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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6j0c | ||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of an Extracellular Contractile Injection System, PVC sheath complex in contracted state | ||||||
![]() | Pvc2 | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / assembly / Photorhabdus asymbiotica / PVC / contractile injection system / bacteriophage-like | ||||||
機能・相同性 | Tail sheath protein, subtilisin-like domain / Phage tail sheath protein subtilisin-like domain / : / Tail sheath protein, C-terminal domain / Phage tail sheath C-terminal domain / Phage tail sheath protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||
![]() | Jiang, F. / Li, N. / Wang, X. / Cheng, J. / Huang, Y. / Yang, Y. / Yang, J. / Cai, B. / Wang, Y. / Jin, Q. / Gao, N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM Structure and Assembly of an Extracellular Contractile Injection System. 著者: Feng Jiang / Ningning Li / Xia Wang / Jiaxuan Cheng / Yaoguang Huang / Yun Yang / Jianguo Yang / Bin Cai / Yi-Ping Wang / Qi Jin / Ning Gao / ![]() 要旨: Contractile injection systems (CISs) are cell-puncturing nanodevices that share ancestry with contractile tail bacteriophages. Photorhabdus virulence cassette (PVC) represents one group of ...Contractile injection systems (CISs) are cell-puncturing nanodevices that share ancestry with contractile tail bacteriophages. Photorhabdus virulence cassette (PVC) represents one group of extracellular CISs that are present in both bacteria and archaea. Here, we report the cryo-EM structure of an intact PVC from P. asymbiotica. This over 10-MDa device resembles a simplified T4 phage tail, containing a hexagonal baseplate complex with six fibers and a capped 117-nanometer sheath-tube trunk. One distinct feature of the PVC is the presence of three variants for both tube and sheath proteins, indicating a functional specialization of them during evolution. The terminal hexameric cap docks onto the topmost layer of the inner tube and locks the outer sheath in pre-contraction state with six stretching arms. Our results on the PVC provide a framework for understanding the general mechanism of widespread CISs and pave the way for using them as delivery tools in biological or therapeutic applications. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 689.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 588.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9761MC ![]() 9760C ![]() 9762C ![]() 9763C ![]() 9764C ![]() 9765C ![]() 6j0bC ![]() 6j0fC ![]() 6j0mC ![]() 6j0nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39374.281 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 43949 / 3105-77 / 遺伝子: PAU_03352, PA-RVA20-21-0170 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: sheath in contracted state / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 46.4 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 31.4 ° / 軸方向距離/サブユニット: 17 Å / らせん対称軸の対称性: C6 |
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 36000 / 対称性のタイプ: HELICAL |