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万見
- PDB-6p9x: CRF1 Receptor Gs GPCR protein complex with CRF1 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6p9x
タイトルCRF1 Receptor Gs GPCR protein complex with CRF1 peptide
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Corticoliberin
  • Corticotropin-releasing factor receptor 1
  • Nanobody 35
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


corticotropin-releasing hormone activity / positive regulation of digestive system process / positive regulation of corticosterone secretion / regulation of adenylate cyclase activity involved in G protein-coupled receptor signaling pathway / corticotropin-releasing hormone binding / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / corticotropin-releasing hormone receptor activity / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / regulation of corticosterone secretion / corticotrophin-releasing factor receptor activity ...corticotropin-releasing hormone activity / positive regulation of digestive system process / positive regulation of corticosterone secretion / regulation of adenylate cyclase activity involved in G protein-coupled receptor signaling pathway / corticotropin-releasing hormone binding / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / corticotropin-releasing hormone receptor activity / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / regulation of corticosterone secretion / corticotrophin-releasing factor receptor activity / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / corticotropin secretion / positive regulation of corticotropin secretion / positive regulation of cortisol secretion / regulation of serotonin secretion / negative regulation of glucagon secretion / general adaptation syndrome, behavioral process / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / positive regulation of behavioral fear response / glucocorticoid biosynthetic process / negative regulation of norepinephrine secretion / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / parturition / hormone-mediated apoptotic signaling pathway / negative regulation of luteinizing hormone secretion / negative regulation of epinephrine secretion / monoatomic ion homeostasis / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / varicosity / behavioral response to ethanol / positive regulation of cAMP-mediated signaling / response to ether / neuropeptide hormone activity / fear response / synaptic transmission, dopaminergic / G protein-coupled peptide receptor activity / negative regulation of systemic arterial blood pressure / Class B/2 (Secretin family receptors) / regulation of NMDA receptor activity / cellular response to cocaine / diterpenoid metabolic process / exploration behavior / adrenal gland development / hypothalamus development / response to aldosterone / response to corticosterone / response to pain / positive regulation of calcium ion import / locomotory exploration behavior / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / associative learning / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / response to immobilization stress / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / developmental growth / D1 dopamine receptor binding / intracellular transport / Hedgehog 'off' state / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / activation of adenylate cyclase activity / beta-2 adrenergic receptor binding / adenylate cyclase activator activity / cellular response to dexamethasone stimulus / trans-Golgi network membrane / female pregnancy / long-term synaptic potentiation / insulin-like growth factor receptor binding / lung development / ionotropic glutamate receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / bone development / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / hormone activity / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / cognition / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / platelet aggregation / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 1 / Urocortin/corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor conserved site / Corticotropin-releasing factor family signature. / corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / Corticotropin-releasing factor family / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 ...GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor, type 1 / Urocortin/corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor conserved site / Corticotropin-releasing factor family signature. / corticotropin-releasing factor / Corticotropin-releasing factor / GPCR, family 2, corticotropin releasing factor receptor / Corticotropin-releasing factor family / Transducin (heterotrimeric G protein), gamma chain / G Protein Gi Gamma 2 / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / G-protein alpha subunit, group S / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Few Secondary Structures / Irregular / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Corticoliberin / Corticotropin-releasing factor receptor 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Belousoff, M.J. / Liang, Y.L. / Sexton, P. / Danev, R.
資金援助 オーストラリア, 日本, 5件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (Australia)1120919 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (Australia)1159006 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (Australia)1150083 オーストラリア
Japan Society for the Promotion of ScienceKAKENHI #18H06043 日本
Japan Science and TechnologyPRESTO #18069571 日本
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Toward a Structural Understanding of Class B GPCR Peptide Binding and Activation.
著者: Yi-Lynn Liang / Matthew J Belousoff / Peishen Zhao / Cassandra Koole / Madeleine M Fletcher / Tin T Truong / Villy Julita / George Christopoulos / H Eric Xu / Yan Zhang / Maryam Khoshouei / ...著者: Yi-Lynn Liang / Matthew J Belousoff / Peishen Zhao / Cassandra Koole / Madeleine M Fletcher / Tin T Truong / Villy Julita / George Christopoulos / H Eric Xu / Yan Zhang / Maryam Khoshouei / Arthur Christopoulos / Radostin Danev / Patrick M Sexton / Denise Wootten /
要旨: Class B G protein-coupled receptors (GPCRs) are important therapeutic targets for major diseases. Here, we present structures of peptide and Gs-bound pituitary adenylate cyclase-activating peptide, ...Class B G protein-coupled receptors (GPCRs) are important therapeutic targets for major diseases. Here, we present structures of peptide and Gs-bound pituitary adenylate cyclase-activating peptide, PAC1 receptor, and corticotropin-releasing factor (CRF), (CRF1) receptor. Together with recently solved structures, these provide coverage of the major class B GPCR subfamilies. Diverse orientations of the extracellular domain to the receptor core in different receptors are at least partially dependent on evolutionary conservation in the structure and nature of peptide interactions. Differences in peptide interactions to the receptor core also influence the interlinked TM2-TM1-TM6/ECL3/TM7 domain, and this is likely important in their diverse signaling. However, common conformational reorganization of ECL2, linked to reorganization of ICL2, modulates G protein contacts. Comparison between receptors reveals ICL2 as a key domain forming dynamic G protein interactions in a receptor- and ligand-specific manner. This work advances our understanding of class B GPCR activation and Gs coupling.
履歴
登録2019年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-20277
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
N: Nanobody 35
R: Corticotropin-releasing factor receptor 1
P: Corticoliberin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,3936
ポリマ－161,3936
非ポリマー00
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area15010 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area43720 Å2

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要素

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Adenylate cyclase-stimulating G alpha protein


分子量: 45700.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAS, GNAS1, GSP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63092
#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 38534.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P62873
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P59768

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抗体 / タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 4種, 20分子 NRP

#4: 抗体 Nanobody 35


分子量: 15140.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 Corticotropin-releasing factor receptor 1 / CRFR-1 / Corticotropin-releasing hormone receptor 1 / CRH-R1


分子量: 49392.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRHR1, CRFR, CRFR1, CRHR / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P34998
#6: タンパク質・ペプチド Corticoliberin / Corticotropin-releasing factor / CRF / Corticotropin-releasing hormone


分子量: 4764.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P06850
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Complex of active-state Corticotropin-releasing hormone receptor 1 with heterotrimeric Gs protein.COMPLEX#1-#60RECOMBINANT
2Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short, Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1, Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2, Corticotropin-releasing factor receptor 1COMPLEX#1-#3, #51RECOMBINANT
3Nanobody 35COMPLEX#41RECOMBINANT
4CorticoliberinCOMPLEX#61RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Lama glama (ラマ)9844
34Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
23Escherichia coli (大腸菌)562
34synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
撮影平均露光時間: 3.7 sec. / 電子線照射量: 1 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.15.2_3472: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 516000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038347
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.44511307
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.7245835
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041247
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0031443

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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