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- PDB-6lu8: Cryo-EM structure of a human pre-60S ribosomal subunit - state A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lu8
タイトルCryo-EM structure of a human pre-60S ribosomal subunit - state A
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 39
  • (Nucleolar GTP-binding protein ...) x 2
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • 60S ribosomal export protein NMD3
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • Probable ribosome biogenesis protein RLP24
  • Protein LLP homolog
  • Translation machinery-associated protein 16
  • Zinc finger protein 593
キーワードRIBOSOME / 60S / pre-60S / pre-ribosome / human 60S / human pre-ribosome / NMD3 / human NMD3
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein localization to nucleolus / negative regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / basal RNA polymerase II transcription machinery binding / : / dendrite extension / preribosome binding / positive regulation of RNA biosynthetic process / lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of megakaryocyte differentiation ...positive regulation of protein localization to nucleolus / negative regulation of RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding / basal RNA polymerase II transcription machinery binding / : / dendrite extension / preribosome binding / positive regulation of RNA biosynthetic process / lamin filament / regulation of fatty acid biosynthetic process / regulation of megakaryocyte differentiation / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / eukaryotic 80S initiation complex / negative regulation of protein neddylation / regulation of G1 to G0 transition / axial mesoderm development / negative regulation of formation of translation preinitiation complex / ribosomal protein import into nucleus / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / regulation of translation involved in cellular response to UV / protein-DNA complex disassembly / 90S preribosome assembly / GAIT complex / A band / positive regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TORC2 complex binding / alpha-beta T cell differentiation / G1 to G0 transition / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / middle ear morphogenesis / regulation of glycolytic process / translation at presynapse / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of cell-cell adhesion / positive regulation of dendritic spine development / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / maturation of 5.8S rRNA / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / homeostatic process / response to aldosterone / negative regulation of DNA replication / macrophage chemotaxis / lung morphogenesis / ribosomal large subunit binding / Protein hydroxylation / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / Formation of a pool of free 40S subunits / ubiquitin ligase inhibitor activity / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / blastocyst development / cellular response to actinomycin D / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit export from nucleus / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / protein localization to nucleus / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / protein targeting / ribosomal subunit export from nucleus / protein-RNA complex assembly / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / maturation of LSU-rRNA / rough endoplasmic reticulum / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / MDM2/MDM4 family protein binding / cytosolic ribosome / negative regulation of protein ubiquitination / translation initiation factor activity / embryo implantation / cellular response to interleukin-4 / ossification / innate immune response in mucosa / assembly of large subunit precursor of preribosome / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of cell migration / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / cytosolic ribosome assembly / regulation of signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / skeletal system development / response to insulin / sensory perception of sound / transcription coactivator binding / cellular response to gamma radiation / bone development / cellular response to type II interferon / mRNA 5'-UTR binding / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / rRNA processing / osteoblast differentiation
類似検索 - 分子機能
Translation machinery-associated protein 16 / Tma16 superfamily / Translation machinery-associated protein 16 / Nmd3, N-terminal / Ribosomal export protein Nmd3 / : / : / NMD3 family / NMD3 OB-fold domain / NMD3 SH3 domain ...Translation machinery-associated protein 16 / Tma16 superfamily / Translation machinery-associated protein 16 / Nmd3, N-terminal / Ribosomal export protein Nmd3 / : / : / NMD3 family / NMD3 OB-fold domain / NMD3 SH3 domain / Learning associated protein 18-like / LLP homolog / : / Nucleolar GTP-binding protein 2, N-terminal domain / Nucleolar GTP-binding protein 2 / NGP1NT (NUC091) domain / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / : / : / GTP-binding protein, orthogonal bundle domain superfamily / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Circularly permuted (CP)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / 50S ribosome-binding GTPase / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / GTP binding domain / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / : / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / : / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Zinc finger protein 593 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Zinc finger protein 593 / Large ribosomal subunit protein eL33 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein eL21 / Large ribosomal subunit protein eL28 / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Large ribosomal subunit protein eL14 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein eL15 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein eL43 / Large ribosomal subunit protein eL37 / Large ribosomal subunit protein eL8 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Large ribosomal subunit protein eL18 / Nucleolar GTP-binding protein 2 / 60S ribosomal export protein NMD3 / Translation machinery-associated protein 16 / Protein LLP homolog / GTP-binding protein 4 / Probable ribosome biogenesis protein RLP24 / Large ribosomal subunit protein eL36
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.13 Å
データ登録者Liang, X. / Zuo, M. / Zhang, Y. / Li, N. / Ma, C. / Dong, M. / Gao, N.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural snapshots of human pre-60S ribosomal particles before and after nuclear export.
著者: Xiaomeng Liang / Mei-Qing Zuo / Yunyang Zhang / Ningning Li / Chengying Ma / Meng-Qiu Dong / Ning Gao /
要旨: Ribosome biogenesis is an elaborate and energetically expensive program that involve two hundred protein factors in eukaryotes. Nuclear export of pre-ribosomal particles is one central step which ...Ribosome biogenesis is an elaborate and energetically expensive program that involve two hundred protein factors in eukaryotes. Nuclear export of pre-ribosomal particles is one central step which also serves as an internal structural checkpoint to ensure the proper completion of nuclear assembly events. Here we present four structures of human pre-60S particles isolated through a nuclear export factor NMD3, representing assembly stages immediately before and after nuclear export. These structures reveal locations of a dozen of human factors, including an uncharacterized factor TMA16 localized between the 5S RNA and the P0 stalk. Comparison of these structures shows a progressive maturation for the functional regions, such as peptidyl transferase centre and peptide exit tunnel, and illustrate a sequence of factor-assisted rRNA maturation events. These data facilitate our understanding of the global conservation of ribosome assembly in eukaryotes and species-specific features of human assembly factors.
履歴
登録2020年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02020年8月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-0978
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: Nucleolar GTP-binding protein 2
2: 28S rRNA
3: 60S ribosomal export protein NMD3
4: Nucleolar GTP-binding protein 1
5: 5S rRNA
6: Eukaryotic translation initiation factor 6
7: Probable ribosome biogenesis protein RLP24
8: 5.8S rRNA
9: Zinc finger protein 593
A: 60S ribosomal protein L10a
B: 60S ribosomal protein L3
C: 60S ribosomal protein L29
D: 60S ribosomal protein L4
E: 60S ribosomal protein L30
F: 60S ribosomal protein L34
G: 60S ribosomal protein L7a
H: 60S ribosomal protein L35
I: 60S ribosomal protein L9
K: 60S ribosomal protein L36
L: 60S ribosomal protein L27a
M: 60S ribosomal protein L37
N: 60S ribosomal protein L11
O: 60S ribosomal protein L38
P: 60S ribosomal protein L39
Q: 60S ribosomal protein L13
R: Translation machinery-associated protein 16
S: 60S ribosomal protein L14
U: 60S ribosomal protein L15
V: 60S ribosomal protein L13a
W: 60S ribosomal protein L36a
X: 60S ribosomal protein L37a
Y: 60S ribosomal protein L17
Z: 60S ribosomal protein L18
a: 60S ribosomal protein L19
b: 60S ribosomal protein L18a
c: 60S ribosomal protein L21
d: 60S ribosomal protein L22
e: 60S ribosomal protein L23
g: 60S ribosomal protein L23a
h: 60S ribosomal protein L26
i: 60S ribosomal protein L27
j: 60S ribosomal protein L31
k: 60S ribosomal protein L32
l: 60S ribosomal protein L28
m: 60S ribosomal protein L8
n: 60S ribosomal protein L35a
o: 60S ribosomal protein L6
p: 60S ribosomal protein L7
r: 60S ribosomal protein L5
z: Protein LLP homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,845,828297
ポリマ－2,839,82550
非ポリマー6,003247
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy, Negative staining
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Nucleolar GTP-binding protein ... , 2種, 2分子 14

#1: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 2 / Autoantigen NGP-1


分子量: 83796.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13823
#4: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 1 / Chronic renal failure gene protein / GTP-binding protein NGB


分子量: 74107.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZE4

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 258

#2: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1641892.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#5: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: NR_023363
#8: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50157.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: KY962518

-
タンパク質 , 6種, 6分子 3679Rz

#3: タンパク質 60S ribosomal export protein NMD3 / hNMD3


分子量: 57682.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293FT / プラスミド: pLVX-ACGFP1-N1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293FT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96D46
#6: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / eIF-6 / B(2)GCN homolog / B4 integrin interactor / CAB / p27(BBP)


分子量: 26620.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P56537
#7: タンパク質 Probable ribosome biogenesis protein RLP24 / Ribosomal L24 domain-containing protein 1 / Ribosomal protein L24-like


分子量: 19666.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UHA3
#9: タンパク質 Zinc finger protein 593 / Zinc finger protein T86


分子量: 15230.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00488
#26: タンパク質 Translation machinery-associated protein 16


分子量: 23912.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EY4
#50: タンパク質 Protein LLP homolog / Protein LAPS18-like


分子量: 15268.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BRT6

+
60S ribosomal protein ... , 39種, 39分子 ABCDEFGHIKLMNOPQSUVWXYZabcdegh...

#10: タンパク質 60S ribosomal protein L10a / Large ribosomal subunit protein uL1


分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62906
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3


分子量: 46211.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39023
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL29


分子量: 17804.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P47914
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein uL4


分子量: 47804.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P36578
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / Large ribosomal subunit protein eL30


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62888
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L34 / Large ribosomal subunit protein eL34


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49207
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL8


分子量: 30061.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62424
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L35 / Large ribosomal subunit protein uL29


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42766
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32969
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / Large ribosomal subunit protein eL36


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3U8
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L27a / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 16604.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46776
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L37 / Large ribosomal subunit protein eL37


分子量: 11111.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61927
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / Large ribosomal subunit protein uL5


分子量: 20288.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62913
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63173
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / Large ribosomal subunit protein eL39


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62891
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein eL13


分子量: 24321.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P26373
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L14 / Large ribosomal subunit protein eL14


分子量: 23485.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P50914
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / Large ribosomal subunit protein eL15


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61313
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L13a / Large ribosomal subunit protein uL13


分子量: 23633.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40429
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L36a / Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P83881
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10299.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61513
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / Large ribosomal subunit protein uL22


分子量: 21443.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18621
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / Large ribosomal subunit protein eL18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07020
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / Large ribosomal subunit protein eL19


分子量: 23535.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P84098
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L18a / Large ribosomal subunit protein eL20


分子量: 20808.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02543
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L21 / Large ribosomal subunit protein eL21


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46778
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / Large ribosomal subunit protein eL22


分子量: 14813.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35268
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / Large ribosomal subunit protein uL14


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62829
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L23a / Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62750
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / Large ribosomal subunit protein uL24


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61254
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L27 / Large ribosomal subunit protein eL27


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61353
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / Large ribosomal subunit protein eL31


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62899
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62910
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein eL28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46779
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / Large ribosomal subunit protein uL2


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62917
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L35a / Large ribosomal subunit protein eL33


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18077
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein eL6


分子量: 32810.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q02878
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L7 / Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 29290.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18124
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL18


分子量: 34426.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46777

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非ポリマー , 2種, 263分子

#51: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#52: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM structure of a human pre-60S ribosomal subunit state - ARIBOSOME#1-#500MULTIPLE SOURCES
2Cryo-EM structure of a human pre-60S ribosomal subunit state - ACOMPLEX#1-#2, #4-#501NATURAL
360S ribosomal export protein NMD3COMPLEX#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293FT / プラスミド: pLVX-ACGFP1-N1
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21489 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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