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- PDB-6az3: Cryo-EM structure of of the large subunit of Leishmania ribosome ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6az3
タイトルCryo-EM structure of of the large subunit of Leishmania ribosome bound to paromomycin
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 23
  • (Ribosomal protein ...) x 12
  • 60S ribosomal subunit protein L31, putative
  • 60S_ribosomal_protein_L32/GeneDB:LmjF.21.1720
  • 60S_ribosomal_protein_L35_putative/GeneDB:LmjF.26.2330/GeneDB:LmjF.26.2340
  • Probable 60S ribosomal protein L14
  • Ribosomal L27e family protein
  • Ribosomal L38e family protein
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • rRNA 5.8S
  • rRNA 5S
  • rRNA alpha
  • rRNA beta
  • rRNA delta
  • rRNA epsilon
  • rRNA gamma
  • rRNA zeta
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / Leishmania / ribosome / aminoglycoside / paromomycin / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / large ribosomal subunit / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e ...Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L6 signature 2. / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal_L15e / Ribosomal protein L15e / Ribosomal protein L15e core domain superfamily / Ribosomal L15 / Ribosomal protein L37ae/L37e / Ribosomal protein L32e / Ribosomal protein L32e superfamily / Ribosomal protein L32
類似検索 - ドメイン・相同性
PAROMOMYCIN / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L28, putative ...PAROMOMYCIN / : / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L28, putative / 60S ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L21, putative / 60S ribosomal protein L36, putative / 60S ribosomal protein L30 / 60S ribosomal protein L27A/L29, putative / 60S ribosomal protein L34, putative / Ribosomal protein L35Ae family protein / 60S ribosomal protein L23, putative / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L22, putative / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal subunit protein L31, putative / 60S ribosomal protein L44, putative / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L11 (L5, L16) / 60S ribosomal protein L10, putative / Ribosomal protein L1a, putative / 60S ribosomal protein L23a, putative / 60S ribosomal protein L17, putative / 60S ribosomal protein L9, putative / 60S ribosomal protein L18, putative / Ribosomal L38e family protein / Ribosomal L27e family protein / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L7 family protein / 60S_ribosomal_protein_L35_putative/GeneDB:LmjF.26.2330/GeneDB:LmjF.26.2340 / Ribosomal protein L19e family protein / 60S_ribosomal_protein_L32/GeneDB:LmjF.21.1720 / Ribosomal protein L38, putative / 60S ribosomal protein L10, putative / 60S ribosomal protein L19, putative / 60S ribosomal protein L23a, putative / 60S ribosomal protein L7a / Large ribosomal subunit protein eL28 / 60S ribosomal protein L44, putative / 60S ribosomal protein L39, putative / 60S ribosomal protein L36, Putative / 60S ribosomal protein L9, putative / 60S ribosomal protein L32 / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L11 (L5, L16) / 60S ribosomal protein L17, putative / 60S ribosomal protein L7, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / Ribosomal protein L1a, putative / Ribosomal protein L15 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / Ribosomal L27e family protein / Ribosomal protein L35Ae family protein / 60S ribosomal protein L21, putative / 60S ribosomal protein L30 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L5, putative / 60S ribosomal subunit protein L31, putative / 60S ribosomal protein L27A/L29, putative / 60S ribosomal protein L23, putative / Large ribosomal subunit protein eL22 / 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL34 / 60S ribosomal protein L18, putative / Large ribosomal subunit protein eL37 / Probable 60S ribosomal protein L14
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Shalev-Benami, M. / Zhang, Y. / Rozenberg, H. / Nobe, Y. / Taoka, M. / Matzov, D. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Isobe, T. / Jaffe, C.L. ...Shalev-Benami, M. / Zhang, Y. / Rozenberg, H. / Nobe, Y. / Taoka, M. / Matzov, D. / Zimmerman, E. / Bashan, A. / Isobe, T. / Jaffe, C.L. / Yonath, A. / Skiniotis, G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Atomic resolution snapshot of Leishmania ribosome inhibition by the aminoglycoside paromomycin.
著者: Moran Shalev-Benami / Yan Zhang / Haim Rozenberg / Yuko Nobe / Masato Taoka / Donna Matzov / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Toshiaki Isobe / Charles L Jaffe / Ada Yonath / Georgios Skiniotis /
要旨: Leishmania is a single-celled eukaryotic parasite afflicting millions of humans worldwide, with current therapies limited to a poor selection of drugs that mostly target elements in the parasite's ...Leishmania is a single-celled eukaryotic parasite afflicting millions of humans worldwide, with current therapies limited to a poor selection of drugs that mostly target elements in the parasite's cell envelope. Here we determined the atomic resolution electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of the Leishmania ribosome in complex with paromomycin (PAR), a highly potent compound recently approved for treatment of the fatal visceral leishmaniasis (VL). The structure reveals the mechanism by which the drug induces its deleterious effects on the parasite. We further show that PAR interferes with several aspects of cytosolic translation, thus highlighting the cytosolic rather than the mitochondrial ribosome as the primary drug target. The results also highlight unique as well as conserved elements in the PAR-binding pocket that can serve as hotspots for the development of novel therapeutics.
履歴
登録2017年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02022年4月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_nat / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _entity_src_nat.strain / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-7025
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ribosomal protein uL2
B: ribosomal protein uL3
C: Ribosomal protein L1a, putative
D: 60S ribosomal protein L11 (L5, L16)
E: 60S ribosomal protein L9, putative
F: ribosomal protein eL6
G: 60S ribosomal protein L7a
H: ribosomal protein uL13
I: ribosomal protein eL13
J: 60S ribosomal protein L23, putative
K: Probable 60S ribosomal protein L14
L: 60S ribosomal protein L27A/L29, putative
M: Ribosomal protein L15
N: 60S ribosomal protein L10, putative
O: 60S ribosomal protein L5, putative
P: 60S ribosomal protein L18, putative
Q: Ribosomal protein L19e family protein
R: 60S ribosomal protein L18a
S: 60S ribosomal protein L21, putative
T: 60S ribosomal protein L17, putative
U: 60S ribosomal protein L22, putative
V: 60S ribosomal protein L23a, putative
W: ribosomal protein uL24
X: ribosomal protein eL24
Y: Ribosomal L27e family protein
Z: 60S ribosomal protein L28, putative
a: 60S_ribosomal_protein_L35_putative/GeneDB:LmjF.26.2330/GeneDB:LmjF.26.2340
b: 60S ribosomal protein L29
c: 60S ribosomal protein L7 family protein
d: 60S ribosomal protein L30
e: 60S ribosomal subunit protein L31, putative
f: 60S_ribosomal_protein_L32/GeneDB:LmjF.21.1720
g: Ribosomal protein L35Ae family protein
h: 60S ribosomal protein L34, putative
i: 60S ribosomal protein L36, putative
j: 60S ribosomal protein L37
k: Ribosomal L38e family protein
l: 60S ribosomal protein L39, putative
m: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
n: ribosomal protein eL41
o: 60S ribosomal protein L37a
p: 60S ribosomal protein L44, putative
1: rRNA alpha
2: rRNA beta
3: rRNA gamma
4: rRNA delta
5: rRNA epsilon
6: rRNA zeta
7: rRNA 5.8S
8: rRNA 5S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,119,49094
ポリマ－2,112,50750
非ポリマー6,98344
水18,3571019
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area501950 Å2
ΔGint-3861 kcal/mol
Surface area579000 Å2

-
要素

-
Ribosomal protein ... , 12種, 12分子 ABCFHIMQWXgn

#1: タンパク質 ribosomal protein uL2


分子量: 27520.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#2: タンパク質 ribosomal protein uL3


分子量: 45741.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#3: タンパク質 Ribosomal protein L1a, putative / Ribosomal protein L4/L1 family protein / Ribosomal_protein_L1a_putative/GeneDB:LmjF.29.107 0/GeneDB: ...Ribosomal protein L4/L1 family protein / Ribosomal_protein_L1a_putative/GeneDB:LmjF.29.107 0/GeneDB:LmjF.29.1090


分子量: 40523.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3S5H7L0, UniProt: E9BKR3*PLUS
#6: タンパク質 ribosomal protein eL6


分子量: 21208.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#8: タンパク質 ribosomal protein uL13


分子量: 25346.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#9: タンパク質 ribosomal protein eL13


分子量: 23897.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#13: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24366.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IIZ6, UniProt: E9BMB4*PLUS
#17: タンパク質 Ribosomal protein L19e family protein


分子量: 22901.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A504XXD2, UniProt: E9B8Q2*PLUS
#23: タンパク質 ribosomal protein uL24


分子量: 13874.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#24: タンパク質 ribosomal protein eL24


分子量: 7988.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
#33: タンパク質 Ribosomal protein L35Ae family protein / Ribosomal protein l35a / putative / Ribosomal_protein_l35a_putative/GeneDB:LmjF.10.00 70/GeneDB:LmjF.34.2470


分子量: 14336.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8II82, UniProt: E9BR22*PLUS
#40: タンパク質・ペプチド ribosomal protein eL41


分子量: 4259.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)

+
60S ribosomal protein ... , 23種, 23分子 DEGJLNOPRSTUVZbcdhijlop

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L11 (L5, L16) / 60S_ribosomal_protein_L11_(L5_L16)/GeneDB:LmjF.04.0470/GeneDB:LmjF.22.0030 / ADP-ribosylation_ ...60S_ribosomal_protein_L11_(L5_L16)/GeneDB:LmjF.04.0470/GeneDB:LmjF.22.0030 / ADP-ribosylation_factor_putative/GeneDB:LmjF.04.0 480 / Ribosomal L5P C-terminus family protein


分子量: 19245.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3S5H5A8, UniProt: E9BFL1*PLUS
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L9, putative / 60S_ribosomal_protein_L9_putative/GeneDB:LmjF.21. 1050/GeneDB:LmjF.30.3340 / Ribosomal protein L6 ...60S_ribosomal_protein_L9_putative/GeneDB:LmjF.21. 1050/GeneDB:LmjF.30.3340 / Ribosomal protein L6 family protein


分子量: 21118.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3S7X3V0, UniProt: E9BFB5*PLUS
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 39175.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
株: BPK282A1 / 参照: UniProt: E9B949
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L23, putative / 60S_ribosomal_protein_L23_putative/GeneDB:LmjF.35.3790/GeneDB:LmjF.35.3800 / Ribosomal protein ...60S_ribosomal_protein_L23_putative/GeneDB:LmjF.35.3790/GeneDB:LmjF.35.3800 / Ribosomal protein L14p/L23e family protein


分子量: 14421.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IIA7, UniProt: E9BSQ4*PLUS
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L27A/L29, putative / 60S_ribosomal_protein_L27A/L29_putative/GeneDB:Lm jF.35.3760/GeneDB:LmjF.35.3780 / Ribosomal ...60S_ribosomal_protein_L27A/L29_putative/GeneDB:Lm jF.35.3760/GeneDB:LmjF.35.3780 / Ribosomal protein L18e/L15 family protein


分子量: 16034.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IGI9, UniProt: E9BSQ2*PLUS
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L10, putative / 60S_ribosomal_protein_L10_putative/GeneDB:LmjF.04.0750/GeneDB:LmjF.04.0950 / Hypothetical_protein / ...60S_ribosomal_protein_L10_putative/GeneDB:LmjF.04.0750/GeneDB:LmjF.04.0950 / Hypothetical_protein / Ribosomal protein L10.e


分子量: 24607.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3S5H5C4, UniProt: E9B840*PLUS
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L5, putative / 60S_ribosomal_protein_L5_putative/GeneDB:LmjF.35. 1880/GeneDB:LmjF.35.1890/GeneDB:LmjF.35.1900 / ...60S_ribosomal_protein_L5_putative/GeneDB:LmjF.35. 1880/GeneDB:LmjF.35.1890/GeneDB:LmjF.35.1900 / Ribosomal L18p/L5e family protein


分子量: 34100.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IJC5, UniProt: E9BS61*PLUS
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L18, putative / 60S_ribosomal_protein_L18_putative/GeneDB:LmjF.13.0560/GeneDB:LmjF.36.4510 / Ribosomal protein ...60S_ribosomal_protein_L18_putative/GeneDB:LmjF.13.0560/GeneDB:LmjF.36.4510 / Ribosomal protein L18e/L15 family protein


分子量: 21939.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3S7XBN1, UniProt: E9BUI1*PLUS
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20703.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IT55, UniProt: E9BRT7*PLUS
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L21, putative / 60S_ribosomal_protein_L21_putative/GeneDB:LmjF.16.0460/GeneDB:LmjF.34.3650 / Ribosomal protein L21e ...60S_ribosomal_protein_L21_putative/GeneDB:LmjF.16.0460/GeneDB:LmjF.34.3650 / Ribosomal protein L21e family protein


分子量: 17437.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8ICH0, UniProt: E9BRE2*PLUS
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L17, putative / Ribosomal protein L22 / Ribosomal_protein_L22p/L17e_putative/Pfam:PF00237


分子量: 17828.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3S7WY02, UniProt: E9BGL6*PLUS
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L22, putative / 60S_ribosomal_protein_L22_putative/GeneDB:LmjF.36.3270/GeneDB:LmjF.36.4420 / Ribosomal L22e family protein


分子量: 14042.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IJA8, UniProt: E9BU52*PLUS
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L23a, putative / 60S_ribosomal_protein_L23a_putative/GeneDB:LmjF.0 6.0570/GeneDB:LmjF.06.0580 / Archaeal ribosomal protein L23


分子量: 13461.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3S7WPH7, UniProt: E9B8R9*PLUS
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L28, putative / 60S_ribosomal_protein_L28_putative/GeneDB:LmjF.11.1110/GeneDB:LmjF.11.1130 / Ribosomal L28e family protein


分子量: 15525.923 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8I959, UniProt: E9BAU9*PLUS
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7788.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A504XJE6, UniProt: E9BU64*PLUS
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L7 family protein


分子量: 26313.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A504XVT8, UniProt: E9BI29*PLUS
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / 60S_ribosomal_protein_L30/GeneDB:LmjF.35.0240 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family protein


分子量: 10122.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IET6, UniProt: E9BRQ6*PLUS
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L34, putative / 60S_ribosomal_protein_L34_putative/GeneDB:LmjF.18.1400


分子量: 14640.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IHK2, UniProt: E9BUA1*PLUS
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L36, putative / 60S_ribosomal_protein_L36_putative/GeneDB:LmjF.21.0730 / Ribosomal protein L36e family protein


分子量: 11050.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IDW6, UniProt: E9BF65*PLUS
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L37


分子量: 9531.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: P62885
#38: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39, putative / 60S_ribosomal_protein_L39_putative/GeneDB:LmjF.16.1170/GeneDB:LmjF.29.2370


分子量: 6373.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IAG7, UniProt: E9BCX6*PLUS
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L37a / 60S_ribosomal_protein_L37a/GeneDB:LmjF.36.1925


分子量: 10092.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IC65, UniProt: E9BFK4*PLUS
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L44, putative / 60S_ribosomal_protein_L44_putative/GeneDB:LmjF.13.1670 / Ribosomal protein L44 family protein


分子量: 11141.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IKJ4, UniProt: E9BBL5*PLUS

-
タンパク質 , 6種, 6分子 KYaefk

#11: タンパク質 Probable 60S ribosomal protein L14 / 23 kDa cell surface protein / LDP 23


分子量: 17038.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: Q25278
#25: タンパク質 Ribosomal L27e family protein


分子量: 15223.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A504XEJ0, UniProt: E9BP34*PLUS
#27: タンパク質 60S_ribosomal_protein_L35_putative/GeneDB:LmjF.26.2330/GeneDB:LmjF.26.2340 / Ribosomal L29 family protein


分子量: 14987.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A504XWA8, UniProt: E9BIP6*PLUS
#31: タンパク質 60S ribosomal subunit protein L31, putative / 60S_ribosomal_subunit_protein_L31_putative/GeneDB:LmjF.35.3280/GeneDB:LmjF.35.3290 / Ribosomal ...60S_ribosomal_subunit_protein_L31_putative/GeneDB:LmjF.35.3280/GeneDB:LmjF.35.3290 / Ribosomal protein L31e family protein


分子量: 13503.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8IJL7, UniProt: E9BSK4*PLUS
#32: タンパク質 60S_ribosomal_protein_L32/GeneDB:LmjF.21.1720 / Ribosomal protein L32 family protein


分子量: 15029.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A504XZK6, UniProt: E9BFJ5*PLUS
#37: タンパク質 Ribosomal L38e family protein


分子量: 8761.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A504WZU0, UniProt: E9B7P2*PLUS

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 m

#39: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 5912.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: UniProt: A0A3Q8ISR1, UniProt: E9BMW6*PLUS

-
RNA鎖 , 8種, 8分子 12345678

#43: RNA鎖 rRNA alpha


分子量: 575707.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 322500086
#44: RNA鎖 rRNA beta


分子量: 492460.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 322500086
#45: RNA鎖 rRNA gamma


分子量: 67568.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 322500086
#46: RNA鎖 rRNA delta


分子量: 59144.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 5019758
#47: RNA鎖 rRNA epsilon


分子量: 42869.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 5019758
#48: RNA鎖 rRNA zeta


分子量: 22725.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 5019758
#49: RNA鎖 rRNA 5.8S


分子量: 54989.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 1229082208
#50: RNA鎖 rRNA 5S


分子量: 37923.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
参照: GenBank: 1229082190

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非ポリマー , 3種, 1063分子

#51: 化合物
ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E / パロモマイシン


分子量: 615.628 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM
#52: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#53: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1019 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Leishmania donovani 91S ribosome LSU / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#50 / 由来: NATURAL
分子量単位: MEGADALTONS / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 141028 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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