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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6az0 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Mitochondrial ATPase Protease YME1 | ||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Mitochondrial / ATPase / Protease | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP-dependent peptidase activity / metalloendopeptidase activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Puchades, C. / Rampello, A.J. / Shin, M. / Giuliano, C. / Wiseman, R.L. / Glynn, S.E. / Lander, G.C. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Structure of the mitochondrial inner membrane AAA+ protease YME1 gives insight into substrate processing. 著者: Cristina Puchades / Anthony J Rampello / Mia Shin / Christopher J Giuliano / R Luke Wiseman / Steven E Glynn / Gabriel C Lander / 要旨: We present an atomic model of a substrate-bound inner mitochondrial membrane AAA+ quality control protease in yeast, YME1. Our ~3.4-angstrom cryo-electron microscopy structure reveals how the ...We present an atomic model of a substrate-bound inner mitochondrial membrane AAA+ quality control protease in yeast, YME1. Our ~3.4-angstrom cryo-electron microscopy structure reveals how the adenosine triphosphatases (ATPases) form a closed spiral staircase encircling an unfolded substrate, directing it toward the flat, symmetric protease ring. Three coexisting nucleotide states allosterically induce distinct positioning of tyrosines in the central channel, resulting in substrate engagement and translocation to the negatively charged proteolytic chamber. This tight coordination by a network of conserved residues defines a sequential, around-the-ring adenosine triphosphate hydrolysis cycle that results in stepwise substrate translocation. A hingelike linker accommodates the large-scale nucleotide-driven motions of the ATPase spiral relative to the planar proteolytic base. The translocation mechanism is likely conserved for other AAA+ ATPases. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6az0.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6az0.ent.gz | 1.8 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6az0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6az0_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6az0_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6az0_validation.xml.gz | 302 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6az0_validation.cif.gz | 456.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6az0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6az0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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モデル数 | 5 |
-要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 7分子 ABCDEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 48025.758 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Walker B mutant 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain RM11-1a) (パン酵母) 株: RM11-1a / 遺伝子: SCRG_02514 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3LL85 #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 869.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: unknown polypeptide / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 4種, 15分子
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / #4: 化合物 | ChemComp-ZN / #5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: YME1 ATPase Protease Walker B mutant bound to substrate タイプ: COMPLEX 詳細: YME1 Walker B mutant was recombinantly expressed in E. coli, solved in presence of ATP with unknown bound substrate. Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.295 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Gatan Solarus Plasma Cleaner / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Data collected using Leginon |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 29000 X / 倍率(補正後): 51500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最高温度: 70 K / 最低温度: 70 K |
撮影 | 平均露光時間: 7 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 6098 詳細: Images collected in counting mode at 5 frames per second. |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 横: 3710 / 縦: 3838 / 動画フレーム数/画像: 35 / 利用したフレーム数/画像: 1-35 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2285499 詳細: Particles picked automatically with FindEM template picking | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 62917 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 100 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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