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万見
- PDB-6pv7: Human alpha3beta4 nicotinic acetylcholine receptor in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6pv7
タイトルHuman alpha3beta4 nicotinic acetylcholine receptor in complex with nicotine
要素
  • (Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit ...) x 2
  • IgG2b Fab heavy chain
  • Kappa Fab light chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ligand-gated ion channel / Nicotinic acetylcholine receptor / Cys-loop receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / synaptic transmission involved in micturition / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / positive regulation of transmission of nerve impulse / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine-gated channel complex / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse ...regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / synaptic transmission involved in micturition / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / positive regulation of transmission of nerve impulse / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / acetylcholine-gated channel complex / regulation of smooth muscle contraction / cholinergic synapse / regulation of neurotransmitter secretion / behavioral response to nicotine / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / acetylcholine receptor activity / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine binding / nervous system process / acetylcholine receptor signaling pathway / activation of transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / neurotransmitter receptor activity / regulation of dendrite morphogenesis / plasma membrane raft / membrane depolarization / tertiary granule membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity / smooth muscle contraction / neuronal action potential / specific granule membrane / monoatomic ion transport / monoatomic ion transmembrane transport / excitatory postsynaptic potential / locomotory behavior / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / regulation of membrane potential / response to nicotine / nervous system development / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / periplasmic space / electron transfer activity / postsynaptic density / nuclear speck / neuron projection / iron ion binding / neuronal cell body / synapse / dendrite / heme binding / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / signal transduction / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 ...Nicotinic acetylcholine receptor / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
nonane / (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Soluble cytochrome b562 / Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4 / Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli O11 (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Gharpure, A. / Teng, J. / Zhuang, Y. / Noviello, C.M. / Walsh, R.M. / Cabuco, R. / Howard, R.J. / Zaveri, N.T. / Lindahl, E. / Hibbs, R.E.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
Welch FoundationI-1812 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)T32DA07290 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008203 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA037492 米国
National Institutes of Health/National Institute on Drug Abuse (NIH/NIDA)DA042072 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS095899 米国
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2019
タイトル: Agonist Selectivity and Ion Permeation in the α3β4 Ganglionic Nicotinic Receptor.
著者: Anant Gharpure / Jinfeng Teng / Yuxuan Zhuang / Colleen M Noviello / Richard M Walsh / Rico Cabuco / Rebecca J Howard / Nurulain T Zaveri / Erik Lindahl / Ryan E Hibbs /
要旨: Nicotinic acetylcholine receptors are pentameric ion channels that mediate fast chemical neurotransmission. The α3β4 nicotinic receptor subtype forms the principal relay between the central and ...Nicotinic acetylcholine receptors are pentameric ion channels that mediate fast chemical neurotransmission. The α3β4 nicotinic receptor subtype forms the principal relay between the central and peripheral nervous systems in the autonomic ganglia. This receptor is also expressed focally in brain areas that affect reward circuits and addiction. Here, we present structures of the α3β4 nicotinic receptor in lipidic and detergent environments, using functional reconstitution to define lipids appropriate for structural analysis. The structures of the receptor in complex with nicotine, as well as the α3β4-selective ligand AT-1001, complemented by molecular dynamics, suggest principles of agonist selectivity. The structures further reveal much of the architecture of the intracellular domain, where mutagenesis experiments and simulations define residues governing ion conductance.
履歴
登録2019年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20487
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 and Soluble cytochrome b562
B: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4 and Soluble cytochrome b562
C: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4 and Soluble cytochrome b562
D: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 and Soluble cytochrome b562
E: Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4 and Soluble cytochrome b562
F: IgG2b Fab heavy chain
G: Kappa Fab light chain
H: IgG2b Fab heavy chain
I: Kappa Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)411,61639
ポリマ－397,7839
非ポリマー13,83330
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit ... , 2種, 5分子 ADBCE

#1: タンパク質 Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 and Soluble cytochrome b562


分子量: 60087.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli O11 (大腸菌)
遺伝子: CHRNA3, NACHRA3, CWJ32_12820 / プラスミド: pEZT-BM / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GNTI- / 参照: UniProt: P32297, UniProt: A0A3W4NZ06
#2: タンパク質 Fusion protein of Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4 and Soluble cytochrome b562


分子量: 61337.594 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli O11 (大腸菌)
遺伝子: CHRNB4, CWJ32_12820 / プラスミド: pEZT-BM / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / Variant (発現宿主): GNTI- / 参照: UniProt: P30926, UniProt: A0A3W4NZ06

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抗体 , 2種, 4分子 FHGI

#3: 抗体 IgG2b Fab heavy chain


分子量: 23396.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C
#4: 抗体 Kappa Fab light chain


分子量: 23401.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C

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糖 , 4種, 16分子

#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 22分子

#8: 化合物 ChemComp-NCT / (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE / (S)-(-)-NICOTINE / 3-[(2S)-1-METHYL-2-PYRROLIDINYL] PYRIDINE / ニコチン


分子量: 162.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H14N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#9: 化合物
ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#10: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#12: 化合物 ChemComp-DD9 / nonane / ノナン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C9H20
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Human alpha3beta4 nicotinic receptor in complex with Fab fragments and bound to nicotineCOMPLEXFab fragments generated by proteolytic cleavage of IgG antibody#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Human alpha3beta4 nicotinic acetylcholine receptorCOMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3COMPLEX#12RECOMBINANT
4Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-4COMPLEX#22RECOMBINANT
5IgG2b/kappa antibodyCOMPLEXFab fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody#3-#41NATURAL
6IgG2b heavy chainCOMPLEX#35NATURAL
7Kappa Fab light chainCOMPLEX#45NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
31NO
41NO
51NO
61NO
71NO
15
16
17
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Homo sapiens (ヒト)9606
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTrisC4H11NO31
2150 mMSodium chlorideNaCl1
31 mMTris(2-carboxyethyl)phosphineC9H15O6P1
41 mMNicotineC10H14N21
試料濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 4 second blot

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 46730 X / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 5053
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12RELION３次元再構成
19PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 705401
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 112737 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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