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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ayf | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | TRPML3/ML-SA1 complex at pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
要素 | Mucolipin-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / ion channel / TRP channel / lysosomal | ||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAADP-sensitive calcium-release channel activity / inner ear auditory receptor cell differentiation / monoatomic anion channel activity / TRP channels / sodium channel activity / autophagosome membrane / potassium channel activity / locomotory behavior / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity ...NAADP-sensitive calcium-release channel activity / inner ear auditory receptor cell differentiation / monoatomic anion channel activity / TRP channels / sodium channel activity / autophagosome membrane / potassium channel activity / locomotory behavior / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / late endosome membrane / early endosome membrane / lysosomal membrane / lipid binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhou, X. / Li, M. / Su, D. / Jia, Q. / Li, H. / Li, X. / Yang, J. | ||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 米国, 9件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Cryo-EM structures of the human endolysosomal TRPML3 channel in three distinct states. 著者: Xiaoyuan Zhou / Minghui Li / Deyuan Su / Qi Jia / Huan Li / Xueming Li / Jian Yang / 要旨: TRPML3 channels are mainly localized to endolysosomes and play a critical role in the endocytic pathway. Their dysfunction causes deafness and pigmentation defects in mice. TRPML3 activity is ...TRPML3 channels are mainly localized to endolysosomes and play a critical role in the endocytic pathway. Their dysfunction causes deafness and pigmentation defects in mice. TRPML3 activity is inhibited by low endolysosomal pH. Here we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of human TRPML3 in the closed, agonist-activated, and low-pH-inhibited states, with resolutions of 4.06, 3.62, and 4.65 Å, respectively. The agonist ML-SA1 lodges between S5 and S6 and opens an S6 gate. A polycystin-mucolipin domain (PMD) forms a luminal cap. S1 extends into this cap, forming a 'gating rod' that connects directly to a luminal pore loop, which undergoes dramatic conformational changes in response to low pH. S2 extends intracellularly and interacts with several intracellular regions to form a 'gating knob'. These unique structural features, combined with the results of electrophysiological studies, indicate a new mechanism by which luminal pH and other physiological modulators such as PIP regulate TRPML3 by changing S1 and S2 conformations. | ||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ayf.cif.gz | 394.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ayf.ent.gz | 321.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ayf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6ayf_validation.pdf.gz | 880.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6ayf_full_validation.pdf.gz | 922.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6ayf_validation.xml.gz | 58.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6ayf_validation.cif.gz | 85.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/6ayf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/6ayf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 64625.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MCOLN3 / プラスミド: pFastbac1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8TDD5 #2: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TRPML3 channel bound with a agonist ML-SA1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: ML-SA1 was added before sample was frozen. | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.9 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. グリッドのタイプ: Quantifoil holey carbon grid R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 281 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C4 (4回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50726 / 対称性のタイプ: POINT |