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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6akt | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CVA10 A-particle | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / picornavirus uncoating / receptor binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / monoatomic ion channel activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / protein complex oligomerization / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / monoatomic ion channel activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / channel activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, L. / Sun, Y. / Fan, J.Y. / Zhu, B. / Cao, L. / Gao, Q. / Zhang, Y.J. / Liu, H.R. / Rao, Z.H. / Wang, X.X. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Structures of Coxsackievirus A10 unveil the molecular mechanisms of receptor binding and viral uncoating. 著者: Ling Zhu / Yao Sun / Jinyan Fan / Bin Zhu / Lei Cao / Qiang Gao / Yanjun Zhang / Hongrong Liu / Zihe Rao / Xiangxi Wang / 要旨: Coxsackievirus A10 (CVA10), a human type-A Enterovirus (HEV-A), can cause diseases ranging from hand-foot-and-mouth disease to polio-myelitis-like disease. CVA10, together with some other HEV-As, ...Coxsackievirus A10 (CVA10), a human type-A Enterovirus (HEV-A), can cause diseases ranging from hand-foot-and-mouth disease to polio-myelitis-like disease. CVA10, together with some other HEV-As, utilizing the molecule KREMEN1 as an entry receptor, constitutes a KREMEN1-dependent subgroup within HEV-As. Currently, there is no vaccine or antiviral therapy available for treating diseases caused by CVA10. The atomic-resolution structure of the CVA10 virion, which is within the KREMEN1-dependent subgroup, shows significant conformational differences in the putative receptor binding sites and serotype-specific epitopes, when compared to the SCARB2-dependent subgroup of HEV-A, such as EV71, highlighting specific differences between the sub-groups. We also report two expanded structures of CVA10, an empty particle and uncoating intermediate at atomic resolution, as well as a medium-resolution genome structure reconstructed using a symmetry-mismatch method. Structural comparisons coupled with previous results, reveal an ordered signal transmission process for enterovirus uncoating, converting exo-genetic receptor-attachment inputs into a generic RNA release mechanism. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6akt.cif.gz | 145.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6akt.ent.gz | 111.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6akt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6akt_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6akt_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6akt_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6akt_validation.cif.gz | 38.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/6akt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/6akt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 60
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| x 5
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| x 6
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33232.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: W0G0K3 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27783.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: A0A0C5AZ80 |
#3: タンパク質 | 分子量: 26279.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: A0A0C5AWF6 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Coxsackievirus A10 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Coxsackievirus A10 (コクサッキーウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21456 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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