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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b1t | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Improved cryoEM structure of human adenovirus type 5 with atomic details of minor proteins VI and VII | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / human adenovirus / cement protein / dsDNA genome packaging / genome-capsid co-assembly | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein transport along microtubule / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / hexon binding / viral release from host cell / viral life cycle ...protein transport along microtubule / viral capsid, decoration / T=25 icosahedral viral capsid / lysis of host organelle involved in viral entry into host cell / viral procapsid / host cell nucleolus / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / hexon binding / viral release from host cell / viral life cycle / viral penetration into host nucleus / host cell / viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Dai, X.H. / Wu, L. / Sun, R. / Zhou, Z.H. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2017 タイトル: Atomic Structures of Minor Proteins VI and VII in Human Adenovirus. 著者: Xinghong Dai / Lily Wu / Ren Sun / Z Hong Zhou / 要旨: Human adenoviruses (Ad) are double-stranded DNA (dsDNA) viruses associated with infectious diseases, but they are better known as tools for gene delivery and oncolytic anticancer therapy. Atomic ...Human adenoviruses (Ad) are double-stranded DNA (dsDNA) viruses associated with infectious diseases, but they are better known as tools for gene delivery and oncolytic anticancer therapy. Atomic structures of Ad provide the basis for the development of antivirals and for engineering efforts toward more effective applications. Since 2010, atomic models of human Ad5 have been derived independently from photographic film cryo-electron microscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography studies, but discrepancies exist concerning the assignment of cement proteins IIIa, VIII, and IX. To clarify these discrepancies, we employed the technology of direct electron counting to obtain a cryo-EM structure of human Ad5 at 3.2-Å resolution. Our improved structure unambiguously confirms our previous cryo-EM models of proteins IIIa, VIII, and IX and explains the likely cause of conflict in the crystallography models. The improved structure also allows the identification of three new components in the cavity of hexon-the cleaved N terminus of precursor protein VI (pVIn), the cleaved N terminus of precursor protein VII (pVIIn2), and mature protein VI. The binding of pVIIn2-and, by extension, that of genome-condensing pVII-to hexons is consistent with the previously proposed dsDNA genome-capsid coassembly for adenoviruses, which resembles that of single-stranded RNA (ssRNA) viruses but differs from the well-established mechanism of pumping dsDNA into a preformed protein capsid exemplified by tailed bacteriophages and herpesviruses. Adenovirus is a double-edged sword to humans: it is a widespread pathogen but can be used as a bioengineering tool for anticancer and gene therapies. The atomic structure of the virus provides the basis for antiviral and application developments, but conflicting atomic models for the important cement proteins IIIa, VIII, and IX from conventional/film cryo-EM and X-ray crystallography studies have caused confusion. Using cutting-edge cryo-EM technology with electron counting, we improved the structure of human adenovirus type 5 and confirmed our previous models of cement proteins IIIa, VIII, and IX, thus clarifying the inconsistent structures. The improved structure also reveals atomic details of membrane-lytic protein VI and genome-condensing protein VII and supports the previously proposed genome-capsid coassembly mechanism for adenoviruses. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6b1t.cif.gz | 2.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6b1t.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 6b1t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6b1t_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6b1t_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6b1t_validation.xml.gz | 300.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6b1t_validation.cif.gz | 460 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/6b1t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/6b1t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
4 |
| x 6
5 |
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
-タンパク質 , 4種, 18分子 ABCDEFGHIJKLMQRSTX
#1: タンパク質 | 分子量: 108107.617 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス) 参照: UniProt: P04133 #2: タンパク質 | | 分子量: 63356.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス) 参照: UniProt: P12538 #5: タンパク質 | 分子量: 14468.134 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス) 参照: UniProt: P03281 #8: タンパク質 | | 分子量: 23460.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス) 参照: UniProt: P24937 |
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-Pre-hexon-linking protein ... , 2種, 3分子 NOP
#3: タンパク質 | 分子量: 65322.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス) 参照: UniProt: P12537 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 24710.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス) 参照: UniProt: P24936 |
-タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 UVYW
#6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3584.953 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス) 参照: UniProt: P24937 #7: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1198.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス) 参照: UniProt: P68951 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human adenovirus 5 / タイプ: VIRUS / 詳細: Cultured in HEK293T cells and purified from media / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 150 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Human adenovirus C serotype 5 (ヒトアデノウイルス) | ||||||||||||||||||||
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION | ||||||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens | ||||||||||||||||||||
ウイルス殻 | 名称: capsid / 直径: 900 nm / 三角数 (T数): 25 | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Purified virion | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: BASIC |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最低温度: 80 K |
撮影 | 平均露光時間: 9 sec. / 電子線照射量: 25 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5608 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: Gatan Image Filter / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 2.5 µm / 横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 2-32 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_2875: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 96375 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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