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万見
- PDB-6c26: The Cryo-EM structure of a eukaryotic oligosaccharyl transferase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c26
タイトルThe Cryo-EM structure of a eukaryotic oligosaccharyl transferase complex
要素(Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ...) x 8
キーワードTRANSFERASE / complex / glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / oligosaccharyltransferase I complex / protein O-linked mannosylation / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / glycosyltransferase activity / protein glycosylation ...Miscellaneous transport and binding events / oligosaccharyltransferase I complex / protein O-linked mannosylation / oligosaccharyltransferase complex / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase / dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity / protein N-linked glycosylation via asparagine / protein N-linked glycosylation / glycosyltransferase activity / protein glycosylation / protein-disulfide reductase activity / Neutrophil degranulation / post-translational protein modification / protein-macromolecule adaptor activity / nuclear envelope / protein-containing complex assembly / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / mitochondrion / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccharyltransferase subunit Ribophorin II / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily ...DAD/Ost2 / Oligosaccharyltransferase complex subunit / DAD family / Oligosaccharyltransferase subunit 5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase 48kDa subunit / Oligosaccharyltransferase 48 kDa subunit beta / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit Swp1 / Oligosaccharyltransferase subunit Ribophorin II / Oligosaccaryltransferase / Oligosaccharyltransferase subunit ost4p superfamily / Oligosaccaryltransferase / Ribophorin I / Ribophorin I / Oligosaccharyl transferase complex, subunit OST3/OST6 / OST3 / OST6 family, transporter family / : / STT3/PglB/AglB core domain / : / Oligosaccharyl transferase, STT3 subunit / Oligosaccharyl transferase STT3, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EGY / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5 / Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Bai, L. / Li, H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111742 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: The atomic structure of a eukaryotic oligosaccharyltransferase complex.
著者: Lin Bai / Tong Wang / Gongpu Zhao / Amanda Kovach / Huilin Li /
要旨: N-glycosylation is a ubiquitous modification of eukaryotic secretory and membrane-bound proteins; about 90% of glycoproteins are N-glycosylated. The reaction is catalysed by an eight-protein ...N-glycosylation is a ubiquitous modification of eukaryotic secretory and membrane-bound proteins; about 90% of glycoproteins are N-glycosylated. The reaction is catalysed by an eight-protein oligosaccharyltransferase (OST) complex that is embedded in the endoplasmic reticulum membrane. Our understanding of eukaryotic protein N-glycosylation has been limited owing to the lack of high-resolution structures. Here we report a 3.5 Å resolution cryo-electron microscopy structure of the Saccharomyces cerevisiae OST complex, revealing the structures of subunits Ost1-Ost5, Stt3, Wbp1 and Swp1. We found that seven phospholipids mediate many of the inter-subunit interactions, and an Stt3 N-glycan mediates interactions with Wbp1 and Swp1 in the lumen. Ost3 was found to mediate the OST-Sec61 translocon interface, funnelling the acceptor peptide towards the OST catalytic site as the nascent peptide emerges from the translocon. The structure provides insights into co-translational protein N-glycosylation, and may facilitate the development of small-molecule inhibitors that target this process.
履歴
登録2018年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: atom_sites / cell / pdbx_audit_support
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _cell.Z_PDB / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7336
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3
1: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1
5: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5
4: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4
2: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2
3: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3
C: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1
B: Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,72919
ポリマ－284,5918
非ポリマー7,13811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit ... , 8種, 8分子 A15423CB

#1: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit STT3 / Oligosaccharyl transferase subunit STT3


分子量: 81604.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P39007, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#2: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 / Oligosaccharyl transferase 64 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit OST1 / ...Oligosaccharyl transferase 64 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit OST1 / Oligosaccharyl transferase subunit alpha


分子量: 54116.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P41543, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#3: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST5 / Oligosaccharyl transferase subunit OST5 / Oligosaccharyl transferase 9.5 kDa subunit / ...Oligosaccharyl transferase subunit OST5 / Oligosaccharyl transferase 9.5 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit zeta


分子量: 9525.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: Q92316, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#4: タンパク質・ペプチド Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST4 / Oligosaccharyl transferase subunit OST4 / Oligosaccharyl transferase 4 kDa subunit / OTase 4 kDa subunit


分子量: 3986.696 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: Q99380, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#5: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit OST2 / Oligosaccharyl transferase subunit OST2 / Oligosaccharyl transferase 16 kDa subunit / ...Oligosaccharyl transferase subunit OST2 / Oligosaccharyl transferase 16 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit epsilon


分子量: 14712.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P46964, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#6: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 3 / Oligosaccharyl transferase 34 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit OST3 / ...Oligosaccharyl transferase 34 kDa subunit / Oligosaccharyl transferase subunit OST3 / Oligosaccharyl transferase subunit gamma


分子量: 39518.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P48439, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#7: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit SWP1 / Oligosaccharyl transferase subunit SWP1 / Oligosaccharyl transferase subunit delta


分子量: 31682.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: Q02795, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase
#8: タンパク質 Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit WBP1 / Oligosaccharyl transferase subunit WBP1 / Oligosaccharyl transferase subunit beta


分子量: 49444.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
参照: UniProt: P33767, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase

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糖 , 3種, 3分子

#9: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-[beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-beta-D-mannopyranose-(1-2)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-2DManpb1-2DManpb1-2[DManpb1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c2-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{[(2+1)][b-D-Manp]{}}}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#12: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 8分子

#11: 化合物
ChemComp-EGY / (4R,7R)-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-7-[(undecanoyloxy)methyl]-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphadocosan-1-aminium


分子量: 636.861 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H67NO8P / コメント: リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: oligosaccharyl transferase complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: S288c
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10RELION最終オイラー角割当
11RELION分類
12Coot３次元再構成
13UCSF Chimera３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
15Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 823255
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 282202 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0117584
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.24123844
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.7710289
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0682685
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0082919

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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