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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kmw | |||||||||
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タイトル | Structure of PSI from H. hongdechloris grown under white light condition | |||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Photosystem I | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 ...: / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å | |||||||||
データ登録者 | Kato, K. / Nagao, R. / Shen, J.R. / Miyazaki, N. / Akita, F. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structural basis for the adaptation and function of chlorophyll f in photosystem I. 著者: Koji Kato / Toshiyuki Shinoda / Ryo Nagao / Seiji Akimoto / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Min Chen / Suleyman I Allakhverdiev / Jian-Ren Shen / Fusamichi Akita / Naoyuki Miyazaki / Tatsuya Tomo / 要旨: Chlorophylls (Chl) play pivotal roles in energy capture, transfer and charge separation in photosynthesis. Among Chls functioning in oxygenic photosynthesis, Chl f is the most red-shifted type first ...Chlorophylls (Chl) play pivotal roles in energy capture, transfer and charge separation in photosynthesis. Among Chls functioning in oxygenic photosynthesis, Chl f is the most red-shifted type first found in a cyanobacterium Halomicronema hongdechloris. The location and function of Chl f in photosystems are not clear. Here we analyzed the high-resolution structures of photosystem I (PSI) core from H. hongdechloris grown under white or far-red light by cryo-electron microscopy. The structure showed that, far-red PSI binds 83 Chl a and 7 Chl f, and Chl f are associated at the periphery of PSI but not in the electron transfer chain. The appearance of Chl f is well correlated with the expression of PSI genes induced under far-red light. These results indicate that Chl f functions to harvest the far-red light and enhance uphill energy transfer, and changes in the gene sequences are essential for the binding of Chl f. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kmw.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kmw.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6kmw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kmw_validation.pdf.gz | 15.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kmw_full_validation.pdf.gz | 16.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6kmw_validation.xml.gz | 337.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kmw_validation.cif.gz | 431.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/6kmw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/6kmw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 6分子 aAbAcAaBbBcB
#1: タンパク質 | 分子量: 84273.633 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1Z3HRW4, photosystem I #2: タンパク質 | 分子量: 83080.469 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1Z3HRY4, photosystem I |
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-Photosystem I reaction center subunit ... , 5種, 15分子 aDbDcDaEbEcEaIbIcIaLbLcLaMbMcM
#4: タンパク質 | 分子量: 15723.800 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1Z3HHI7, photosystem I #5: タンパク質 | 分子量: 7907.028 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1Z3HI16 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4318.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1Z3HSF0, photosystem I #7: タンパク質 | 分子量: 16871.471 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1Z3HS05, photosystem I #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3440.141 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア) |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 aCbCcC
#15: 糖 | #3: タンパク質 | 分子量: 8782.184 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア) 参照: UniProt: A0A1Z3HPE3, photosystem I |
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-非ポリマー , 10種, 990分子
#9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-CLA / #11: 化合物 | ChemComp-PQN / #12: 化合物 | ChemComp-SF4 / #13: 化合物 | ChemComp-BCR / #14: 化合物 | ChemComp-LHG / #16: 化合物 | #17: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 #18: 化合物 | #19: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: white PSI / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL | |||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Halomicronema hongdechloris C2206 (バクテリア) | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 6.5 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.032 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 546366 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1JB0 Accession code: 1JB0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model |