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万見
- PDB-6m5g: F-actin-Utrophin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m5g
タイトルF-actin-Utrophin complex
要素
  • Actin, alpha skeletal muscle
  • Utrophin
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Utrophin / N-terminus actin binding domain / calponin homology / F-actin / F-actin marker protein
機能・相同性
機能・相同性情報


dystrophin-associated glycoprotein complex / synaptic signaling / Striated Muscle Contraction / vinculin binding / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / regulation of sodium ion transmembrane transport / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / filopodium membrane / positive regulation of cell-matrix adhesion / muscle organ development ...dystrophin-associated glycoprotein complex / synaptic signaling / Striated Muscle Contraction / vinculin binding / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / regulation of sodium ion transmembrane transport / Formation of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC) / filopodium membrane / positive regulation of cell-matrix adhesion / muscle organ development / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / skeletal muscle fiber development / stress fiber / muscle contraction / actin filament / filopodium / neuromuscular junction / sarcolemma / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / integrin binding / actin cytoskeleton / actin binding / postsynaptic membrane / cytoskeleton / cilium / ciliary basal body / hydrolase activity / protein kinase binding / protein-containing complex / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dystrophin/utrophin / EF-hand domain, type 1 / EF-hand domain, type 2 / EF hand / EF-hand / : / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Spectrin repeat / Spectrin repeat ...Dystrophin/utrophin / EF-hand domain, type 1 / EF-hand domain, type 2 / EF hand / EF-hand / : / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Spectrin repeat / Spectrin repeat / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Spectrin/alpha-actinin / Spectrin repeats / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc finger, ZZ type / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Actin; Chain A, domain 4 / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / EF-hand domain pair / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Utrophin / Actin, alpha skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Kumari, A. / Ragunath, V.K. / Sirajuddin, M.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/I/14/2/501533 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)DBT/PR12422/MED/31/287/2014 インド
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2020
タイトル: Structural insights into actin filament recognition by commonly used cellular actin markers.
著者: Archana Kumari / Shubham Kesarwani / Manjunath G Javoor / Kutti R Vinothkumar / Minhajuddin Sirajuddin /
要旨: Cellular studies of filamentous actin (F-actin) processes commonly utilize fluorescent versions of toxins, peptides, and proteins that bind actin. While the choice of these markers has been largely ...Cellular studies of filamentous actin (F-actin) processes commonly utilize fluorescent versions of toxins, peptides, and proteins that bind actin. While the choice of these markers has been largely based on availability and ease, there is a severe dearth of structural data for an informed judgment in employing suitable F-actin markers for a particular requirement. Here, we describe the electron cryomicroscopy structures of phalloidin, lifeAct, and utrophin bound to F-actin, providing a comprehensive high-resolution structural comparison of widely used actin markers and their influence towards F-actin. Our results show that phalloidin binding does not induce specific conformational change and lifeAct specifically recognizes closed D-loop conformation, i.e., ADP-Pi or ADP states of F-actin. The structural models aided designing of minimal utrophin and a shorter lifeAct, which can be utilized as F-actin marker. Together, our study provides a structural perspective, where the binding sites of utrophin and lifeAct overlap with majority of actin-binding proteins and thus offering an invaluable resource for researchers in choosing appropriate actin markers and generating new marker variants.
履歴
登録2020年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-30085
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30085
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin, alpha skeletal muscle
B: Actin, alpha skeletal muscle
C: Actin, alpha skeletal muscle
D: Actin, alpha skeletal muscle
E: Actin, alpha skeletal muscle
F: Utrophin
G: Utrophin
H: Utrophin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,05818
ポリマ－302,8018
非ポリマー2,25810
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Co-sedimentation assay
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area24990 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area83590 Å2

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要素

#1: タンパク質
Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin-1


分子量: 42096.953 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P68139
#2: タンパク質 Utrophin / Dystrophin-related protein 1 / DRP-1


分子量: 30771.949 Da / 分子数: 3 / Fragment: calponin domain 1, calponin domain 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UTRN, DMDL, DRP1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P46939
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE


分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来詳細
1Filamentous actin in ADP stateCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2ActinCOMPLEX#11NATURALFilamentous actin
3utrophinCOMPLEX#21RECOMBINANTactin binding domain of utrophin
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 0.0002 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K / 詳細: blot for 3 seconds

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4735 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1250 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 120 K / 最低温度: 100 K
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 42.6 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 765 / 詳細: 20

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU9画像取得Relion
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
12RELION3分類
13RELION3３次元再構成
CTF補正詳細: GCTF for CTF correction / タイプ: NONE
らせん対称回転角度/サブユニット: -166.6 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.5 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 259938
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149660 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 177 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 5ONV

5onv


PDB chain-ID: A / Accession code: 5ONV / Pdb chain residue range: 6-373 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.010417729
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.798224044
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05032691
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00423070
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d11.590610665

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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