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万見
- PDB-6i9d: MloK1 consensus structure from single particle analysis of 2D crystals -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6i9d
タイトルMloK1 consensus structure from single particle analysis of 2D crystals
要素Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Voltage-gated potassium channel / Cyclic nucleotide-binding domain / ion channel / ion transport
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellularly cyclic nucleotide-activated monoatomic cation channel activity / potassium channel activity / cAMP binding / protein-containing complex binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channels / Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Ion channel / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Voltage-gated potassium channels / Cyclic nucleotide-regulated ion channel, N-terminal / : / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Ion channel / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium japonicum
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Righetto, R. / Biyani, N. / Kowal, J. / Chami, M. / Stahlberg, H.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation205320_166164 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Retrieving high-resolution information from disordered 2D crystals by single-particle cryo-EM.
著者: Ricardo D Righetto / Nikhil Biyani / Julia Kowal / Mohamed Chami / Henning Stahlberg /
要旨: Electron crystallography can reveal the structure of membrane proteins within 2D crystals under close-to-native conditions. High-resolution structural information can only be reached if crystals are ...Electron crystallography can reveal the structure of membrane proteins within 2D crystals under close-to-native conditions. High-resolution structural information can only be reached if crystals are perfectly flat and highly ordered. In practice, such crystals are difficult to obtain. Available image unbending algorithms correct for disorder, but only perform well on images of non-tilted, flat crystals, while out-of-plane distortions are not addressed. Here, we present an approach that employs single-particle refinement procedures to locally unbend crystals in 3D. With this method, density maps of the MloK1 potassium channel with a resolution of 4 Å were obtained from images of 2D crystals that do not diffract beyond 10 Å. Furthermore, 3D classification allowed multiple structures to be resolved, revealing a series of MloK1 conformations within a single 2D crystal. This conformational heterogeneity explains the poor diffraction observed and is related to channel function. The approach is implemented in the FOCUS package.
履歴
登録2018年11月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / em_grid_pretreatment / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-4432
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-4432
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
B: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
C: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
D: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,1436
ポリマ－151,0654
非ポリマー782
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18370 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area68110 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241 / MlotiK1 channel


分子量: 37766.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mesorhizobium japonicum (strain LMG 29417 / CECT 9101 / MAFF 303099) (根粒菌)
株: LMG 29417 / CECT 9101 / MAFF 303099 / 遺伝子: mll3241 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q98GN8
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: MloK1 potassium channel in lipidic bilayer of 2D crystals
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.16 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Mesorhizobium loti MAFF303099 (根粒菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.6
詳細: 20 mM KCl, 20 mM Tris-HCl pH 7.6, 1 mM BaCl2, 1 mM EDTA, 0.2 mM cAMP
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 16 sec. / 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 270
詳細: The dataset of 346 movies recorded and processed for Kowal et al. (2018) 2 was employed. As reported, the data were collected on an FEI Titan Krios TEM equipped with a Gatan K2 DED. Total ...詳細: The dataset of 346 movies recorded and processed for Kowal et al. (2018) 2 was employed. As reported, the data were collected on an FEI Titan Krios TEM equipped with a Gatan K2 DED. Total dose: 40 e-/A^2 distributed over 40 movie frames. Pixel size: 1.3 A on the sample level (counting mode). Nominal tilt range: -55 to +55 degrees.

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFINDCTF補正
5CTFTILTCTF補正
8iMODFIT1.44モデルフィッティング
10FOCUS初期オイラー角割当
11FREALIGN9.11最終オイラー角割当
13FREALIGN9.11３次元再構成
14PHENIX1.13モデル精密化
CTF補正詳細: The defocus at the center of each particle box was estimated based on the tilt geometry.
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 231688
詳細: The particle positions were given by the cross-correlation profile generated by the classical unbending algorithm.
対称性点対称性: C4 (4回回転対称)
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 231688 / アルゴリズム: FOURIER SPACE
詳細: Angular assignments and x,y shifts were refined using a custom auto-refinement script written for FREALIGN v9.11. Maximum resolution used for refinement was 7.52 A.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / PDB chain-ID: A / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDAccession codeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
16EO1

6eo1

6EO111-6
23BEH

3beh

3BEH27-219
33CL1

3cl1

3CL13220-349
46EO1

6eo1

6EO11350-355

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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