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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6o1m | ||||||
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タイトル | Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression. Hfq-Crc-amiE 2:4:2 complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA/HYDROLASE / Hfq / Crc / amiE / Carbon catabolite repression / RNA-protein interaction / RNA-mediated gene regulation / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-HYDROLASE complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of carbon utilization / regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / quorum sensing / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / regulation of translation / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding ...regulation of carbon utilization / regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / quorum sensing / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / regulation of translation / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å | ||||||
データ登録者 | Pei, X.Y. / Dendooven, T. / Sonnleitner, E. / Chen, S. / Blasi, U. / Luisi, B.F. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Architectural principles for Hfq/Crc-mediated regulation of gene expression. 著者: Xue Yuan Pei / Tom Dendooven / Elisabeth Sonnleitner / Shaoxia Chen / Udo Bläsi / Ben F Luisi / 要旨: In diverse bacterial species, the global regulator Hfq contributes to post-transcriptional networks that control expression of numerous genes. Hfq of the opportunistic pathogen inhibits translation ...In diverse bacterial species, the global regulator Hfq contributes to post-transcriptional networks that control expression of numerous genes. Hfq of the opportunistic pathogen inhibits translation of target transcripts by forming a regulatory complex with the catabolite repression protein Crc. This repressive complex acts as part of an intricate mechanism of preferred nutrient utilisation. We describe high-resolution cryo-EM structures of the assembly of Hfq and Crc bound to the translation initiation site of a target mRNA. The core of the assembly is formed through interactions of two cognate RNAs, two Hfq hexamers and a Crc pair. Additional Crc protomers are recruited to the core to generate higher-order assemblies with demonstrated regulatory activity in vivo. This study reveals how Hfq cooperates with a partner protein to regulate translation, and provides a structural basis for an RNA code that guides global regulators to interact cooperatively and regulate different RNA targets. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6o1m.cif.gz | 637.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6o1m.ent.gz | 532.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6o1m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6o1m_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6o1m_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6o1m_validation.xml.gz | 62.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6o1m_validation.cif.gz | 95.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/6o1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o1/6o1m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30101.869 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: crc, exoA, exoA_2, C0044_39460, C8257_32550, CAZ10_32350, CGU42_22755, DT376_09125, DZ940_17015, DZ962_18070, NCTC13719_05871, PAERUG_E15_London_28_01_14_10555, PAMH19_3299, RW109_RW109_06940 プラスミド: pETM14lic-6His-Crc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q51380, exodeoxyribonuclease III #2: タンパク質 | 分子量: 7685.984 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: hfq, PA4944 / プラスミド: pKEHfqPae / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JW413F' / 参照: UniProt: Q9HUM0 #3: RNA鎖 | 分子量: 5857.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Assembly of Hfq-Crc-amiE with a 2:4:2 stoichiometry / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.252 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.9 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Monodisperse | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: unspecified | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 125000 X / 倍率(補正後): 130841 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.25 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 100 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 28 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 917 詳細: Images were collected in movie-counting mode, 75 frames per movie stack, 60s exposure per movie |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 435000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35376 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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