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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lid | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Heteromeric amino acid transporter b0,+AT-rBAT complex | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / transporter | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 basic amino acid transmembrane transporter activity / broad specificity neutral L-amino acid:basic L-amino acid antiporter activity / Defective SLC3A1 causes cystinuria (CSNU) / Defective SLC7A9 causes cystinuria (CSNU) / basic amino acid transport / L-cystine transmembrane transporter activity / L-cystine transport / amino acid transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transport / aspartate transmembrane transport ...basic amino acid transmembrane transporter activity / broad specificity neutral L-amino acid:basic L-amino acid antiporter activity / Defective SLC3A1 causes cystinuria (CSNU) / Defective SLC7A9 causes cystinuria (CSNU) / basic amino acid transport / L-cystine transmembrane transporter activity / L-cystine transport / amino acid transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / antiporter activity / Basigin interactions / vacuolar membrane / amino acid transport / brush border membrane / peptide antigen binding / gene expression / protein-containing complex assembly / carbohydrate metabolic process / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Yan, R.H. / Li, Y.N. / Lei, J.L. / Zhou, Q. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 7件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of the human heteromeric amino acid transporter bAT-rBAT. 著者: Renhong Yan / Yaning Li / Yi Shi / Jiayao Zhou / Jianlin Lei / Jing Huang / Qiang Zhou / 要旨: Heteromeric amino acid transporters (HATs) catalyze the transmembrane movement of amino acids, comprising two subunits, a heavy chain and a light chain, linked by a disulfide bridge. The bAT (SLC7A9) ...Heteromeric amino acid transporters (HATs) catalyze the transmembrane movement of amino acids, comprising two subunits, a heavy chain and a light chain, linked by a disulfide bridge. The bAT (SLC7A9) is a representative light chain of HATs, forming heterodimer with rBAT, a heavy chain which mediates the membrane trafficking of bAT. The bAT-rBAT complex is an obligatory exchanger, which mediates the influx of cystine and cationic amino acids and the efflux of neutral amino acids in kidney and small intestine. Here, we report the cryo-EM structure of the human bAT-rBAT complex alone and in complex with arginine substrate at resolution of 2.7 and 2.3 Å, respectively. The overall structure of bAT-rBAT exists as a dimer of heterodimer consistent with the previous study. A ligand molecule is bound to the substrate binding pocket, near which an occluded pocket is identified, to which we found that it is important for substrate transport. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lid.cif.gz | 403.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lid.ent.gz | 326.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lid.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lid_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lid_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6lid_validation.xml.gz | 60.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lid_validation.cif.gz | 92.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6lid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6lid | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 80691.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC3A1, RBAT / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07837 #2: タンパク質 | 分子量: 55656.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC7A9, BAT1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82251 |
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-糖 , 1種, 10分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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-非ポリマー , 3種, 252分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-3PH / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: b0,+AT-rBAT complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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分子量 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127377 / 対称性のタイプ: POINT |