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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6e7b | |||||||||
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タイトル | 13-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubules | |||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / cytoskeleton / microtubules / recombinant human tubulin / tubulin isotype | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 netrin receptor binding / Post-chaperonin tubulin folding pathway / dorsal root ganglion development / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC ...netrin receptor binding / Post-chaperonin tubulin folding pathway / dorsal root ganglion development / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Kinesins / Hedgehog 'off' state / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / intercellular bridge / cytoplasmic microtubule / Recycling pathway of L1 / microtubule-based process / RHOH GTPase cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / cellular response to interleukin-4 / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / filopodium / axon guidance / cell periphery / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / peptide binding / PKR-mediated signaling / mitotic spindle / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / Aggrephagy / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / microtubule cytoskeleton / double-stranded RNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / lamellipodium / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule / axon / cell division / GTPase activity / neuronal cell body / ubiquitin protein ligase binding / dendrite / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Ti, S.C. / Alushin, G.M. / Kapoor, T.M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Dev Cell / 年: 2018 タイトル: Human β-Tubulin Isotypes Can Regulate Microtubule Protofilament Number and Stability. 著者: Shih-Chieh Ti / Gregory M Alushin / Tarun M Kapoor / 要旨: Cell biological studies have shown that protofilament number, a fundamental feature of microtubules, can correlate with the expression of different tubulin isotypes. However, it is not known if ...Cell biological studies have shown that protofilament number, a fundamental feature of microtubules, can correlate with the expression of different tubulin isotypes. However, it is not known if tubulin isotypes directly control this basic microtubule property. Here, we report high-resolution cryo-EM reconstructions (3.5-3.65 Å) of purified human α1B/β3 and α1B/β2B microtubules and find that the β-tubulin isotype can determine protofilament number. Comparisons of atomic models of 13- and 14-protofilament microtubules reveal how tubulin subunit plasticity, manifested in "accordion-like" distributed structural changes, can accommodate distinct lattice organizations. Furthermore, compared to α1B/β3 microtubules, α1B/β2B filaments are more stable to passive disassembly and against depolymerization by MCAK or chTOG, microtubule-associated proteins with distinct mechanisms of action. Mixing tubulin isotypes in different proportions results in microtubules with protofilament numbers and stabilities intermediate to those of isotypically pure filaments. Together, our findings indicate that microtubule protofilament number and stability can be controlled through β-tubulin isotype composition. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6e7b.cif.gz | 161.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6e7b.ent.gz | 125 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6e7b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6e7b_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6e7b_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6e7b_validation.xml.gz | 41.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6e7b_validation.cif.gz | 57.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/6e7b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/6e7b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47809.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBB3, TUBB4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13509 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 48665.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBA1B / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P68363 | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-G2P / | #5: 化合物 | ChemComp-GTP / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 13-pf 3-start GMPCPP-human alpha1B/beta3 microtubule decorated with kinesin-1 motor domain タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: pseudo-helical microtubule |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
撮影 | 平均露光時間: 0.2 sec. / 電子線照射量: 1.6 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 2-50 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: -27.66 ° / 軸方向距離/サブユニット: 9.474 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 68858 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3JAT Accession code: 3JAT / Source name: PDB / タイプ: experimental model |