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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rwk | |||||||||
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タイトル | MxiD N0 N1 and MxiG C-terminal domains of the Shigella type 3 secretion system | |||||||||
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![]() | PROTEIN TRANSPORT / type 3 secretion system / shigella / secretin / beta-sheet augmentation | |||||||||
機能・相同性 | ![]() type III protein secretion system complex / type II protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / cell outer membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å | |||||||||
![]() | Kamprad, A. / Lunelli, M. | |||||||||
資金援助 | 2件
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of the Shigella type III needle complex. 著者: Michele Lunelli / Antje Kamprad / Jörg Bürger / Thorsten Mielke / Christian M T Spahn / Michael Kolbe / ![]() 要旨: The Type III Secretion Systems (T3SS) needle complex is a conserved syringe-shaped protein translocation nanomachine with a mass of about 3.5 MDa essential for the survival and virulence of many Gram- ...The Type III Secretion Systems (T3SS) needle complex is a conserved syringe-shaped protein translocation nanomachine with a mass of about 3.5 MDa essential for the survival and virulence of many Gram-negative bacterial pathogens. This system is composed of a membrane-embedded basal body and an extracellular needle that deliver effector proteins into host cells. High-resolution structures of the T3SS from different organisms and infection stages are needed to understand the underlying molecular mechanisms of effector translocation. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the isolated Shigella T3SS needle complex. The inner membrane (IM) region of the basal body adopts 24-fold rotational symmetry and forms a channel system that connects the bacterial periplasm with the export apparatus cage. The secretin oligomer adopts a heterogeneous architecture with 16- and 15-fold cyclic symmetry in the periplasmic N-terminal connector and C-terminal outer membrane ring, respectively. Two out of three IM subunits bind the secretin connector via a β-sheet augmentation. The cryo-EM map also reveals the helical architecture of the export apparatus core, the inner rod, the needle and their intervening interfaces. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 615.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 434 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 66.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 107.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 63230.414 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 詳細: MxiD N0 and N1 N-terminal domains in complex with MxiG C-terminal domain 由来: (天然) ![]() Variant: M90T / 参照: UniProt: Q04641 #2: タンパク質 | 分子量: 43053.844 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 詳細: MxiG C-terminal domain in complex with secretin MxiD 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P0A221 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Oligomer of the secretin N0 and N1 domains in complex with the inner membrane ring of the Shigella type 3 secretion system タイプ: COMPLEX 詳細: Focused reconstruction from isolated needle complex of the Shigella type 3 secretion system Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Isolated needle complex in detergent solution |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K 詳細: Sample applied on grid 5 ul, incubation time 5 min on ice, then moved into Vitrobot and 5 ul sample applied again. Blot time: 2 sec Blot force: -2 Drain time: 0 sec |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 101179 X / 最大 デフォーカス(公称値): 4 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5238 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 7 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3357: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 171833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C8 (8回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72298 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 120 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient and geometry 詳細: Model was built and refined in the map low-pass filtered at 3.5 A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3GR5 PDB chain-ID: A / Accession code: 3GR5 / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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