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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6zx2 | ||||||
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タイトル | OMPD-domain of human UMPS in complex with 6-carboxamido-UMP at 1.2 Angstroms resolution | ||||||
![]() | Uridine 5'-monophosphate synthase | ||||||
![]() | LYASE / OMPD / 6-carboxamido-UMP / UMPS / Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase | ||||||
機能・相同性 | ![]() UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process ...UMP biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Pyrimidine biosynthesis / orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / lactation / female pregnancy / cellular response to xenobiotic stimulus / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tittmann, K. / Rindfleisch, S. / Schimdt, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ground-state destabilization by electrostatic repulsion is not a driving force in orotidine-5-monophosphate decarboxylase catalysis 著者: Rindfleisch, S. / Krull, M. / Uranga, J. / Schmidt, T. / Rabe von Pappenheim, F. / Kirck, L.L. / Balouri, A. / Schneider, T. / Chari, A. / Kluger, R. / Bourenkov, G. / Diederichsen, U. / Mata, R.A. / Tittmann, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 139.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 870.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 871 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6yvkC ![]() 6yvlC ![]() 6yvmC ![]() 6yvnC ![]() 6yvoC ![]() 6ywtC ![]() 6ywuC ![]() 6zwyC ![]() 6zwzC ![]() 6zx0C ![]() 6zx1C ![]() 6zx3C ![]() 7am9C ![]() 7asqC ![]() 7oqfC ![]() 7oqiC ![]() 7oqkC ![]() 7oqmC ![]() 7oqnC ![]() 7otuC ![]() 7ouzC ![]() 7ov0C ![]() 7q1hC ![]() 2qcdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28299.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P11172, orotate phosphoribosyltransferase, orotidine-5'-phosphate decarboxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-QRT / [( |
#3: 化合物 | ChemComp-PRO / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Crystallization: 100 mM Tris/HCl pH 8.0, 1.8 - 2.0 M Ammonium sulfate, 10 mM Glutathion, 5% (v/v) Glycerol Soaking: 100 mM Tris/HCl pH 8.0, 2.0 M Ammonium sulfate, 10 mM Glutathion, 5% (v/v) ...詳細: Crystallization: 100 mM Tris/HCl pH 8.0, 1.8 - 2.0 M Ammonium sulfate, 10 mM Glutathion, 5% (v/v) Glycerol Soaking: 100 mM Tris/HCl pH 8.0, 2.0 M Ammonium sulfate, 10 mM Glutathion, 5% (v/v) Glycerol, 12.5 mM CA-UMP Cryo-protection: 100 mM Tris/HCl pH 8.0, 2.0 M Ammonium sulfate, 10 mM Glutathion, 5% (v/v) Glycerol, 12.5 mM CA-UMP, 1 M L-proline |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→19.74 Å / Num. obs: 85199 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.688 % / Biso Wilson estimate: 16.707 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.878 / Net I/σ(I): 13.03 / Num. measured all: 569813 / Scaling rejects: 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2QCD 解像度: 1.2→19.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 70.36 Å2 / Biso mean: 14.421 Å2 / Biso min: 6.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→19.74 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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