
40.1 mMadenylyl-imidodiphosphateAMP-PNP1
50.7 mMmagnesium acetateMg(OAc)21
60.005 %Polyoxyethylene (20) sorbitan monolaurateTWEEN201
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: In vitro reconstitution from individual components: CMG, Csm3-Tof1, Mrc1, Ctf4 and a DNA fork
試料支持詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K
詳細: Three microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 15-30 s at 4 degC before manually blotting with filter paper for 10 s and plunge-freezing in liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm / Calibrated defocus min: 500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 37 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6682
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU1.9.1画像取得
4Gctf0.5CTF補正
7RELION3.0.6モデルフィッティング
8Coot0.9-preモデルフィッティング
9UCSF Chimera1.13モデルフィッティング
11PHENIX1.16-3549モデル精密化
12REFMAC5.8.0238モデル精密化
13RELION3.0.6初期オイラー角割当
14RELION3.0.6最終オイラー角割当
15RELION3.0.6分類
16RELION3.0.6３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 632000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 20 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: FSC 0.5
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
15U8S

5u8s

15U8S1PDBexperimental model
25MQI

5mqi

15MQI2PDBexperimental model
34C8H

4c8h

14C8H3PDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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